Orientalis | — | + | ± | ± | — | Бирма, Южный Китай, Индия, Южная Африка, Южная Америка, Калифорния
Рис. 3.28. Схематическое изображение филогенетического древа Y. pestis. Вдоль каждой ветви указаны снипсы, использованные для его построения. По М. Achtman et al. (2004)
S. Haensch et al. (2010), используя ДНК, выделенную из останков людей, умерших от чумы во время второй пандемии (двое — из Англии, 6 — из Голландии, один — из Франции), показали, что генотипы Y. pestis, индентифицированной в археологических образцах XIV в., отличаются от современных Orientalis (1.ORI), Medievalis (2.MED), Antiqua (1.ANT, 2.ANT) (см. рис. 3.28). Можно предположить, что в работе S. Haensch et al. (2010) описаны штаммы Y. pestis, поддерживающиеся в неизвестных первичных резервуарах очагов чумы европейского континента, угасших в начале XIX в.
Молекулярная эпидемиология Y. pestis более точно устанавливается методами MLVA-анализа. Полученные этим способом данные представлены на рис. 2.29 и 3.30.
Рис. 3.29. Дендрограмма Y. pestis, основанная на 25 локусах VNTR. Псевдотуберкулезному микробу соответствует черный круг в левом верхнем углу дендрограммы. В правой части дендрограммы указаны новые биовары Y. pestis. Цифровые и буквенные обозначения очагов чумы соответствуют приведенным в табл. 3.9 и на рис. 3.30. По Li Y. et al. (2009)Рис. 3.30. Географическое распределение штаммов возбудителя чумы различных биоваров. Подписаны очаги, включающие штаммы биовара Microtus. Цифровые и буквенные обозначения очагов чумы соответствуют приведенным в табл. 3.9 и на рис. 3.30. По Li Y. et al. (2009)
УY. pestis под разными названиями описаны три типовые плазмиды: 9,5 т. п. о. (pPst, pPla, pPCPl или pYP: кодирует пестициногенность, фибринолизин и плазмокоагулазу); 70–75 т. п. о. (pCDl, pCad, pVW, pYV или pLcr: определяет зависимость штамма от кальция, синтез VWa и других поверхностных белков); и 100–110 т. п. о. (pFra/Tox, pFra, рТох, pMTl или pYT: кодирует F1, «мышиный» токсин). Плазмидные профили у штаммов, выделенных в различных природных очагах чумы, можно сравнить между собой по электрофоретической подвижности в агарозном геле, а выделив отдельные плазмиды, сравнить их по результатам рестрикционного анализа.
Рис. 3.30. Географическое распределение штаммов возбудителя чумы различных биоваров. Подписаны очаги, включающие штаммы биовара Microtus. Цифровые и буквенные обозначения очагов чумы соответствуют приведенным в табл. 3.9 и на рис. 3.30. По Li Y. et al. (2009)
Для штаммов, полученных в России и Азии, характерна значительная изменчивость плазмидного состава. До 18 % изолятов из Волго-Уральского песчаного очага (очаг 16)[16] и 43 % изолятов из Таласского очага (очаг 40) содержали криптические плазмиды, обычно с ММ 20 мДа. У некоторых штаммов из Таласского, Центрально-Кавказского и Прибалхашского очагов (очаги 40, 1 и 30 соответственно), а из Сенегала, Шри-Ланки и Индонезии обнаружены криптические плазмиды с ММ 1,6—31 мДа. У отдельных штаммов отмечалось отсутствие одной или двух типовых плазмид (Anisimov А. P. et al., 2004).
Кроме того, размер плазмид может изменяться, что затрудняет получение ответа на вопрос о том, является ли плазмида, идентифицированная в клиническом изоляте, природным вариантом или же генно-инженерным вариантом с возможными дополнительными факторами вирулентности. Понимание причины изменений размера плазмид, обнаруженных у различных изолятов Y. pestis, важно для того, чтобы отличить естественное изменение от генно-инженерного, потенциально обусловливающего повышенную вирулентность или полиантибиотикорезистентность у штаммов, содержащих такие теоретические конструкции. ММ классических плазмид Y. pestis, характерных для штаммов различных подвидов, приведены в табл. 3.8.
Подвид Y. pestis | Биовар | Название/номер очага | Основной хозяин | ММ (мДа) | pPst [18] | pCad | pFra
Y. pestis подвид apestis | Antiqua | Большинство очагов, кроме Тувы и Алтая | Грызуны различных видов | 6,4 | 47 | 67
— " — | Medievalis | Все очаги, кроме очагов песчаночного типа | Грызуны, за исключением песчанок | 6,4 | 47 | 67
— " — | Orientalis | Большинство очагов | Грызуны различных видов | 6,4 | 47 | 64
— " — | Antiqua | Тува/37, 41 | Citellus undulatus | 6,4 | 46 | 67
— " — | Алтай/35 | Marmota caudata | 6,4 | 48 | 67
— " — | Medievalis | Все очаги песчаночного типа | Песчанки различных видов | 6,4 | 48 | 67
Y. pestis подвида altaica | Medievalis | Горный Алтай/36 | Ochotom pricei | 6,4/— | 48 | 72
16
Территориальные границы очагов чумы, расположенных на территории бывшего СССР, приведены ниже.
18
Количества pPst-изолятов