Между тем положение с приемкой МиГ-3, да и с ЛаГГ-3, на вооружение — сложное. По МиГ-3 — дефекты и конструктивные недоработки как по самолету, так и особенно по мотору. В частности — недостаточная приемистость и заглохание мотора при резкой даче газа с режима малого газа. Последствия — катастрофические: в случае если неопытный летчик «мажет» при посадке, то быстро уйти на второй круг не может и бьется. Скоростной самолет, как известно, имеет высокую посадочную скорость и требует особого мастерства пилотирования при посадке. Отсюда — проблема: как научить неопытных летчиков посадке на скоростных самолетах без аварий? Учебных спарок в частях было мало. Вообще аварийность в ВВС Красной Армии огромная: в среднем разбивается 2–3 самолета в день. Эта ситуация во многом сохранилась и в войну. Неслучайно во время войны небоевые потери самолетов составляли свыше 50 %. Кроме юго, «мигу» не хватает заявленной дальности (1000 км), Тяжеловат мотор для истребителя и пр. На ЛаГГ-3 тоже проблемы — никак не компонуется вооружение, авиационная пушка.
Совещания по вопросам авиации идут у Сталина каждый день: нарком Шахурин, главком ВВС Рычагов, Maленков и др. Обстановка накаляется. Наконец, в феврале МиГ-3 принимают на вооружение, как обычно, с перечнем замечаний. В это же время Яковлев «добивает» Поликарпова, запрещая дальнейшие летные испытания перспективного опытного истребителя И-185 (т. е. И-18 5-я модель) с более мощным, но «сырым» швецовским мотором М-71: завод № 19 будет перестраиваться на выпуск АМ-35 и никаких М-71 не будет. Но к этому времени уже пол года идут испытания нового швецовского мотора М-82, имеющего очевидные преимущества: меньший «лоб», меньшая напряженность, а следовательно, большая надежность. Поликарпову удается согласовать общую позицию по мотору со своим бывшим коллегой Гуревичем: вносится предложение об унифицированной винтомоторной группе для МиГ-3 и И-185 на основе М-82. Да и перестройка пермского завода оказывается не таким простым делом, как это представлялось Сталину — необходимо менять станочное оборудование. Дело в том, что корпуса моторов воздушного и жидкостного охлаждения требуют для механической обработки совершенно разных типов станков. И при этом программу производства М-62 никто не отменял.
9 апреля издается Постановление ЦК «Об авариях и катастрофах в ВВС Красной Армии», Рычагова снимают с работы, вместо него назначают его заместителя Жигарева. В сталинские времена снятие с работы было самым страшным наказанием: человек терял иммунитет необходимости, нужности в системе сталинской вертикали власти.
В это же время, в апреле 1941 г. — шесть самых передовых предприятий авиационной промышленности (ЦАГИ, два московских, самолетный № 1 и моторный № 24 заводы, самолетный завод № 22 в Филях, рыбинский № 26 и пермский № 19 моторные заводы) были показаны делегации германской Люфтваффе под руководством немецкого военно-воздушного атташе Ашенбреннера с целью предупредить Гитлера об опасности нападения на СССР. Правда, как свидетельствует Ашенбреннер, Гитлер, узнав о результатах поездки, воскликнул: «Теперь стало видно, как далеко зашли эти люди. Нужно начинать немедленно». Известно, что Геринг вообще не поверил отчету о поездке, сочтя невероятным создание современной авиационной промышленности в России. Эти заводы и сегодня являются передовыми, а завод в Филях — не что иное, как знаменитый завод космической техники им. Хруничева (бывшего министра авиапрома, сменившего Шахурина после его ареста).
6 мая 1941 г. Сталин вновь вызывает к себе специалистов Наркомата авиапрома для принятия окончательного решения о работах по мотору М-82. В этот день первыми в восемь часов вечера приглашаются Маленков, Жигарев, Шахурин, Артем Микоян, Кожевников, Швецов и др. В кабинете Сталина вместе с ним находится Молотов. Речь идет о перспективах мотора М-82. Конструктор Микоян приглашен не зря: рассматривался вопрос о возможной замене «сырого» и тяжелого мотора АМ-35 на более легкий М-82. Скорее всего, именно на этом совещании причину медленного освоения в войсках самолета МиГ-3 Артем Микоян перевел на НИИ ВВС. После двухчасового совещания мотористов отпустили, решение было принято о серийном производстве М-82 для самолетов МиГ-3, ЛаГГ-3 (Ла-5 — это модификация ЛаГГ-3 с мотором М-82) и И-185 (а позже и для Ту-2) и о прекращении производства АМ-35. Еще на час остались «высшие чины» авиационного руководства страны: Маленков, Шахурин, Жигарев. Интересно, что длительные (по 4–5 часов) совещания у Сталина даже по сугубо техническим вопросам авиации проходят с участием «ближнего круга» из членов Политбюро. Сталин любил обсуждать детали после того, как он уже принял решение. В середине этого последнего часа Сталин позвал наркома только что (в феврале 1941 г.) образованного НКГБ Меркулова, заместителя Берии. Очевидно, что речь шла о том, чтобы разобраться с «саботажниками» в авиапроме и ВВС. Типичной практикой того времени было поручение составить план мероприятий «по разоблачению и предупреждению вредительства и шпионажа». Вскоре руководство НИИ ВВС (Филин и др.), ВВС МВО (Пумпур и др.), были арестованы. Арестовали и уже снятого с работы Рычагова и его предшественника на этом посту Смушкевича, боевых летчиков, Героев Советского Союза. Все они были признаны виновными в аварийности и саботаже принятия на вооружение истребителя МиГ-3 и расстреляны.