Монашество быстро стало процветать в Палестине. В IУ в. Св. Иларион Великий (ученик Св. Антония) основывает обитель близ гор. Газы. Св. Харитон Исповедник основывает лавру Фаран. В V-м веке в пределах патриархии подвизаются Св. Евфимий Великий, Св. Савва Освященный, Св. Феодосии Великий и др. В VI-м веке насчитывают до 130 монастырей и множество подвижников в пещерах. Их подвиги и поучения собраны были Св. Иоанном Моском в знаменитом «Луге Духовном».
Славится Патриархия и своими богословами, ревностными защитниками православия: Макарий Иерусалимский (313–333), Св. Максим III-й (330–380) Св. Кирилл (350–387). В городе Кесария славится богословская школа, основанная Оригеном.
IV-й Вселенский Собор постановляет возвести Иерусалимского епископа в сан Патриарха и определяет ему 5-ое место в ряду патриархов. Тогда как значение других патриархов вытекало из их географических и политических положений, Иерусалим обязан был своему значению причинам духовным — как город — Святых Мест.
С VII-го века начинаются бедствия, которые мы описали в первых трех главах (нашествия арабов и других). Монастыри и храмы разрушаются, сжигаются, оскверняются. Св. Модест, патриарх с 614 по 634 г., прославляется как реставратор христианских общин и храмов. Его заместитель, Св. Софроний 1-й (634–644), автор песнопения «Свете Тихий», проявляет себя главным борцом с ересью монофелитов. Кроме того, благодаря своей мудрости, он смог добиться особой оградительной грамоты от султана Омара. Грамота эта будет в течение веков подтверждаться султанами (в 1453-м году при патриархе Афанасии III-м, в 1517 году при патриархе Дорофее).
При владычестве мусульман кафедры часто вдовствуют, патриархи ограничиваются в правах передвижения (Св. Софроний) или изгоняются (патриарх Феодор).
В начале IX-го в. начались страшные гонения. Они возобновились во второй половине IX-го в. и достигли особой свирепости при халифе Аль Хакиме (996-1021). Арабов сменили в 1076-м году турки-сельджуки, и страдания христиан продолжались.
Крестовые походы (Иерусалим взят крестоносцами в 1099-м году) принесли свои испытания из-за стремления крестоносцев латинизировать христианский Восток.
Некоторое успокоение и мир христиане Иерусалимской Патриархии обрели в конце XII-го века с владычеством мамелюков. Саладин и его преемники утверждали права и власть Патриарха над Святыми Местами, но запрещали возводить новые храмы или монастыри.
Турки, завоевавшие Палестину в 1517-м году, признавали за православными и их патриархами ряд прав, но признания эти часто бывали лишь на бумаге. Так как в Иерусалим стекались паломники со всего мира, турецкие местные власти смотрели на Святые Места как на источник личного обогащения. На каждом шагу паломника с него взимали различные пошлины, Патриархия обкладывалась непомерно высокими налогами, к которым добавлялась необходимость задаривать чиновников, ради избежания «неприятностей» и даже преследований.
Мы видели, что из всех христианских европейских держав лишь Российская Империя болела душой за угнетенных православных Святых Мест и бескорыстно выступала в их защиту.
С XIX-го века православному Патриарху приходится отражать наступления католических и протестантских миссий, которые, располагая большими средствами, развивали прозелитизм среди христианского-православного населения, перетягивая его в свою орбиту.
Не смотря на все трудности, отметим, что с XVI-го по XX-й в. (т. е. с 1493 г. по 1897 г.) на патриаршем престоле перебывало всего 23 Патриарха. Учитывая смутность этих времен, столь незначительное количество предстоятелей свидетельствует о высоком уровне как всей Иерусалимской Церкви, так и ее предстоятелей.
Мы описали заботы Российской Империи о Ближнем Востоке и роль, которую сыграло с конца XIX-го века до 1-й Мировой Войны Российское Императорское Палестинское Общество. Отметим здесь влияние Иерусалимской Патриархии на Русскую церковную жизнь.
