Немцы полностью осознавали необходимость нейтрализации Мальты. Но лишь самые дальновидные из них, в том числе и Роммель, понимали, что эту угрозу следует уничтожить окончательно. Выполнение задачи было поручено X авиакорпусу. Однако он начал массированные атаки лишь через 6 дней после прибытия «Илластриеса» в Гранд Харбор. Эта передышка позволила англичанам подремонтировать авианосец. Первая массированная атака германской авиации против верфи была проведена 16 января. Авианосец получил попадание одной бомбы, но повреждения оказались невелики. 18 января вражеская авиация занялась мальтийскими аэродромами и укреплениями. Авианосец был уже почти готов к выходу в море, когда новый налет на верфь вызвал дополнительные повреждения подводной части корабля. И все-таки, несмотря на все усилия врага, вечером 23 января «Илластриес» медленно проскользнул мимо брекватера и вышел в море. Самолеты противника этого не заметили. Вскоре корабль сумел дать уже 20 узлов. Так началось его долгое и трудное путешествие на верфь Норфолка (штат Вирджиния), где он прошел капитальный ремонт.
Хотя «Илластриес» сумел избежать самого худшего, теперь Мальта подвергалась регулярным массированным атакам Ju-87 и Ме-110, которые проводили бомбометание с пикирования и обстрелы с бреющего полета. Ju-88, He-111 и итальянские «Савойи» бомбили остров с горизонтального полета. На Мальте оставалось слишком мало истребителей, чтобы отразить эти атаки. Не более 6 «Харрикейнов» могли подняться в воздух — это было все, что осталось от современных истребителей. Кроме них имелись 3 тихоходных «Фулмара», оставленные «Илластриесом», и 1 древний «Гладиатор». Но эти самолеты и зенитки сумели сбить 16 самолетов противника, хотя и не смогли отбить атаку. Весь январь, февраль и март налеты повторялись со зловещей регулярностью.
Хотя ПВО острова трещала по всем швам, он еще сохранил кое-какую ударную мощь. «Веллингтоны» 418-й эскадрильи бомбили аэродромы Сицилии, уничтожили несколько самолетов и нанесли определенные повреждения сооружениям. «Суордфиши» 830-й эскадрильи во взаимодействии с «Сандерлендами» добились заметных успехов в борьбе с ливийскими конвоями, даже когда бомбардировки Мальты были в полном разгаре. Вражеские воздушные налеты не помешали возобновить функционирование базы подводных лодок на Мальте, и лодки вскоре превратились в смертельную угрозу для вражеских конвоев. Если бы X авиакорпус получил возможность продолжать налеты на Мальту с прежней силой, исход мог оказаться иным. Но события на других участках Средиземного моря отвлекли внимание немцев и итальянцев от Мальты. Они также показали взаимосвязь событий на всем театре в целом.
В Северной Африке британская Армия Нила продолжала наступление. 22 января был захвачен Тобрук, и к 6 февраля итальянцы были выбиты из Киренаики. Немцы опасались, что их союзники не сумеют удержать Триполитанию. В феврале 1941 года началась перевозка туда частей Африканского Корпуса. В результате корабли, поддерживающие наступление английской армии вдоль побережья, и транспорты, доставляющие ей снабжение, начали нести потери. Однако давление на Мальту ослабло в самый критический момент.
Тем не менее, положение острова в марте оставалось тяжелым, так как Люфтваффе захватили полное господство в воздухе. У побережья Ливии корабли Прибрежной Эскадры практически ежедневно несли потери. Адмирал Каннингхэм присоединился к Лонгмору, требуя прислать истребители. 11 марта он написал Первому Морскому Лорду:
«Похоже, кое-кто не слишком ясно представляет состояние наших ВВС здесь. Я чувствую, что Комитет начальников штабов получает совершенно неверную информацию о количестве имеющихся истребительных эскадрилий. Лонгмор выскреб все буквально до дна, и мы имеем гораздо меньше, чем думают в Англии. Немцы крепко нажали на нас в Киренаике. Мы полагаем, что против наших 30 самолетов немцы и итальянцы имеют более 200.