Со средины XVI в. «яд» (или «специфический контагий») стал вытеснять «загнившую пневму» из представлений ученых о причинах повальных болезней. Убедительные доказательства, приводимые контагионистами в пользу «прилипчивого заражения» после каждой «большой чумы», неблагоприятное общественное мнение и сложившаяся противоэпидемическая практика превращали миазматиков в объекты насмешек коллег, и даже, в жертвы судебных преследований властей. И опять мы видим коллизию эпидемиологических представлений. В конце XVI в. по каким-то неизвестным сегодня причинам контагиозность циркулирующего среди людей вируса натуральной оспы уменьшилась. Но по мере стихания оспенной пандемии в XVTI в., т. е. появления детей и взрослых, не перенесших в младенчестве натуральную оспу, все яснее стала видна контагиозность ее возбудителя. Сначала бельгийский врач и теософ-мистик Ван Гельмонт (Joh. Bapt. van Helmont, 1578–1644) пришел к выводу, что «оспа происходит от яда и несет с собою заразу, которой пропитывает кровь и заражает лиц, а особенно детей, окружающих больного». Затем Герман Бургав (Boerhave, 1668–1738) подошел вплотную к современному пониманию заразности оспы. Накопившиеся в XVIII в. «сухие дрова эпидемии», т. е. взрослые люди, восприимчивые к инфицированию вирусом натуральной оспы, вновь сделали возможным ее искусственное распространение с помощью вещей больных людей. Контагионистические взгляды достигли пика своей популярности. Единственное, что тогда сдерживало «сеятелей чумы», так это отсутствие у них в руках самого контагия в виде какого-то вещества, а именно так они себе его представляли.
Локалисты. В средине XIX в. у контагионистического учения вновь появился серьезный конкурент, а если быть точнее в формулировках — он «вернулся». Благодаря накоплению эпидемиологической статистики и работам Макса Петтенкофера (1818–1901) по эпидемиологии холеры, стало развиваться локалистическое (почвенное) учение, имевшее в своей основе взгляды миазматиков на передачу болезнетворного начала. Петтенкофер считал, что почва содержит некий фактор (Y), благодаря которому «холерный зародыш» (X) превращается в «холерный яд» (Z). Он утверждал, что «холерный яд» выходит из почвы вместе с парами, он даже указал на связь холерных эпидемий с понижением почвенных вод (М. Петтенкофер, 1878, 1885).
Тем самым Петтенкофер указал на участие в поддержании и распространении возбудителей инфекционных болезней людей еще каких-то неизвестных факторов, содержащихся в почве. Это его наблюдение нашло подтверждение в трудах других известных ученых того времени (например, Р. Вирхова — в отношении заболеваемости брюшным тифом в Берлине; Н. К. ГЦепотьева — в отношении заболеваемостью чумой в низовьях Волги).
«Овеществленный» контагий. Контагионистическое и локалистическое (миазматическое) учения конкурировали между собой почти до конца XIX в., т. е. до открытия возбудителей холеры, чумы, брюшного тифа, сибирской язвы, туберкулеза и других инфекций. Причем перевес в научных дискуссиях в 1860—1870-хгг. был на стороне локалистов. Открытие же патогенных бактерий в конце XIX в. изменило ситуацию в пользу контагионистов. Бактерии прекрасно «состыковывались» со средневековым учением о контагии. Психологически они воспринимались учеными как тот же контагий, но теперь стало ясно, что это живой организм (contagium vivum), а не «яд», и что его можно получать в большом количестве и изучать в лабораторных условиях. Эти взгляды оказались не менее прочными, чем в свое время взгляды миазматиков. Например, возбудитель сибирской язвы даже в средине 1930-х гг. называли «сибиреязвенным контагием» (см. Н. Г. Олсуфьев, П. П. Лелеп, 1935).
Позиции локалистов были сильно поколеблены, но само локалистическое учение не было разгромлено окончательно. И дело тут не в том, что локалисты не соглашались с доказательствами, приводимыми их противниками в пользу отсутствия в природе какой-то пахучей миазмы, приводящей к болезни. На их стороне, как правило, оказывалась медицинская статистика. Результаты анализа статистических данных, характеризующих динамику, географию, напряженность эпидемических процессов, их пространственно-временные особенности, свидетельствовали в пользу наличия в природе каких-то еще других (кроме «прилипчивого заражения») очень сложных механизмов поддержания и распространения возбудителей инфекционных болезней (см., например, работу Эрисмана Ф. Ф., 1893; и комментарии к книге А. А. Генрици, 2002). Но по мере развития медицинской бактериологии локалистические представления стали считаться учеными умозрительными, так как их сторонники не обладали методическими возможностями для экспериментальной проверки основных своих положений. «Contagium vivum», т. е. выращенный на искусственной питательной среде микроорганизм, стал рассматриваться ими как единственная причина сокрушительных эпидемий.