Ще одним чинником посилення українсько-російської напруги стала проблема Слобожанщини. Туди під час останніх війн на території України потрапило чимало козаків і селян, які або не хотіли перебувати в розорених землях, або не були згідні з політикою гетьмана Хмельницького (не треба думати, що цей видатний лідер впливав на українців лише вмовляннями). Гетьман нарікав московітам, що вони вкривають у себе цих біженців, але це не завадило царському уряду продовжувати заохочувати переселенців, звільняючи їх від податків і закріплюючи їх права на слобожанські землі. Проте, тут недоброзичливість була з обох боків. Москва теж мала повне право бути невдоволеною перебуванням в Україні багатьох втікачів з Росії — колишніх кріпаків. Військо Запорозьке не мало традиції видавати таких людей, бо й само було значною мірою складено з селян, що шукали волі.
Ми вже говорили про те, як український уряд не звернув увагу на вимогу Москви узгоджувати з нею зовнішню політику. Джерела свідчать, що ще до Віленського перемир'я Чигирин мав відносини, наприклад, зі Швецією. Царські урядовці були проти цих стосунків, але Богдан Хмельницький поясняв, що цей союз необхідний і Росії, і намагався підтримувати дружні відносини з далекою північною державою. Тоді московіти затримали послів, що були відправлені з України до Швеції. Згодом виникла ще одна проблема. В 1655 році гетьманський уряд вів переговори з посланцем від Польщі — до речі, родичем Івана Виговського — Федором Виговським. Незважаючи на явне порушення Березневих статей, тоді Москва не наважилася відкрито виступити проти цих переговорів. Влітку 1655 року гетьман вів самостійні і таємні переговори з представниками придунайських князівств. Нарешті, вже згадувалося, наскільки різними були позиції Росії і України до можливості продовження бойових дій в Польщі пліч-о-пліч зі шведами. В 1656 році Москва вийшла з війни з Річчю Посполитою, не порадившись з гетьманом. Зі свого боку Хмельницький увійшов в антипольську коаліцію, одна з держав якої (а саме Швеція) перебувала у стані війни з Москвою.
Таким чином, можна говорити про те, що Івану Виговському досталася вже непроста спадщина українсько-російських відносин. Маса суперечок мала місце ще при Б. Хмельницькому, а ще більше обіцяло початися завдяки глибинним протиріччям в основах внутрішньої політики, в зовнішньополітичних інтересах, державницьких доктринах України і Московїї.
Вже влітку 1657 року складаються дуже гострі відносини стосовно прав, що мали щодо свого населення гетьманський уряд і вся козацька верхівка. Намагаючись реалізувати на практиці свою владу щодо міст і сіл України, представники старшини наштовхнулися на опір міщан і селян. Деякі пересічні українці і рядові козаки побачили можливість уникати податків і обов'язків, що на них накладали нові господарі — заможні та владні старшини — за допомогою московського царя, який охоче приймав такі скарги. Царський уряд почав видавати привілеї та пільги через голову гетьмана. Від деяких податків і зобов'язань був звільнений Київ, аналогічні грамоти з Москви одержали Переяслав і Ніжин. Це було пряме втручання в українські справи і не відповідало Березневим статтям. Справжній антигетьманський і антистаршинський осередок формується на Запорожжі. Низове козацтво було дуже незадоволене збагаченням купки вищих чинів і було готове виступити проти них із зброєю в руках.
Дійшло до відкритого конфлікту з Москвою в Білорусії. Вище була описана ситуація, коли звільнені білоруські землі полковник Золотаренко намагався покозачити і привести до присяги гетьману. Тепер там стояли війська іншого козацького полковника — І. Нечая. Мету свою він бачив так само в інтеграції цих територій до України. Але росіяни вважали білоруські землі своїм трофеєм. Московське військо, що вже не воювало проти поляків, повернулося проти козаків і почало насильно виганяти їх загони з білоруських повітів.
Обранням Івана Виговського гетьманом замість Юрія Хмельницького Москва була дуже незадоволена. По-перше, там, судячи з всього, хотіли бачити з булавою людину менш впливову і сильну, а по-друге — вважали неприпустимим проведення таких виборів без присутності своїх представників. Тому в вересні московський уряд звертається до Виговського не як до гетьмана, а як до генерального писаря, ставлячи під сумнів його легітимність. В тому ж місяці на Лівобережжі з'являється військо воєводи Г. Ромодановського, що стає в Переяславі та Пирятині. Мету свого прибуття московіти не оголошували, але доходи з оренд, що раніше йшли з цих місць в розпорядження старшини, тепер йшли на утримання російських військ.