В 1987–1990 годах командовал дивизией дальних бомбардировщиков в Прибалтийском военном округе. Одновременно занимал должность начальника военного гарнизона города Тарту (Эстония).
В ноябре 1990 года избран председателем исполкома Чеченского национального съезда. Вмае 1991 года вышел в отставку (комиссован в связи с психической неуравновешенностью).
26 ноября 1990 года на внеочередной, четвертой сессии Верховного Совета ЧИАССР по предложению Чеченского национального съезда была принята Декларация о государственном суверенитете Чечено-Ингушской республики.
Вскоре после первого съезда между националистами и либералами в исполкоме ЧНС произошла свара и раскол. В схватке Дудаев поддержал национал-радикалов, что принесло им политическую и организационную победу. При этом сам Джохар Мусаевич перешел из разряда «свадебного генерала» в разряд лидера оппозиции.
Весной 1991 года Дудаев призвал к роспуску Верховного Совета республики «как выполнившего свою политическую задачу принятием Декларации о суверенитете и не соответствующего статусу парламента нового суверенного государства»[93].
Летом того же года Джохар Дудаев становится председателем исполкома ОКЧН (заменившего Чеченский национальный съезд). На второй сессии ОКЧН 8–9 июня была провозглашена «Чеченская Республика Нохчичо» и вновь прозвучал призыв к роспуску Верховного Совета. Началось фактическое создание параллельных органов власти. Кроме того создавались отряды боевиков, которые готовились к захвату власти. Так, еще в марте 1991 года исполком ЧНС отправил за границу группу из 50 человек, в числе которых были Шамиль Басаев, Руслан Гелаев, Ширман Албаков, Анди Мадагов, Резван Мержуев. Они обучались в турецкой спецшколе военно-диверсионной подготовки до августа. Басаевская группа была первой, затем чеченские бандиты учились в этой школе уже регулярно.
После известных событий 19–21 августа 1991 года, когда в Москве провалилась неуклюжая попытка коммунистического руководства страны сохранить свою власть, дни Верховного Совета Чечено-Ингушетии были сочтены.
3 сентября Джохар Дудаев объявил о низложении Верховного Совета и заявил, что «берет власть на себя», призвал к роспуску существующих структур и обвинил Россию «в проведении колониальной политики в отношении Чечни»[94]. В этот же день вооруженные отряды ОКЧН заняли ряд правительственных зданий, здания Телецентра и Дома радио.
6 сентября дудаевские бандиты с воплями и стрельбой ворвались в здание Верховного Совета, где шло заседание депутатов. Вооруженные молодчики жестоко избили более 40 депутатов, а одного из них — председателя горсовета Грозного Виталия Куценко — выбросили из окна. От полученных травм он погиб.
Дальнейшие события происходили следующим образом:
«10 сентября по поручению президента России Ельцина в Грозный прибыла делегация, в состав которой входил Госсекретарь Г. Бурбулис и Министр печати и информации М. Полторанин, целью которых была “тихая” смена лидеров республики.
Благодаря энергии и авторитету приехавшего затем в республику Руслана Хасбулатова была собрана и фактически под его руководством прошла последняя сессия Верховного Совета Чечено-Ингушетии. Здание, где проходила сессия, было окружено “гвардейцами” Конгресса. Несмотря на отсутствие кворума и в условиях психологического давления депутаты приняли решение об отставке Завгаева с поста Председателя Верховного Совета и самороспуске самого Верховного Совета.
Вместо него на переходный период образовали Временный Высший Совет Чечни и назначили дату всеобщих выборов на 17 ноября 1991 года.
Однако вскоре во Временном Совете произошел раскол. Четверо сторонников группы Дудаева издали от имени всего Совета ряд законов и постановлений, предлагавших создание правовой базы для деятельности исполкома Общенационального конгресса чеченского народа как верховного властного органа. Не испытывая противодействия, “группа четырех” в своих действиях пошла дальше и объявила о разделении Чечено-Ингушской республики на суверенную Чеченскую Республику и Ингушскую Республику в составе РСФСР.
Заявление о расколе Республики вызвало многочисленные протесты, и 5 октября собравшиеся 7 членов Временного высшего совета большинством голосов приняли решение об отмене решений “четырех”. В ответ на это исполком Конгресса “за подрывную и провокационную деятельность” распустил Временный высший совет и принял на себя функции “революционного комитета на переходный период со всей полнотой власти”. Таким образом, Дудаев, в полной мере использовав помощь федеральной власти, выполнил свои задачи по захвату власти.