14 июня в связи с нарастанием угрозы нападения Одесский военный округ получил указание о выделении управления 9-й армии (командующий генерал-полковник Я.Т. Черевиченко) с выводом его в Тирасполь. Утром 20 июня управление (начальник штаба генерал-майор М.В. Захаров) было поднято по тревоге и под видом командно-штабных учений к исходу дня развернуло командный пункт в заранее оборудованном на случай войны районе, установив связь с соединениями, включенными в состав армии.
В ночь на 22 июня начальник штаба получил от командующего округом, который оставался пока в Одессе, сообщение о том, что из Москвы ожидается телеграмма особой важности. Генерал М.В. Захаров вызвал к телеграфным аппаратам командиров стрелковых и кавалерийского корпусов и с разрешения командующего приказал занять частями прикрытия свои районы обороны. Как записано в журнале боевых действий 9-й армии, «в 24.00 21.06.1941 г. части армии, прикрывающие границу, телеграфным распоряжением приведены в боевую готовность по тревоге. Дан приказ занять районы по плану прикрытия».
Директиву наркома обороны о приведении войск в готовность к отражению агрессии Одесский военный округ получил уже после объявления боевой тревоги; Командующий армией и член Военного Совета корпусной комиссар А.Ф. Колобяков прибыли на командный пункт в девять часов 22 июня.
К четырем часам 22 июня части 176-й, 95-й, 25-й и 51-й стрелковых дивизий, а также 9-й кавалерийской первого эшелона 35-го, 14-го стрелковых и 2-го кавалерийского корпусов заняли подготовленную в инженерном отношении оборону вдоль Прута. В среднем на каждую дивизию приходилось около 100 км участка границы. Так как соединения заняли оборону в полосе 50–60 км, между ними остались промежутки. Особенно большим был разрыв между 176-й и 95-й стрелковыми дивизиями — более 70 км. Промежутки прикрывались только силами пограничников.
Вдоль Днестра на старой (1940 г.) государственной границе находились 80-й и 82-й укрепленные районы (УРы). Они имели оборонительные сооружения почти по всей полосе округа на глубину 4–6 км. Так, 82-й УР, обороняя фронт 150 км, имел 262 пулеметных и 22 артиллерийских долговременных сооружения", насчитывал более 10 тысяч человек личного состава, около 100 орудий, 632 станковых и 285 ручных пулеметов, а также другое вооружение.
22 июня противник «ударно-поисковыми группами», состоящими из румынских соединений, попытался захватить мосты и плацдармы и создать видимость общего наступления. Используя промежутки в обороне советских войск, его подразделения сумели захватить небольшие плацдармы у Бранешт, Скулян, Унген, Вален. Однако уже к исходу дня контратакой выделенных подразделений плацдармы были ликвидированы. Только в районе Скулян отбросить врага за Прут не удалось. Для его ликвидации командующий силами 30-й горно-стрелковой дивизии (командир генерал-майор С.Г. Галактионов) предпринял контратаку, но успеха не добился. На других направлениях неоднократные попытки румынских войск захватить в июне переправы и плацдармы были отражены.
21 июня Политбюро ЦК ВКЦ(б) решило образовать Южный фронт. Формирование управления поручалось штабу Московского военного округа. Командующему войсками округа генералу армии И.В. Тюленеву, на которого возлагалось командование фронтом, об этом решении стало известно ранним утром 22 июня. 24 июня управление фронта прибыло в Винницу, где по указанию Ставки развернуло командный пункт. Его размещение в этом районе (в полосе Юго-Западного фронта) затрудняло связь с войсками и было вызвано тем, что здесь еще в 1939–1940 годах был оборудован фронтовой пункт управления. Как вспоминал И.В. Тюленев, о существовании пункта его «не поставили в известность ни в Генеральном штабе, ни в штабе Киевского военного округа». Узнал о нем Иван Владимирович от начальника инженерных войск фронта. Средств связи здесь не оказалось, и штабу пришлось использовать местные.
В состав фронта с 25 июня вошли 9-я и 18-я армии, 9-й особый, 55-й, 7-й стрелковые корпуса и части фронтового подчинения. ВВС фронта состояли из пяти авиационных дивизий, которые входили в состав армий. В распоряжении фронта оставалось лишь два истребительных и один разведывательный авиаполки.
Фронт имел 15 стрелковых, три кавалерийские, шесть танковых, три моторизованные дивизии, оборонял полосу шириной около 700 км от Карпат до устья Дуная.
Из-за бездействия вражеских войск войска Южного фронта получили десятидневную паузу, однако командование фронта не использовало ее должным образом.
Активные боевые действия шли лишь на Дунае. 22 июня 1941 г. в 4 ч 45 мин румынская артиллерия открыла огонь по советскому городу Измаил. Одновременно румынская и германская авиация бомбила наш город. Советская береговая артиллерия и артиллерия кораблей Дунайской военной флотилии открыла ответный огонь. При этом замечу, что если у Измаила ответный огонь был открыт немедленно, то в других местах наши орудия молчали от двух до трех часов. Видимо, командиры боялись стрелять — «как бы чего не вышло».