Наблюдаемые пневмонии имели вторичное происхождение и развивались на фоне предсушествующей патологии легких. Пораженные участки не превышали 0,5 см в диаметре, были округлыми плотными темно-красного цвета. В центре узелков на разрезе ткань имела же сервато-белый цвет. В околобронхиолярной ткани были видны кровоизлияния, некрозы, инфильтрация нейтрофильными гранулоцитами и большое количество сибиреязвенных бацилл.
Серозное или геморрагическое воспаление лимфатических узлов, расположенных в грудной клетке, относится к наиболее постоянным изменениям при ингаляционной сибирской язве. При микроскопическом исследовании пораженных лимфатических узлов к наиболее ранним изменениям относят некроз центров лимфатических фолликулов, к которому по мере усиления инфекционного процесса присоединяются отек и кровоизлияния. Наиболее часто (78 %) вовлечены в процесс трахеобронхиальные лимфатические узлы.
При переходе воспалительного процесса с лимфатических узлов на окружающую их соединительнотканную клетчатку в ней появлялись студневидные бледно-желтые, изредка окрашенные кровью отеки. При микроскопическом исследовании пораженных участков наблюдали набухание и разволокнение соединительнотканных волокон, между которыми имелась отечная жидкость с незначительным количеством нейтрофильных гранулоцитов, а также сибиреязвенные бациллы, локализовавшиеся как среди измененных тканей, так и в кровеносных сосудах. При геморрагическом воспалении описанные изменения дополнялись обширными кровоизлияниями. В большинстве случаев была затронута клетчатка, непосредственно прилегающая к лимфатическим узлам (периаденит). Более распространенные поражения встречали реже. Среди них можно назвать: отек клетчатки средостения (медиастинит), который сопровождал поражения лимфатических узлов средостения, отек эабрюшинной клетчатки, связанный с изменениями лимфатических узлов в области брюшной части аорты, а также отеки подкожной жировой клетчатки передней поверхности шеи, подмышечных впадин, передней грудной и брюшной стенок. Отеки шеи наблюдали при поражении поднижнечелюстных лимфатических узлов и иногда в случаях с резко выраженным медиастинитом. У отдельных обезьян отек с шеи распространялся на переднюю поверхность грудной клетки и даже на верхнюю треть передней брюшной стенки. Отеки в области подмышечных впадин сопровождали воспалительный процесс в подмышечных лимфатических узлах и переходили на переднюю поверхность грудной клетки, а в отдельных случаях — на брюшную стенку.
К обычным находкам у животных, погибших после ингаляционного заражения, Н. В. Литусов с соавт. (2002) относят выраженные в различной степени экссудативные плевриты серозного или серозно-геморрагического характера. Резко выраженный плеврит, при котором пристеночная плевра была желеобразно отечной, а в каждой плевральной полости содержалось около 500 см3 мутноватой жидкости. Плевриты и перикардиты в основном сочетались с трахеобронхиальным периаденитом и медиастинитом. Пораженные листки плевры и перикарда были утолщены, желеобразно отечны. В плевральных и перикардиальных полостях содержалась чаще серозная, реже — геморрагическая жидкость. Иногда плевриты были серозно-фибринозными. У большинства животных процесс был двусторонним. При микроскопическом исследовании пораженные участки плевры и перикарда были утолщены, пропитаны отечной жидкостью и незначительно инфильтрированы нейтрофильными гранулоцитами.
Изменения в сердце при ингаляционной сибирской язве непостоянны и ограничиваются кровоизлияниями под эпикардом и в сердечной мышце.
Воспалительные изменения небных миндалин при ингаляционной сибирской язве наблюдали только изредка у павианов гамадрилов.
Среди других внутренних органов полнокровие селезенки у ингаляционно зараженных животных встречалось наиболее часто. Обычно капсула органа была гладкой и напряженной, а ткань плотной и темно-красной. Гистологические изменения в селезенке идентичны поражениям лимфатических узлов, но выражены более резко.
Среди патологии головного мозга обычны полнокровие, кровоизлияния, отек и набухание мозгового вещества. При гистологическом исследовании мягкие мозговые оболочки были отечны, в их тканях имелись кровоизлияния и незначительная инфильтрация нейтрофильными гранулоцитами. Бациллы локализовались среди измененных тканей и в просветах кровеносных сосудов вещества мозга.