Чистката в държавната и местната администрация започва непосредствено преди 9 септември 1944 г. и се разгръща успоредно с навлизането на Червената армия в страната. По инструкции на ЦК на БРП, давани от лятото на същата година, бойните групи на партията по места започват да изпълняват функциите на „народна милиция“. Нейното създаване е узаконено с постановление на Министерския съвет от 10 септември 1944 г. То предвижда от състава на въстаническите отряди и народната милиция да се формира народна гвардия, която се поставя под ръководството на Министерството на войната, и Народна милиция, на която се поверява вътрешната сигурност и е под ръководството на Министерството на вътрешните работи. По думите на Антон Югов нейното основно ядро е съставено от „най-добрите партизани“. На същия ден ръководството на бойните групи се превръща в „Главен щаб на народната милиция“ със седалище хотел „Славянска беседа“. Там се докарват за разследване арестуваните министри, депутати, полицаи, държавни служители, общественици, интелектуалци и политици.
Постановлението изрично посочва, че полицейските части и чинове с доказани заслуги за установяване на новата власт запазват службата си в милицията. С малки изключения обаче това не се спазва. С телеграми от 10 септември 1944 г. областните директори нареждат на околийските управители и комитетите на ОФ в страната: „Полицейските служби и службите за охрана да се поемат от хората на ОФ.“ В доклад до НК от 12 септември 1944 г. областният комитет на ОФ в Бургас съобщава, че всички тайни полицаи и началници са или арестувани, или избити при опит за бягство. Задържаните офицери се разследват. В комисията по разследване влиза и представител на руското командване.
По сведение на Дирекцията на милицията до средата на септември 1944 г. от системата на МВР са освободени над 30 000 души. На 1 октомври 1944 г. ЦК информира Георги Димитров в Москва: „Ще ускорим организирането на Дирекцията на милицията. В наши ръце са ДС и РО. Помощник-началникът на униформената полиция е също наш човек.“
Ако БРП (к) успява за кратко време да овладее МВР и неговите подразделения в страната, не така стои положението с войската. Първоначално чистката се възлага на създадените или създаващи се войнишки комитети в нея. По предварителни инструкции те и бойните групи арестуват не само набелязани офицери, но и полицаи, като разстрелват някои от тях. Такива са случаите с убийството на ген. Каров, командващ XII дивизия, и двама от неговите офицери и на ген. Христов, командир на Трета армия.
В чистката се намесва и Главният щаб на Народоосвободителната въстаническа армия. Със заповед от 10 септември 1944 г. нейният командир ген. Благой Иванов нарежда: „Всички офицери, които се опитват да подронват престижа на народния фронт, да се арестуват и предават на правителствената власт. Всички, които противодействат на правителството, да се разстрелват незабавно.“ За да предотврати бягството и укриването на страхуващи се от репресии военни, със същата заповед Благой Иванов разпорежда: „Народната въстаническа армия и милиция да съдейства най-енергично за залавянето им и предаването на Народния съд.“
Поставен пред опасността да се създаде двувластие и анархия в армията, на 10 септември 1944 г. полк. Дамян Велчев издава друга заповед. Съгласно нея отрядите на народоосвободителната войска трябва да се смятат за поделение от състава на войсковите части със задачата не да вършат арести, а да „съдействат на войската за поддържане на реда и спокойствието в страната“.
По същото време при НК на ОФ, околийските и областните комитети се създават военни отдели. Под тяхно ръководство преминават войнишките комитети с препоръката да „задълбочат издирването на народните врагове“.