В 1556-м году султан Селим II-й предписывает Каирским властям прекратить чинить препятствия делу ремонта Свято-Николаевского храма.
Султан Мурад III-й с 1574 по 1594 гг. отдал ряд указов, разрешающих починку храма Св. Ильи, допускающих без пошлины одежду и продовольствие для призреваемых бедных Каирских приютов, предписывающих прекращение преследования Патриарха Мелетия за долги его предшественника.
Султан Ахмед I-й в 1612-м году разрешает восстановить разрушенный храм, а Патриарху проследовать в Молдавию и Валахию «для проповеди Евангелия». Подобные указы будут даны Магометом
IV-м в 1653-м г.
Султан Мурад IV-й в 1637-м году предписывает египетским властям прекратить угнетать Патриарха Митрофана, запрещает чиновникам вмешиваться в дела христиан, влиять на назначения, отбирать что-либо из пожертвований, поступавших на пользу храмов и монастырей.
В 1643-м году Ибрагим I-й становится на защиту монахов, подвергавшихся преследованиям за неучастие в общественных делах. Монахов будет защищать султан Магомет IV-й в 1650-м и 1653-м гг.
В 1691-м году Ахмед I-й предписывает оказывать всяческое содействие Патриарху и его людям, разъезжающим для сбора пожертвований. Предписывается не допускать каких-либо им притеснений.
В 1753-м году Махмуд I-й указывает прекратить придирки и притеснения, чинимые Патриарху католиками и мусульманами.
Осман III-й в 1754-55 г. и Махмуд II-й в 1837-м году издали указы, запрещающие католикам и иностранным клирикам проявлять среди греко-православных христиан прозелитизм, переводить их в «их зловредные и пагубные идеи». За нарушение запрета приказывалось строго наказывать.
Приведем в дополнение к указам Османа III-го и Махмуда II-го, указ от 1839-40 г. того же Махмуда II-го, подтверждающего запрет проявлять прозелитизм среди православных христиан и предписывающего не православным священнослужителям носить лишь одежду им свойственную, воздерживаясь от покроя схожего с покроем одежды православного духовенства.
XVIII-й век был для Патриархии периодом труд ным. Первосвятители часто менялись. Возрождение наметится лишь в конце XIX-го в. с восхождением на патриарший престол Фотия I-го (1899 г.). Фотий был избран в 1882-ом году предостоятелем Иерусалимской Церкви, но султан не утвердил выбора. Утверждению на кафедре Александрийской Фотий I-й был обязан России, оказавшей ему поддержку и давление на Султана Абдул Гамида II-го.
Патриарх Фотий за 25 лет своего правления развил свою Церковь и ввел в нее порядок. Численность верующих Патриархии значительно увеличилась из-за притока иммигрантов, преимущественно греков и сирийцев.
Иммигранты прибывали со средствами и, благодаря пожертвованиям, Патриарх Фотий широко развил богоугодные и благотворительные учреждения. Кроме того, Патриарх совершил ряд архиерейских хиротоний, что позволило ему создать при себе архиерейский Синод.
После его кончины (5-9-1925), на престол взошел Мелетий (Метахакис), бывший митрополитом Кипра, затем архиепископом Афинским и с 1921-го года Патриархом Константинопольским. Константинопольский престол ему пришлось покинуть по окончании Греко-Турецкой войны (1921-22 г.) за то, что он не скрывал своих симпатий к грекам во время этой войны. Отъезд явился следствием правительственного турецкого распоряжения о высылке, и Синоду пришлось признать Патриарха, как подавшего в отставку.
На Александрийской кафедре Патриарх Мелетий деятельно потрудился на благо Церкви: он учредил священническую семинарию, сиротский дом, укрепил дисциплину, восстановил патриаршие покои. Но введение им григорианского летоисчисления вызвало среди верующих смущение и неудовольствия. В 1933-ем году им был разработан новый порядок выборов в Патриархи, но правительство этот порядок не приняло. Из-за этого выборы заместителя Мелетия скончавшегося 28-7-35 г. могли состояться лишь в феврале 1936-го г. Выбран был
Николай V-й (Евангелидис), который правил Церковью лишь 3 года. При нем был разработан новый устав Патриархии, признанный правительством в январе 1939-го г.
