Одновременно с минированием (до 15 июля самолеты из II/KG4 только в районе Севастополя выставили до 120 авиационных мин) продолжалась воздушная разведка Главной базы. Как правило, вражеские самолеты проникали сюда на большой высоте ранним утром или на заходе солнца, старались использовать пасмурную погоду. Утром 25 июля (по другим данным, 27-го) Do 215 из 3/ObdL был сбит воздушным тараном, ставшим первым на Черноморском флоте. После донесения с поста ВНОС с Качинского аэродрома поднялась пара МиГ-3 из 32-го иап ВВС ЧФ. Разведчик шел на высоте 7000 м и при наборе у ведомого лейтенанта П.А. Телегина перегрелся мотор, он вышел из боя и приземлился в Евпатории. Стрелки разведчика повредили машину лейтенанта Е.М. Рыжова, однако он продолжил бой, а когда заклинило оружие, пошел на таран. Через три часа после приводнения катер подобрал сильно ослабевшего смельчака и доставил в Одессу; вскоре его наградили орденом Красного Знамени.
С конца лета 1941 г. войска, находящиеся в Крыму, спешно готовили к боям. 51-я армия была сформирована тогда же на базе 9-го стрелкового корпуса с непосредственным подчинением Ставке ВГК (на правах фронта) и имела, по мнению вышестоящего командования, достаточно сил для решения главной задачи – не допустить вторжения неприятеля в Крым по суше через Перекопский перешеек и Сиваш. При этом командующий армией генерал-полковник Ф.И. Кузнецов и его штаб распределили свои соединения примерно равномерно по всему полуострову, включая побережье, считая реальной угрозой крупные десанты врага с моря, несмотря на полное господство Черноморского флота, и воздуха.
В Крыму по-прежнему базировались крупные силы авиации флота, а ВВС собственно 51-й армии первоначально состояли из 182-го иап (командир – майор М.П. Нога) и 247-го иап (командир – майор М.А. Федосеев), а также 21-го дбап под командованием Героя Советского Союза подполковника Г.М. Прокофьева. Здесь же располагалась группа бомбардировщиков Краснодарских курсов усовершенствования ВВС (на самолетах СБ и ДБ-3ф), которые вскоре пополнили предыдущую часть. Возглавил сухопутную авиацию Крыма полковник В.А. Судец, ранее, до его расформирования, командовавший 4-м авиакорпусом Главного командования. Перед этими силами командующий 51-й отдельной армии генерал Кузнецов ставил множество задач: сорвать вместе с пехотой и кавалерией развертывание и сосредоточение противника на подходе к Крымскому полуострову и особенно принять участие в борьбе с воздушными и морскими десантами. Считалось, что немцы обязательно будут их выбрасывать или высаживать, чтобы растянуть советскую оборону.
Как теперь понятно, прогноз командующего совершенно не оправдался. Представляя в конце августа 1941 г. на утверждение в Ставку план обороны полуострова, генерал Ф.И. Кузнецов, в частности, писал: «Центр Крыма – сплошной аэродром, что точно известно врагу. Противник не пойдет на авантюру высадки воздушного десанта изолированно от действий на северном направлении, но он может попытаться высадить воздушный десант несколько ранее наступления своих главных сил с севера, увязав во времени высадку морского и воздушного десантов, чтобы дезорганизовать наш тыл и оттянуть наши силы с перешейков. Надо ожидать высадки крупных авиадесантов до 15–20 тыс. чел.». Делается ошибочный вывод: «Центр Крыма – второе по значению операционное направление» [Сборник документов Верховного Главнокомандования за период Великой Отечественной войны. Вып. 1. М., 1968. С. 425.].
В конце лета 1941 г. немецкая авиация в Крыму перешла от выполнения чисто разведывательных заданий к бомбардировкам городов, правда, силами лишь 10–12 Ju 88 или He 111. Так, вечером 30 августа авиабомбы упали на Севастополь, Керчь, Джанкой, а на следующий вечер – Евпаторию. Тем временем, преодолев сопротивление советских войск в районе Каховского плацдарма, части 11-й германской армии, которую незадолго до этого возглавил генерал-полковник Э. фон Манштейн, начали выходить к крымским перешейкам. В начале сентября Люфтваффе бомбили крупными авиабомбами Армянск и Перекоп, предполагая наличие там войсковых штабов.