Неудивительно, что Филипп получил приглашение посетить Царское Село и был осыпан милостями. Еще находясь во Франции, царь обратился с личной просьбой к французскому правительству вручить этому неучу медицинский диплом. Во Франции это оказалось немыслимым, но в России, где царь был полновластным хозяином, он приказал Петербургской военной академии назначить Филиппа армейским врачом. Он также назначил его государственным советником в чине генерала. Но хотя Филиппа любила, боготворила и чуть ли не поклонялась ему императорская чета вместе с "черногорскими принцессами" и их мужьями, у него были и могущественные враги - на самом деле он попал в такое же двусмысленное и опасное положение, как впоследствии Распутин. Окружение двух влиятельных женщин - императрицы Марии Федоровны и великой княгини Елизаветы Федоровны - его не любило и презирало. Чтобы обезвредить Филиппа, эти люди обратились к Рачковскому.
Рачковского попросили навести справки о прошлом Филиппа. Благодаря доверительным отношениям с французской полицией он составил подробный и, несомненно, лживый доклад, который и привез с собой во время посещения Петербурга в 1902 году. Первый же человек, которому он показал этот документ, министр внутренних дел Сипягин, посоветовал бросить его в огонь. Но Рачковский упорствовал. Он отнес доклад коменданту императорского дворца и, кажется, написал даже императрице Марии Федоровне личное письмо, разоблачая Филиппа - агента масонов. Но дурные предчувствия Сипягина оправдались. Хотя царь в конце концов, уступив давлению, запретил Филиппу навсегда поселиться в России, он был вне себя от гнева. В октябре 1902 года Рачковский был отозван из Франции, на следующий год смещен со своего поста, отправлен в отставку без пенсии, с запретом возвращаться во Францию - нет никакого сомнения в том, что если это и произошло частично из-за его манипуляций с воображаемой Русской патриотической лигой, то не меньшую роль сыграла в этом его кампания против Филиппа. Даже впоследствии, когда Филипп уже навсегда вернулся во Францию, а Рачковский жил в России как частное лицо, он использовал свои связи с французской полицией для преследования неудачливого целителя. Мстительный и беспощадный, он травил виновника своего падения до тех пор, пока в конце концов не отправил его в могилу. Филиппа день и ночь преследовали шпики, почту досматривали, его самого постоянно высмеивали в печати. Не выдержав, Филипп скончался в августе 1905 года, за неделю до того, как Рачковский, вновь оказавшийся в фаворе, достиг вершины карьеры, получив назначение на пост заместителя директора департамента полиции.
В интригу против Филиппа был втянут также Сергей Нилус. Об этом рассказал некий француз Александр дю Шайла, многие годы проживший в России и тесно общавшийся с Нилусом в 1909 году во время их совместного пребывания в Оптиной пустыни. Известно, что дю Шайла в 1910 году поступил в Петербургскую Духовную Академию, в которой прослушал четырехлетний курс. Написал несколько исследований на французском языке по истории русской культуры, по славянским и церковным вопросам. С 1914 года дю Шайла был начальником передового перевозочного отряда при 101-й пехотной дивизии. За непосредственное участие в боях был награжден георгиевскими медалями всех 4-х степеней. С конца 1916 по август 1917 года служил в 8-м броневом автомобильном дивизионе. Затем перешел на службу в штаб 8-й армии. В 1918 году поступил на службу в штаб Донской армии. С 1919 года занимал последовательно должности штабного офицера для поручений по дипломатическим делам и начальника политической части. После эвакуации из Крыма через Константинополь в апреле 1921 года прибыл во Францию.
В газете "Последние новости" (под редакцией П. Н. Милюкова) за 12 и 13 мая 1921 года впервые поместил свою публикацию "С.А. Нилус и "Сионские протоколы".
Он рассказал, как Нилус, богатый помещик, потерял состояние во время жизни во Франции. В 1900 г. возвратившись в Россию, он начал вести жизнь вечного странника, кочуя из одного монастыря в другой. В это время Нилус написал книгу о своем обращении из интеллигента-атеиста в глубоко верующего православного мистика. Эта книга - "Великое в малом", но еще без "Протоколов" - получила благожелательные отзывы в консервативной и церковной прессе и привлекла внимание великой княгини Елизаветы Федоровны. Великая княгиня, женщина искренне верующая (впоследствии она стала монахиней), крайне подозрительно относилась к мистикам-проходимцам, которыми царь окружал себя[Впоследствии она стала противницей Распутина. - Прим. ред.]. Она винила в этом протопресвитера Янышева, который был духовником царя и царицы, и задалась целью заменить его Сергеем Нилусом, которого восприняла как истинного православного мистика.
Нилус был привезен в Царское Село, когда главной задачей великой княгини было устранить Филиппа. Противники француза разработали следующий план: предполагалось, что Нилус женится на одной из фрейлин царицы Елене Александровне Озеровой, а затем будет рукоположен. После этого его попытаются сделать духовником царя и царицы. В случае удачи Филипп, как и прочие "святые" люди, утратит свое влияние. План был хорош, но союзники Филиппа его разгадали. Они привлекли внимание духовного начальства к некоторым фактам жизни Нилуса, которые исключали рукоположение. (В основном они касались его длительной любовной связи с Натальей Афанасьевной К., с которой он уезжал во Францию и не порывал впоследствии в России.) Нилус впал в немилость и был вынужден покинуть двор. Несколько лет спустя он действительно женился на Озеровой, но надежда стать духовником царя не сбылась.
Были ли использованы "Протоколы" в интриге против Филиппа, и если да, то были ли они использованы по инициативе генерала Рачковского? Если верить дю Шайла, то на оба вопроса следует ответить утвердительно. "Нилус, - рассказывает он, - был убежден, что "general'y этому прямо удалось вырвать ее (рукопись) из масонского архива". По его мнению, последний был "хороший, деятельный человек, много сделавший в свое время, чтобы вырвать жало у врагов Христовых", самоотверженно боровшийся "с масонством и дьявольскими сектами"[А.М. дю Шайла. С.А. Нилус и "Сионские протоколы". - "Последние новости", 12 и 13 мая 1921 (Париж).].