Узнав о падении Тобрука, Ричи принял решение сначала задержать противника на границе с Ливией у Саллума, а затем отойти на подготовленные рубежи у местечка Мерса-Матрух. Окинлек одобрил этот план. В Матрух уже был направлен штаб 10-го корпуса из Палестины под командой генерала Холмса с приказом занять там оборону. 2-я новозеландская дивизия генерала Фрейберга была передислоцирована из района дельты, а 50-я дивизия и 10-я индийская дивизия, отошедшие от границы, были переданы под командование Ричи. Все остальные войска в полосе границы были переданы 13-му корпусу генерала Готта, Нори принял штаб 30-го корпуса в Матрухе, а когда прибыл 10-й корпус, перенес свой командный пункт в Эль-Аламейн, где принял командование 1-й южноафриканской дивизией и организовал оборону.
Только через два дня после падения Тобрука Роммель пересек границу, имея в своем распоряжении лишь 44 танка. Два дня спустя, 25 июня он вошел в соприкосновение с 13-м корпусом Готта южнее Матруха. Именно в этот день Окинлек решил взять на себя руководство боевыми действиями, прилетел из Каира и в тот же вечер сместил Ричи с поста командующего 8-й армией. Боевые порядки были растянуты, времени на раздумья не оставалось, армия была в состоянии полного расстройства, а солдаты до предела измотаны. В последующие два дня Роммель рассеял 13-й корпус, собравший все войска, оставшиеся в окрестностях Матруха, включая и новозеландскую дивизию. В Матрухе был окружен и блокирован 10-й корпус. Корпус вышел из окружения, его подразделения, а также части 13-го корпуса отступили к Эль-Аламейну. Роммель продолжал наступление, и части 8-й армии отходили, не отрываясь от его войск, иногда даже отставая от них. 1 июля Роммель был, наконец, остановлен у Эль-Аламейна 1-й южноафриканской дивизией и у рубежа, наспех возведенного у Дейр-эль-Шейна, 18-й индийской пехотной бригадой. Дальше к югу вокруг Карет-эль-Абда заняла позиции новозеландская дивизия и 1-я танковая дивизия, которой были переданы все оставшиеся бронетанковые части и которая заняла позиции вдоль хребта Рувейсат. Позиции у Наиб-абу-Двейса удерживала 9-я индийская бригада – единственная оставшаяся в распоряжении 5-й индийской дивизии, которая расположилась возле Химеймата. Там же располагался штаб 7-й бронетанковой дивизии, но под ее командованием был только 4-й южноафриканский полк бронеавтомобилей.
В течение июля сражения продолжались вдоль всей линии Эль-Аламейна. Эти стычки напоминали боксерские обмены ударами. Обе стороны были слабы и до предела измотаны. Они наносили друг другу удары в мелких стычках, но причиняли лишь незначительный урон. Со временем, однако, противники набирались сил и начинали подумывать о нокаутирующем ударе, но при каждой попытке атакующий убеждался в возросшей силе противника, особенно в обороне. Стороны перешли к оборудованию позиций и минированию подходов к ним. Каждый следующий удар обходился дороже и приносил меньше выгоды. Хотя стороны стали сильнее, каждый удар заставлял их выдыхаться. Поединок казался нескончаемым. Настало время для перерыва – надо было передохнуть. 9-я австралийская дивизия, которая на севере соединилась с южноафриканцами, расширила позиции к западу от Эль-Аламейна и окопалась на холме Тель-эль-Эйса. Отсюда линия обороны простиралась на юг к Дейр-эль-Шейну, к востоку от Карет-эль-Абда и к западу от Карет-эль-Химеймата. Старые позиции у Карет-эль-Абда и Наиб-абу-Двейса оказались в руках Роммеля, как и узкий проход вокруг Гебель-Калаха. Такая обстановка сложилась к концу месяца, когда Окинлек отправил в Лондон телеграмму следующего содержания:
«Вчера было проведено трудное совещание с корпусными командирами, на котором обсуждалось тактическое положение. Вследствие истощения ресурсов и укрепления позиций противника мы с сожалением констатировали, что в сложившихся обстоятельствах не следует возобновлять попыток прорвать фронт противника или обойти его с южного фланга. Сомнительно, что возможность возобновить наступательные операции возникнет раньше середины сентября. Все зависит от способности противника восстановить свои танковые силы. Таким образом, мы временно будем придерживаться оборонительной тактики, что не исключает тщательной подготовки и укрепления сил во всей полосе нашей обороны. Со временем мы воспользуемся первой возможностью предпринять внезапное, ошеломляющее противника наступление».