Разгромът във войната и неуспешните реформи предизвикали вълнения в много провинции – Босна, Албания, Източен Анадол и Багдад. Тези движения били отчасти закъсняла реакция на консерваторите срещу правителството и реформите на султана. Въпреки неуспехите си срещу външните неприятели, новата армия била ефективен инструмент за поддръжка на вътрешния ред и благодарение на нея Високата порта успяла да се справи с размирниците.
През 1830 година французите окупирали Алжир. Трайното им установяване в страната продължило дълго, но султанът не можел да отдели сили за тази отдалечена провинция. Обтегнати били отношенията и с Мехмед Али паша, поради отказ на последния да участва във войната с Русия, а по-късно и в изплащане на репарации по Одринския мир. Изправен пред равносметката от експедицията в Гърция – 30 хиляди убити, пълна загуба на флота и никакви териториални придобивки, Мехмед Али заявил на султана, че няма да му даде нищо. Напротив, за пролятата кръв в Пелопонес и за всички претърпени загуби египетският владетел искал контрол над управлението на Сирия и Палестина. Махмуд II отказал и му предложил остров Крит. В отговор на това Мехмед Али изпратил войска начело със сина си Ибрахим паша, която разбила армията на централната власт и окупирала Сирия и Палестина. Победата на Кайро над Истанбул имала международен отзвук. Руският посланик пред Портата официално предложил въоръжена помощ на Махмуд II. На азиатския бряг на Босфора бил разположен 12-хиляден руски корпус. Англия и Франция с паническа бързина се намесили в конфликта. С тяхно посредничество между султана и Мехмед Али паша бил сключен Кютахийският мир (4 май 1833 г.). Египетският господар запазил подчиненото си положение. Той бил утвърден за "владетел на Египет, Арабистан, Сирия, Палестина и Киликия". Изтегляйки флота си от Босфора, Николай I подписал със султана договор, който потвърждавал Одринския договор и задължавал Портата да затваря Дарданелите за чужди военни кораби винаги когато Русия поискала това. Русия от своя страна трябвало да изпраща войска, когато Османската империя пожелаела. Споразумението предизвикало остри възражения от страна на Англия и Франция, които се опасявали от засилващото се руско влияние.
Независимо от военните и политически неуспехи, Махмуд II продължавал реформите. Неговата главна цел била да изведе Империята от хаоса и да стабилизира властта. През 1835 година администрацията била реформирана в три независими клона: гражданска (калемийе), религиозноюридическа (илмийе) и военна (сейфийе). Ръководителите на всеки клон, съответно Великият везир, шейхюл ислямът и сераскерът (главнокомандващият), се изравнявали по ранг и отговаряли директно пред Махмуд II. Великият везир вече не бил абсолютен представител на султана. За да се подчертае орязването на функциите му, през 1838 година титлата официално била заменена е "министър председател". От 1836 година, с цел да се дефинират по-ясно административните отговорности, представителните отдели на властта били прегрупирани в министерства. Създаден бил консултативен съвет, който наблюдавал военните и административни дела и предлагал нови закони.
И все пак най-важни били промените във военната сфера. Около 70 на сто от приходите в държавата на султана все така се насочвали към армията. Освен увеличената ѝ численост, редовната войска трябвало да отговаря на съвременните изисквания за водене на война. За тази цел през 1835 година били повикани чуждестранни военни мисии, от които най-полезна дейност развивала пруската, начело с Хелмут фон Молтке. В същото време Махмуд II отварял нови военноинженерни училища и обновявал създадените през XVIII век. През 1827 година той открил и офицерско училище.
Ентусиазмът на султана за реформи засягал и външния вид на неговите поданици. По подобие на Петър Велики в Русия, Махмуд II издал декрети, които определяли дължината на мустаците и брадите, както и цветовете на облеклото. За войниците от армията били въведени нови униформи. Старите чалми били заменени от опростените и много по-леки фесове, европейският костюм станал задължителен за държавните чиновници. Самият султан дал личен пример, като се обличал с европейски костюм, учил френски и се возил е кола. Колкото и повърхностни да изглеждат тези негови действия, те рушали консервативното мислене, преодолявали инертността и средновековната рутинност, царящи в османското общество.