Вскоре последовала его кончина, и в июне 1939-го г. на престол взошел сто одиннадцатый предстоятель Александрийской Церкви, Митрополит Леонтопольский Христофор. Новый Патриарх, в миру Харлампий Данилидис, родился 17-1-1876 г. на Галлиполийском полуострове. В 1893-м году он стал семинаристом в Иерусалиме. В
1899 г. принял монашество и назначен Патриархом Дамианом секретарем Патриархии. Вскоре иеродиакон Христофор был назначен членом финансовой комиссии Иерусалимской Патриархии, в каковой должности он выделился, составив бюджет и улучшив отчетность.
В 1904-ом году Александрийский Патриарх Фотий привлек его к себе и возвел в сан иеромонаха. В течение 4-х лет иеромонаху Христофору поручают ряд административных должностей и совершение объездов епархий. В августе 1908-го г. он хиротонисан в Митрополита Аксумского, а в декабре 1914-го г. избран на кафедру Леонтопольскую, на каковой он пробыл до избрания в Патриархи.
Патриарх Христофор II с семинарских лет выделялся своим ораторским искусством и любовью к православной богословской науке. Официальный орган Александрийской Патриархии «Пантенос» напечатал ряд трудов Патриарха, среди которых отметим: «Толкование Евангельских чтений на весь год», «Разъяснения 45 апостольских чтений» и в различных периодических изданиях ряд монографий по вопросам догматики, литургическим и каноническим.
Период правления, выпавший на Патриарха Христофора II-го оказался тяжелым: 2-ая Мировая война, политические события в Египте и, наконец, выступление Московской Патриархии вне пределов СССР. В частности экономические затруднения и дружба Патриарха с Москвой, которая дает субсидии), приводили не раз к столкновениям Патриарха с Синодом.
Отметим события последних 10-ти лет:
В 1953-м году на очередном архиерейском Соборе конфликт возник из-за различного понимания роли Синода. Патриарх видел в Синоде лишь совещательный орган, а Синод понимал свою роль, как роль соправителей. Кроме того, обе стороны не сходились на выборе новых епископов, на составе финансовой комиссий на школьном вопросе. В конце концов Синод постановил ограничить права Патриарха в финансовых вопросах.
В марте 1955-го г. Патриарх распустил финансовую комиссию. Синод, со своей стороны, опубликовал заявление, согласно которому, распущенная Патриархом комиссия является единственным правомочным органом управления финансами Патриархии.
В марте 1956-го г. Патриарх по причинам здоровья передал правление Церкви Пелузскому Митрополиту Парфению. Митрополит созвал Синод, который посвятил свои заседания изучению финансового положения Патриархии. Пока длилась сессия Синода, Патриарх внезапно объявил, что он берет на себя бразды правления. (Июнь 56 г.) Острый кризис был избегнут, благодаря умиротворяющим действиям Митрополита Аксумского Николая.
Греческая печать («Етнос» от 21-6-56 и «Экклезия»), подводя итоги создавшемуся положению, отмечали наличие резких несогласий между общинами и Патриархом, Патриарха упрекали в предприятии крупных работ (постройки школ, гимназии, библиотеки), не имея на то средств.
Орган Патриархии, отвечая на нападки (№ от 1-го Сент.), утверждал, что все зло исходит от 2-х епископов, восстанавливающих общественное мнение против «Отца — отцов, Пастыря — пастырей» и что Синод при Александрийском Патриархе никогда не был органом соправящим.
К этой эпохе относится попытка Патриарха заручиться соучастием в архиерейских хиротониях епископов других поместных Церквей (Элладской, Константинопольской и Московской). Но все Церкви, опираясь на каноны, запрещающие вмешиваться в дела иной поместной Церкви, отказывали Патриарху в просимом.
В конце концов мир воцарился в 1958-м году. В ноябре состоялись хиротонии епископами Александрийской Церкви 5-ти новых епископов для кафедр Карфагенской (правящей всей Северной Африкой), Суданской, Центральной Африки, Восточной Африки и Мареотийской.