Три боевые группы и штаб, в свою очередь составляли «эскадру» (Geschwader) — основное оперативное соединение «Люфтваффе». (Geschwader часто переводят, как полк.) Необходимо отметить, что в каждой эскадре была еще и четвертая (запасная) группа (Ergdnzungsgruppe), в которой пилоты отрабатывали тактическое взаимодействие. Эти группы иногда привлекались к боевым действиям, а с 1941 года некоторые полки перевели свои запасные группы в основную боевую линию. К названию полка всегда добавляли префикс, обозначающий его специализацию: например, ягд (нем. Jagd — против) — истребительный, кампф (нем. Kampf — боевой) — бомбардировочный, н т.д. Предполагалось, что все группы одной эскадры будут действовать с соседних аэродромов, но в реальности так получалось далеко не всегда. Командующим эскадры назначался майор, полковник или подполковник, который носил титул «командора» (Kommodore). Его штаб состоял из адъютанта, офицеров Iа (начальник оперативного отдела), Iс (начальник разведывательного отела), Id (начальник отдела связи и управления), IIа и IIb (начальник управления личного состава и его заместитель), IVa (начальник административного отдела), начальника технического отдела (ТО), начальника арсенала (Kfz-Offizier), штурмана и штабного майора. Общее управление эскадрой осуществлялось из оперативного штаба (Gefechtsstand), расположенного на аэродроме штаба эскадры. Следует, впрочем, отметить, что группы одной эскадры могли находиться не просто далеко друг от друга, но и вообще на разных ТВД. В подобных случаях, конечно, ни о каком общем оперативном управлении эскадрой из одного центра речи не шло.
Несколько слов об обозначениях. Номер эскадры обозначался арабскими цифрами, нумерация эскадр была сквозная в рамках специализации, но не последовательная (например, не могло быть двух 27-х истребительных эскадры, но 27-я истребительная и 27-я бомбардировочная были; наличие 400-й истребительной эскадры не следует понимать, как свидетельство того, что «Люфтваффе» когда-либо насчитывали четыре сотни истребительных эскадр, то есть где-то около 40 000 истребителей). Номер группы ставился перед номером эскадры и обозначался римской цифрой, в свою очередь эскадрилья обозначалась латинской цифрой.
«Воздушный флот» (Luftflotte) представлял собой не только командную, но и административную единицу. В рамках воздушных флотов существовали как более мелкие административные структуры (Luftgau), так и оперативные подразделения. Luftgau, или воздушные округа, нужны были прежде всего для повышения мобильности соединений воздушного флота. В каждом округе имелась собственная служба снабжения, мастерские для ремонта машин, не подлежащих восстановлению в полевых условиях, стационарные системы разведки и обнаружения. Высшее руководство «Люфтваффе» стремилось по возможности унифицировать наземные службы округов, поскольку это позволяло уменьшить наземный штат эскадр, что в свою очередь сокращало время, требуемое для перебазирования части. В каждом округе был старший офицер ПВО, который командовал большей частью (а позже и всей) истребительной авиации своего округа, но — под руководством штаба дивизии или корпуса. Вообще, вся боевая авиация в округе объединялась либо в авиакорпус, либо в авиадивизию — в зависимости от количества и сбалансированности авиационного парка.
Штаб воздушного флота объединял все авиационные структуры — административные и оперативные, действующие на вверенной ему территории.
Верховное командование «Люфтваффе» (ОКЛ) формально подчинялось верховному командованию вермахта (ОКВ), которое должно было координировать взаимодействие между армией, флотом и авиацией. На самом деле все было «не совсем так». Реально при главнокомандующем сухопутными силами (ОКХ) состоял генерал-инспектор, который и организовывал взаимодействие.
Как в любом уважающем себя штабе, в ОКЛ было 9 отделов, а именно:
1. Оперативный отдел
2. Организационный отдел
3. Отдел боевой подготовки
4. Транспортный отдел
5. Разведывательный отдел
6. Отдел снабжения
7. Научно-технический отдел
8. Исторический отдел
9. Отдел личного состава.
Помимо этого имелось шестнадцать «инспекций», заведующих как отдельными типами самолетов (например, Инспекции истребителей, бомбардировщиков и т.д.), так и практическим их применением (Инспекция по безопасности полетов). В мирное время инспекции входили в состав Министерства авиации.