С января 1656 г. Паскаль активно включается в борьбу янсенистов Пор-Рояля с иезуитами, в связи с чем им (якобы от имени Louis de Montalte — Людовика де Монтальта) были написаны знаменитые «Письма к провинциалу» — «бессмертный образец для памфлетистов» (О. Бальзак), — составившие целую эпоху в истории французской литературы и породившие общественное движение против ордена иезуитов. В самый ответственный момент этой борьбы, когда Пор-Роялю грозили репрессии со стороны иезуитов и двора, в монастыре происходит так называемое «чудо святого терния», временно спасшее Пор-Рояль от гибели. Дочь Жильберты Маргарита, учившаяся с января 1654 г. в школе при монастыре, в течение трех с половиной лет страдала от гнойной фистулы в углу левого глаза. Были испробованы различные способы лечения, которые не принесли успеха, а опухоль все разрасталась. Возникли подозрения в том, что опухоль злокачественна. Родные были в отчаянии, боясь потерять девочку. И вдруг… 24 марта 1656 г. из Пор-Рояля разнеслась весть о «чудесном» исцелении ребенка в результате прикосновения к многолетней ране металлической колючкой (якобы с тернового венца Иисуса Христа), хранившейся в монастыре как бесценная реликвия. Жаклина написала стихи «О чуде святого терния», в которых говорила, что колючку прикладывали к ране шесть дней, пока больной не стало заметно лучше. «Чудо» было засвидетельствовано многими людьми, а Паскаль 8 июня 1656 г. давал о нем показания перед специальной следственной комиссией. Документ об этом, подписанный Паскалем, был найден Ж. Менаром в библиотеке Мазарини в 1952 г. (см. 14, 672–673). Существует версия, что в глаз ребенка попал кончик иглы, а «священная» колючка была магнитом, который и вытянул ее из раны (см. 42, 141). Но тогда никому и в голову не пришло дать естественнонаучное объяснение этому факту. Напротив, даже враги Пор-Рояля — иезуиты — были вынуждены признать, что «сам бог» покровительствует мятежному монастырю и автору «Писем к провинциалу»: репрессии отменили, правда, до поры до времени. «Чудо святого терния» произвело неизгладимое впечатление на Паскаля, который и на этот раз увидел в нем «перст божий», «божью благодать», сошедшую на его племянницу и на него самого. Можно себе представить, насколько оно усилило его религиозное рвение. После «Писем к провинциалу» Паскаль создает ряд богословских произведений: четыре «Сочинения о благодати», «Краткое описание жизни Иисуса Христа» и др.
Он задумал написать «Апологию христианской религии», первый набросок которой представил друзьям из Пор-Рояля осенью 1658 г. Он работал над ней до конца своей жизни, так и не успев завершить свой труд, который остался в виде записей (названных при издании фрагментами) на отдельных листах бумаги, лишь частично им классифицированных по темам и в соответствии с замыслом «Апологии…». Множество других фрагментов не имело прямого к ней отношения и касалось, в общем, философских воззрений Паскаля: о природе, человеке, познании, различных направлениях в философии и др. Эти записи (выборочно, с целью прославить Паскаля как святого!) были впервые опубликованы Пор-Роялем в 1669 г. под названием «Мысли г. Паскаля о религии и о некоторых других предметах» (см. 15). С этого момента начинаются издательские «мытарства» основного философского труда Паскаля, в который по произволу издателей включали разное число фрагментов, нередко тенденциозно искаженных. Поэтому почти 200 лет (до изданий П. Фожера в 1844 г. (см. 17) и Э. Авэ в 1852 г.) читающая публика не вполне знала подлинного Паскаля-философа. 100 лет понадобилось для того, чтобы полностью восстановить и издать аутентичный текст «Мыслей» Паскаля, который ныне включает свыше 1000 фрагментов. Классическим современным изданием считается издание Л. Лафюма в 3-х томах (см. 18). На русском языке есть несколько переводов «Мыслей»: И. Бутовского, П. Первова, С. Долгова, И. Линецкой (см. 5. 6. 7. 8).
В пор-рояльский период жизни не оставил Паскаль и своих научных занятий, хотя они и прерывались годами затишья. Зато каким блистательным было его новое и неожиданное обращение к математике весной 1658 г. Жильберта рассказывает, будто однажды ночью в монастырской келье его мучила зубная боль. Чтобы как-то заглушить ее, Паскаль начал размышлять о задачах, связанных с циклоидой, или рулеттой (от фр. rouler — катить) — кривой, описываемой точкой круга, катящегося по плоскости. Под напором небывалого вдохновения, вдруг охватившего его в эту ночь, он легко решил множество труднейших задач на вычисление криволинейных площадей и объемов (квадратур и кубатур) и определение центров тяжести образуемых циклоидой тел вращения.