При това положение министърът на войната е принуден със специална заповед да определи реда, по който да се извърши чистката във войската. На командирите на дивизиите е наредено веднага да съставят към щабовете на дивизионните области „следствени комисии“ в състав: един съдия-следовател от военния съд, в чийто район попада дивизионната област; един представител от областния комитет на ОФ, назначен от последния; офицер от РО към щаба на дивизията и един представител на въстаническите отряди. Всички началници трябва да издирят военните чинове, които в миналото или сега допринасят за разколебаване вярата в командването, и ги задържат по установения във войската ред. Всички задържани във връзка с промяната на 9.IX. военни чинове и тези, които се задържат в изпълнение на настоящата заповед, да се изпратят незабавно заедно със събраните за тях сведения на следствените комисии, които след разпит и проверка ги разделят на четири групи. В първата влизат военни чинове за съд, във втората — за уволнение, в третата — за преместване в друга част, и последните — за освобождаване и връщане в същата част. Ония военни, които подлежат на съд, трябва да бъдат задържани в съответните гарнизонни затвори, а преписките им — предадени в съответните военни съдилища.
В същата заповед полк. Дамян Велчев нарежда командирите на частите да се противопоставят на всеки опит за арестуване на военни чинове не по установения ред с изключение на извършилите престъпления от „вулгарен характер“.
По такъв начин, заобикаляйки въпроса за народния съд, военният министър открито заявява становището си провинените военни чинове да бъдат съдени от военните съдилища. Но ЦК на БРП (к) няма намерение да остави чистката във войската в ръцете на Дамян Велчев, и то по посочения от него ред. С остро възражение е посрещнато и последвалото окръжно за преустановяване дейността на войнишките комитети, съществуването на които по думите на военния министър е „не само излишно, но и вредно“. Като компромисен вариант той се съгласява със създаването на помощниккомандирския институт, който да поеме техните задачи.
В началото на октомври 1944 г. престава да съществува и ГЩ на НОВА. Тогава Политбюро на БРП (к) решава, неговите сили да се включат в ръководството на армията и милицията. Досегашните му функции, свързани с чистката във войската, се поемат от новообразувания Военен отдел при ЦК.
На 18 септември е готов един от предварителните проекти на Наредбата-закон с наименование Закон за Народен съд. Три дни по-късно е съставен друг проект с название „Народен съд за изменниците, предателите и вредителите на Отечеството“. След обработка от специално създадената комисия към Министерството на правосъдието по редакцията на Наредбата-закон, в която влизат председателят и членовете на Съвета по законодателството, той придобива окончателен вид. На 24 септември 1944 г. Политбюро на БРП (к) одобрява „Наредба-закон за съдене от народния съд виновниците за въвличане България в световната война и за злодеянията, свързани с нея“.
На следващия ден ЦК информира Георги Димитров в Москва: „Готов е законопроектът за народния съд. Приета е най-кратката процедура, но докато започне да действа, ще мине известно време. Това може да бъде използвано за негласна ликвидация на най-злостните врагове, което се провежда от нашите вътрешни тройки. Контрареволюцията трябва да бъде обезглавена бързо и решително.“
Американският политически представител в България Мейнрад Барнс се добира до сведения, че при посещението си в Москва Димитър Ганев е получил указания от Георги Димитров да се унищожи „фашистката интелигенция“. На свой ред политическият секретар на партията Трайчо Костов нарежда да се съставят списъци и до началото на октомври 1944 г. да се изпълни искането на Георги Димитров. При извършването на репресиите да се унищожават всякакви документи и заличават следите. В противен случай ще се търси лична отговорност.
С окръжно от 20 септември 1944 г. НК на ОФ инструктира местните комитети по цялата страна да съдействат за решително и бързо прочистване на целокупния държавен апарат и за ликвидиране на оцелелите все още „гнезда на фашистка съпротива“. От своя страна с окръжно № 6 ЦК на БРП (к) задължава всички комунисти и ремсисти да се поставят в „пълна услуга“ на Народната милиция и органите на вътрешното министерство.
Продължаващите незаконни арести и изчезвания на лица, набедени във „фашистки прояви“, обиски и изземвания на лично имущество, извършвани от „тричленките“ на БРП в комитетите на ОФ и милицията, предизвикват негативна реакция в нейните съюзници и се пренася и в Министерския съвет. На страниците на в. „Земеделско знаме“ БЗНС нееднократно напомня, че работата на милицията трябва да се основава на обещанието на правителството, изразено в неговата програма, да възстанови конституцията и всички права и свободи на народа, записани в нея.