В развязывании Второй мировой войны повинны в равной степени и СССР и Запад, который вел себя непоследовательно, заигрывал с Гитлером и сталкивал его с СССР. Разведывательная информация накануне войны была противоречивой, сообщались совершенно разные даты о нападении Гитлера на СССР. Сталин тем не менее был убежден, что в 1941 году агрессии не будет, он верил Гитлеру. Утверждение Хрущева, что Сталин в первые дни войны был в шоке и не управлял страной, является вымыслом. (Правда, приведенные Судоплатовым архивные документы о встречах Сталина с руководителями страны исчерпываются лишь 21 и 22 июня, какие-либо записи в последующие дни отсутствуют.)
Судоплатов подробно рассказывает о работе НКВД по созданию партизанских отрядов, засылке связников, радистов и диверсантов. Он признает, что нападение Гитлера на СССР значительно дезорганизовало работу разведки за рубежом, однако информация поступала, небезызвестная «Красная капелла» не имела во время войны первостепенного значения.
Большое значение в годы войны имела операция «Монастырь», проходившая под руководством Судоплатова. Инсценировалось создание антисоветской прогерманской подпольной организации, искавшей контакта с гитлеровским командованием. Важную роль в ней играл старый агент ОГПУ-НКВД Александр Демьянов, сын царского офицера, завербованный накануне войны немецкой разведкой. На лыжах он пересек линию фронта, прошел обучение в школе абвера, в феврале 1942 года был выброшен на парашюте в районе Ярославля и стал немецким резидентом в Москве. Он не только способствовал арестам немецкой агентуры, но и вел дезинформационную работу. Немцы так и не разгадали истинной роли Демьянова, и бывший шеф западногерманской разведки Гелен сравнительно недавно в мемуарах писал о подвигах агента Макса (кличка Демьянова в абвере).
Огромную сенсацию на Западе вызвали утверждения Судоплатова, что ученый-атомщик Роберт Оппенгеймер, глава проекта «Манхэттен», работал на советскую разведку и даже имел кличку Стар (о чем и не подозревал). Кроме того, советской разведке помогали известные ученые Ферми и Сцил-лард, а также Нильс Бор. Они руководствовались ненавистью к фашизму, а также опасались, что при наличии атомной бомбы США могут завоевать мировое господство, если не будут иметь противовес в лице СССР. Еще Вернадский советовал Сталину найти подходы к Бору (тот посещал наше посольство в Лондоне), а Петр Капица в 1943 году после переезда Бора из Лондона в Копенгаген предлагал Сталину и Берия пригласить его в СССР для работы над нашим атомным проектом и даже лично излагал Бору эту идею в письмах.
Заявление Судоплатова с негодованием опровергли американские ученые, да и наша служба внешней разведки отмежевалась от ветерана, бывший резидент в США опроверг наличие подобной агентуры.
В 1948 году Судоплатов выехал в Прагу вместе с отрядом особого назначения. Через бывшего резидента ОГПУ в Праге он должен был предъявить Бенешу расписку на 10 000 фунтов, подписанную его секретарем во время перевоза Бенеша в Лондон, организованного нашей разведкой после мюнхенского сговора в 1938 году. Бенешу следовало предложить мирно уступить власть коммунистическому правительству Готвальда, в противном случае расписка, а также материалы об участии Бенеша в политическом перевороте в Югославии накануне войны будут опубликованы. Операция прошла успешно, Бенеш сдался без боя.
Судоплатов признается, что на его счету организация четырех убийств на территории СССР (естественно, с санкции Сталина и его соратников, эти убийства ему и инкриминировали на суде): это украинский националист Шумский и униатский священник Ромжа — убрать этих людей в 1946 году было несложно, ибо оба лечились в больницах, и оставалось лишь подбросить соответствующее «лекарство», изготовленное в спецлаборатории, экспериментирующей с ядами над людьми, приговоренными к смерти. (Судоплатов отвергает утверждение, что он курировал эту лабораторию.)
Кроме того, в 1947 году по указанию Судоплатова в Ульяновске был ликвидирован польский инженер Самет, работавший на секретном объекте и вынашивавший план побега за границу. Шеф «лаборатории ядов», медицинское светило Майроновский, просто вколол ему дозу во время медицинского обследования в Ульяновске. Четвертой, и последней, жертвой произвола (Судоплатов постоянно отмечает, что он лишь выполнял указания Сталина и других членов политбюро) был американец Исаак Оггинс, работавший как агент НКВД в Китае и на Дальнем Востоке.