В 1619-м году Патриарх Феофан Иерусалимский посетил Россию для получения пожертвований для нужд Святой Земли. В русской Церкви, только что пережившей Смутное время, встал вопрос о необходимости пересмотреть тексты издаваемых ею Богослужебных книг. Надлежало исправить книги и удалить вкравшиеся в них ошибки и несуразности. К работе был привлечен архимандрит Троицко-Сергеев-ской Лавры, сподвижник Авраамия Палицына, Дионисий. Архимандрит Дионисий с сотрудниками, «безо всякий хитрости, сидели полтора года день и ночь» и с небывалой еще тщательностью проверили и исправили ряд книг. Особенно много серьезных ошибок было найдено в Типиконе изд. 1610-го года, подготовленном к печати Логгином Коровой. Логгин стал интриговать против исправителей, в результате чего все исправители были осуждены в июле 1618-го года.
Патриарх Феофан, прибыв в Россию, узнал обстоятельства дела, «подаде Дионисию руку помощи да вознесется правда его» и воздействовал на Царя и только что избранного Патриарха Филарета. 20-го Июля состоялся Собор при участии обоих Патриархов. Дело Дионисия было пересмотрено, выслушаны ответы Дионисия и в заключение оправдали его, выразив ему благодарность и наделив дарами. Оправдание Архимандрита Дионисия явилось «торжественным признанием неисправности богослужебных книг Русской Церкви и необходимости их исправить».
Как следствие этого признания, Патриарх Филарет просил Патриарха Феофана прислать ему ряд выписок из Требника восточных патриархий для сравнения с русскими изданиями. Просимые выписки пришли лишь в 1625-м году, и Патриарх Филарет принял к руководству все, указанное в выписках.
В 1679-м году Царь Феодор Алексеевич открыл в Москве «Славяно-греко-латинскую школу», которая должна была стать Богословским училищем. Совместно с Патриархом Иоакимом, Царь обратился к Восточным Патриархам с просьбой прислать в Москву учителей «в греческом и латинском диалекте и во всех свободных науках искусных». От Иерусалимского Патриарха Досифея в 1685-м году прибыли братья Лихуды, которые проявили себя искусными преподавателями и роль которых оказалась впоследствии первостепенной. Патриарх Досифей не только послал 2-х преподавателей, но все время следил за развитием русской Церкви, преподавая братские советы, призывая к примирению с Патриархом Никоном, предостерегая от латинского влияния, осуждая раскол, указывая на необходимость увеличить в России численность епископских кафедр и т. д.
В XIX-м веке мы знаем как Русская Православная Церковь, возмужавши, смогла в свою очередь оказать ряд больших услуг Патриархии через свою Миссию и Палестинское Общество.
В начале XX века, православные арабы начали кампанию за участие арабов в управлении дел Патриархии, каковое управление находилось целиком в руках греков. В декабре 1908-го г. вопрос настолько заострился, что чуть не привел к открытому возмущению. Патриарх Дамиан, со своей стороны, склонен был удовлетворить законные претензии арабов, но не мог этого сделать, встречая оппозицию в среде своего Синода и Патриархов Константинополя и Александрии.
В связи с внутренними брожениями, по окончании I-й Мировой войны, Патриарх оказался один, без епископов: некоторые из них отказались ему подчиняться. В это же время, эвакуация из России Белой Армией вынесла в свободный мир ряд русских епископов, образовавших Русскую Православную Церковь Заграницей, свободную представительницу в свободном мире гонимой Церкви Российской. Представитель Русской Зарубежной Церкви, Архиепископ (ныне Митрополит и Первосвятитель Рус. Заруб. Церкви) Анастасий, прибыл в Св. Землю в 1921-м году. По просьбе Патриарха Дамиана, Владыка Анастасий принял участие в хиротониях новых епископов, чем оказал большую услугу всей Иерусалимской Церкви, ибо после хиротоний оппозиционные епископы вернулись в подчинение своего Патриарха.