Закончив рекогносцировку дельты Амударьи, суда флотилии вернулись в Аральское море. Что касается Черняева, то за время плавания он также составил подробную карту прилегающих к дельте степей.
А посольство Игнатьева тем временем добралось до Хивы, где было принято Саид Мухаммад-ханом. Во время торжественной аудиенции посол вручил хану подарки от российского императора, среди которых был даже богато украшенный орган. Вручение даров сопровождалось пояснением, что подарки слишком велики и тяжелы, чтобы их в будущем перевозить через степь, но есть возможность переправлять их через Аральское море, поднимаясь по Амударье. Таким образом, Игнатьев попытался получить разрешение использовать данный маршрут в дальнейшем. Это была типичная уловка Большой Игры, давно применяемая англичанами, которые подобным образом тридцать лет назад получили право на судоходство по Инду. Однако хан оказался не так прост и посадил российских дипломатов под домашний арест, заявив, что делает это для их же защиты от черни, якобы ненавидевшей всех русских.
Взаимное незнание обычаев сказывалось буквально во всем. Так, член посольства ориенталист П.И. Демезон вспоминал, как возмутила хивинцев просьба русских выдать им для известных гигиенических нужд бумагу. По мнению правоверных мусульман, бумага являлась священным предметом, ибо на ней, кроме прочего, написан Коран, а для гигиенических целей вполне годились плоские камешки, полный ящик которых и доставили членам миссии. Под угрозой смертной казни местным жителям было запрещено разговаривать с русскими. В результате переговоры Игнатьева с ханом затянулись, не принося конкретных результатов.
Пытаясь решить вопрос, Игнатьев предложил хану подписать «обязательный акт», провозглашавший установление дружественных отношений между двумя державами, отказ от содействия грабежам русских подданных и гарантии их безопасности, а также разрешение на плавание российских судов по Амударье. Кроме этого, Игнатьев выразил пожелание иметь в Хиве российского агента, через которого хан мог бы постоянно общаться с Петербургом. От себя Игнатьев был готов взять ответные обязательства.
После долгого раздумья хан согласился на выполнение всех условий, кроме пропуска русских судов в Амударью. Дело в том, что хан Саид Мухаммад узнал, что на пароходе «Перовский», занимавшемся картографией местности вблизи города Кунграда, укрылся бежавший персидский раб. Хивинцы потребовали его выдачи, но Бутаков отказался вернуть беглеца, заплатив из своего кармана владельцу выкупные. Известие о беглом рабе вызвало созыв ханского совета, на котором было решено больше не допускать русские пароходы в реку. Впрочем, чтобы подсластить пилюлю, через несколько дней Саид Мухаммад прислал ответные подарки российскому императору.
Затем Игнатьев все-таки убедил хана открыть рынки для российских купцов. Но затем настроение хана изменилось.
Дело в том, что Саид Мухаммад перехватил посланные Катениным письма к туркменским старейшинам, в которых оренбургский генерал-губернатор нелицеприятно отозвался о хане. Теперь Саид Мухаммад пытался задержать Игнатьева у себя как можно дольше, чтобы в случае чего иметь ценного заложника в выяснении отношений с Россией, и поэтому затягивал переговоры. В особенности же хан не желал поездки русского посла в Бухару, боясь создания с тамошним ханом военного союза против себя. Всеми силами Игнатьева убеждали возвращаться обратно в Россию.