Криза в правителството на ОФ наистина възниква, но причината за нея е в отклонението от програмата на ОФ от 17 септември 1944 г. Съюзниците на БРП (к) са недоволни, че под прикритието на ОФ тя провежда своя собствена линия, която води до „болшевизация“ на страната. Не се спазва обещанието за възстановяване на конституцията и на всички права и свободи на народа, записани в нея. Между БРП (к) и некомунистическите партии в ОФ няма различия за необходимостта от народен съд. Само че те имат по-други виждания за неговия обхват и характер. И когато започва подготовката на Народния съд, те все по-ясно изпъкват. Чрез него не се наказват само преките виновници за прогерманския курс на България, а БРП (к) го използва, за да си разчисти „сметките“ с неудобните за нея лица и политическите си противници.
В разговор с проф. Венелин Ганев Никола Петков споделя: „Ще се съдят регенти, министри, депутати, военни и полицаи, обявени за фашисти. Това е разпра с българската държавност, а не с хитлеристките агенти.“
Но Москва нарежда да не се правят никакви компромиси и отстъпки на съюзниците. Според Георги Димитров изводът от възникналите разногласия може да бъде само един — „още по-твърдо, упорито и енергично да провеждаме тази линия и да не допуснем никакъв поврат назад. Това трябва да разберат и почувстват и приятелите, и враговете“. Що се отнася до Министерството на вътрешните работи, то в никакъв случай не трябва да се отстъпва.
Съветският съюз също не стои безучастен към раздвижването на политическите сили в България. На 29 ноември 1944 г. заместник-председателят на Съюзната контролна комисия ген.-полковник С. Бирюзов отправя официално писмо до министър-председателя Кимон Георгиев за състава и компетенцията на ръководството на комисията:
Господин министър-председателю,
Имам честта да Ви съобщя, че Съюзната контролна комисия пристъпи към своята дейност.
Във връзка с това съобщавам Ви, че всички сношения на представителите на съюзните държави с българското правителство по всички въпроси, влизащи в компетенцията на Съюзната контролна комисия, ще стават само чрез ръководството на Съюзната контролна комисия в лицето на:
председателя на СКК маршала на Съветския съюз Толбухин;
заместник-председателя на СКК генерал-полковник Бирюзов;
политически съветник при председателя на СКК пълномощния министър Лаврищев;
помощник-председателя на СКК генерал-лейтенант Черепанов;
помощник-председателя на СКК контраадмирал Абрамов.
Всякакви обръщения от страна на други лица от Съюзната контролна комисия, в това число и на представителите на съюзните държави не се допускат.
Приемането и разрешението на въпроса, помимо ръководството на СКК, ще се смятат за игнориране на ръководството на Съюзната контролна комисия.
Обвинението се дирижира от Москва
В началото на октомври 1944 г. в Съветския съюз са отведени и други бивши министър-председатели, министри и военни лица за времето от 1 януари 1941 до 9 септември 1944 г. Те са настанени в правителствени вили край Москва и разпитвани от органите на НКВД. Ръководството на БРП (к) не знае какво възнамерява да прави с тях съветското правителство. Предполага се, че те може би ще бъдат изправени да отговарят за деянията си пред международен съд. Затова в Наредбата-закон от 6 октомври 1944 г. не са включени регентите, а формулировката „други граждански или военни лица“ е най-обща.
С радиограма от 25 ноември 1944 г. Трайчо Костов пита Георги Димитров: „Кой и как ще съди княз Кирил, Филов, Божилов и другите, които са взети под съветско попечителство. Ние не можем да не ги съдим. Ще ги доведат ли тука, или трябва да ги съдим задочно?“
Вероятно Георги Димитров също няма точна информация, затова и отговор не последва. Трайчо Костов, който по това време е секретар и ръководител на БРП (к), е принуден да се обърне отново към него, само че този път с по-остър тон: „Досега от съветските органи са взети под арест регентите, 14 министри и 3-ма депутати. Някои от тях още не са били под следствие тук. Ако продължава така, то нашият народен съд ще остане без министри. Ще бъдат ли те върнати, за да ги съдим ние, или ще ги съдят съветските органи, или ще бъде нужно да ги съдим два пъти — ние задочно и съветските органи?“
Друг проблем, който безпокои Политбюро, е как да се постъпи със сестрата на цар Борис III — княгиня Евдокия. В Дирекцията на народната милиция тя написва подробно дознание, в което отговаря на предварително поставени 16 въпроса от главния народен обвинител. Целта е да се намерят достатъчно доказателства, уличаващи я като съветник на цар Борис III и един от виновниците за прогерманската политика на България. В тази връзка са разпитвани и десетки свидетели. Но следствието е неприятно изненадано. При съпоставяне на фактите се доказват нейните открито проявявани антигермански настроения и чувства. Нещо повече, княгинята с искрено желание е полагала усилия за създаване на по-топли отношения на България с Англия. С неудовлетворение Трайчо Костов пише на Георги Димитров, че тя „не може да бъде изведена пред народния съд, защото данни за дейността й мъчно могат да се намерят“. Още по-негативна е реакцията на някои крайни антимонархически среди от Народния съюз „Звено“. Те продължават да смятат княгинята за „главен вдъхновител и проводник на Борисовата политика“ и търсят начин за извънсъдебна разправа с нея. Трайчо Костов отбелязва: „Има опасност да не се извърши от тия среди някоя глупост.“ Става дума не за проявено милосърдие, а за това, че посягането върху живота на княгиня Евдокия би довело до вътрешни и международни усложнения за България. Затова Трайчо Костов иска съвет от Георги Димитров как най-безболезнено да се отърват от нея. С радиограма от 19 декември 1944 г. той го пита: „Не я ли щат нашите приятели?“ — т. е. тя да бъде изпратена в Москва.