Неожиданно Софья понимает, какую партию нужно разыграть. Во всяком случае для московских бояр ее следующий ход стал для них полной неожиданностью. На похоронах Федора, вопреки всем обычаям и приличиям, царевна вышла из своего терема, приняла участие в погребальном шествии, шагая за катафалком наравне с Петром. И не молчала! Напротив, громко плача, царевна объявила, что царя Федора отравили враги, и молила не губить ее с братом Иоанном, а позволить им уехать за границу. «Брат наш, царь Федор, нечаянно отошел со света отравою от врагов! — причитала Софья. — Умилосердитесь, добрые люди, над нами, сиротами. Нет у нас ни батюшки, ни матушки, ни брата-царя. Иван, наш брат, не избран на царство. Если мы чем перед вами или боярами провинились, отпустите нас живых в чужую землю к христианским королям…» Разумеется, бояре тут же принялись уверять царевну и царевича, что никуда их не отпустят и позаботятся об их попранных правах. Царица Наталья с малолетним царем, не достояв церковной службы, удалились в свои покои.
Комбинация разыграна успешно, и Петру с Натальей грозит шах. И прежде чем они начнут контратаковать, нужно сделать следующий ход.
Незадолго до смерти Федора стрельцы подали ему челобитную о том, что полковник Грибоедов забирает у них бо́льшую часть жалования. Федор успел написать указ: Грибоедова лишить имущества и сослать в Сибирь.
То ли стрельцы так и не успокоились, то ли кто-то искусно подогревал их недовольство, но 15 мая 1682 г. стрельцы являются к Кремлю с криками, что Нарышкины задушили царевича Иоанна. Наталья Кирилловна пытаясь успокоить их, вышла на Красное крыльцо вместе с патриархом, боярами, царем Петром и царевичем Иоанном. Однако это не усмирило восставших. Пешки решительно атаковали фигуры.
Вот как историк Костомаров описывает апогей стрелецкого бунта. Стрельцы ищут Ивана Нарышкина, брата царицы Натальи, который, по слухам, надевал на себя царский венец и садился на трон, а когда Софья и Иоанн стали его укорять, то он накинулся на них с кулаками, а потом едва не задушил Иоанна.
«На другой день, — рассказывает Костомаров, — часов в десять утра, опять раздался набат; стрельцы с барабанным боем и криками явились ко дворцу и требовали выдачи Ивана Нарышкина. Им ответили, что его нет. Снова стрельцы ворвались во дворец искать свою жертву, убили думного дьяка Аверкия Кириллова, убили бывшего своего полковника Дохтурова… <…>
Тут царевна Софья начала говорить царице Наталье: “Никоим образом нельзя тебе избыть, чтоб не выдать Ивана Кирилловича Нарышкина. Разве нам всем пропадать из-за него?” Царица отправилась с царевной в церковь “Спаса за Золотой Решеткою” и приказала привести туда Ивана. Иван Нарышкин вышел из своего закоулка, причастился Св. Тайн и соборовался. Софья изъявляла сожаление о его судьбе и сама дала царице Наталье образ Богородицы, чтобы та передала своему брату. “Быть может, — говорила Софья, — стрельцы устрашатся этой святой иконы и отпустят Ивана Кирилловича”. Бывший при этом боярин Яков Одоевский сказал царице Наталье: “Сколько тебе, государыня, ни жалеть брата, а отдать его нужно будет; и тебе, Иван, идти надобно поскорее. Не всем из-за тебя погибнуть”. Царица и царевна с Нарышкиным вышли из церкви и подошли к золотой решетке, за которою уже ждали стрельцы. Отворили решетку; стрельцы, не уважая ни иконы, которую нес Нарышкин, ни присутствия царственных женщин, бросились на Ивана с непристойной бранью, схватили за волосы, стащили вниз по лестнице и проволокли через весь Кремль в застенок — Константиновский. Там подвергли его жестокой пытке, оттуда повели на Красную площадь, подняли на копьях вверх, потом изрубили на мелкие куски и втаптывали их в грязь…
Царевна Софья, как бы из желания прекратить бесчинства, призвала к себе выборных стрельцов и объявила, что назначает на каждого стрельца по десяти рублей. Эта сумма, независимо от обыкновенного жалованья, идущего стрельцам, будет собрана с крестьян, имений церковных и приказных людей. <…> Наконец, по просьбе стрельцов, положено было выплатить им, пушкарям и солдатам за несколько лет назад заслуженное жалованье, что составляло 240 000 рублей. Софья наименовала стрельцов “надворною пехотою” и уговаривала более никого не убивать и оставаться спокойными. Она назначила над ними главным начальником князя Хованского. Стрельцы очень любили его и постоянно величали своим “батюшкою”. Кирилл Нарышкин был пострижен и отправлен в Кирилло-Белозерский монастырь».
Вероятно, эти события стали одним из самых страшных воспоминаний юного Петра, в тот день он научился не доверять ни стрельцам, ни московским боярам и старался избегать их.