Рис. 41. Модель молекулы фермента. а — схема ее гретичной структуры; б — силуэт молекулы с активным центром (обведен пунктиром) и его 'каталитически активным' центром (х)
Эти факты привели к выводу о том, что фермент взаимодействует с субстратом не всей своей молекулой, а каким-то вполне определенным участком, расположенным на поверхности фермента (на третичной структуре). Этот участок был назван активным центром (рис. 41). В составе активного центра условно выделяют несколько участков, одни из которых обеспечивают присоединение субстрата к молекуле фермента (их называют контактными, или якорными, участками), другие — каталитические — ответственны за процесс активации субстрата. В этих участках имеются различные функциональные группировки, которые находятся в строго зафиксированном положении по отношению друг к другу. Эта особенность строения активного центра объясняет специфичность действия ферментов, так как образование фермент-субстратного комплекса возможно только в случае структурного подобия субстрата и активного центра фермента.
Под действием различных факторов (высокая температура, изменение рН среды, химические вещества) нарушается структура активного центра и фермент теряет способность взаимодействовать с субстратом, т. е. фермент инактивируется.
Классификация ферментов
В 1961 г. в Москве на V Международном биохимическом съезде была принята новая классификация ферментов. В основу деления всех ферментов на различные группы был положен тип катализируемой данным ферментом реакции. По этому принципу все ферменты были разделены на 6 классов:
• I класс — оксидоредуктазы. К этому классу относятся все ферменты, которые катализируют окислительно-восстановительные реакции. Примером могут служить дегидрогеназы — ферменты, переносящие атомы водорода.
• II класс — трансферазы. Ферменты этого класса осуществляют межмолекулярный перенос отдельных функциональных групп. Например: метальные группы -СН3 — переносят метилтрансферазы, аминные — NH2 — аминотрансферазы и т. д.
• III класс — гидролазы. Ферменты этого класса гидролизуют внутримолекулярные связи с участием воды. Сюда относится большая группа ферментов, в том числе почти все ферменты желудочно-кишечного тракта: эстеразы, фосфатазы, пептидазы и др.
• IV класс — лиазы. В основу выделения ферментов в этот класс положена их способность расщеплять не гидролитическим путем соединения с двойными связями. К ним относятся декарбоксилазы, ферменты, отщепляющие от субстратов СО, и др.
• V класс — изомеразы. Эти ферменты катализируют взаимопревращение субстратов. Например: L-изомеры превращаются в D-формы, глюкоза — во фруктозу и т. д.
• VI класс — лигазы, или синтетазы. Ферменты этого класса участвуют во всех реакциях синтеза различных соединений.
Каждый класс в свою очередь подразделяется на подклассы, а последние на подподклассы, в которых расположены индивидуальные ферменты. Поэтому каждый фермент зашифрован четырьмя цифрами, каждая из которых обозначает номера класса, подкласса, подподкласса и индивидуальный номер фермента.
Новая классификация ферментов позволяет быстро найти нужный фермент и определить его действие.
На этом же съезде была предложена новая номенклатура ферментов. Каждый фермент имеет название, в котором отражены тип катализируемой ферментом реакции, название субстрата, на который действует фермент и окончание — аза. Например, в клетках печени имеется фермент, который расщепляет глюкозо-6-фосфат на глюкозу и фосфорную кислоту по схеме: глюкозо-6-фосфат + Н2О — глюкоза + Н3РО4.
Фермент, катализирующий эту реакцию, называется глюкозо-6-фосфат-фосфо-гидролаза. В названии указан тип катализируемой реакции — гидролиз, субстрат, на который действует фермент — глюкозо-6-фосфат, и, наконец, окончание аза. Наряду с новой номенклатурой ферментов ряд ферментов сохранил свои старые названия, которые прочно вошли в практику: пепсин, трипсин и др.
Значение ферментов для медицины
Жизнедеятельность любого организма обусловлена постоянным и строго последовательным течением тысяч химических реакций, катализируемых ферментами.. Поэтому любые нарушения нормальных функции организма в основе своей имеют расстройство обменных процессом, нарушение деятельности ферментов (ферментопатии). С этих позиций большинство заболеваний можно характеризовать с точки зрения изменений деятельности ферментов. Механизм возникновения подобных отклонений, роль ферментов в патологии и этиологии заболеваний, в диагностике и лечении нее эти вопросы входят в самостоятельный раздел биохимии — медицинскую ферментологию.