В своих воспоминаниях помощник войскового атамана И. Г. Акулинин писал: «В силу… неблагоприятных обстоятельств натиск большевиков сдержать не удалось, и 31-го января 1918 года Оренбург был сдан».
В освобождении казачьей столицы вместе с войсками Блюхера принимал участие и морской отряд Северного экспедиционного летучего отряда.
Атаман и войсковое правительство перебирались в Верхнеуральск — центр 2-го округа области Войска оренбургского. Многие офицеры в одиночку и небольшими группами укрывались в станицах, хуторах и киргизских аулах. Дутов нервничал. Он трижды пытался снять с себя полномочия войскового атамана, и трижды круг не принял его отставку. Финансовое положение эвакуированного правительства было тяжелым. «С переездом в Верхнеуральск войсковое правительство, — вспоминал Акулинин, — не имело в своем распоряжении никаких денежных средств — ни для своего существования, ни на ведение борьбы с большевиками. Необходимо было изыскать средства… Попытка атамана побудить местных купцов прийти на помощь войсковому правительству успеха не имела: верхнеуральские купцы, как и оренбургские, крепко держались за свои кошельки, совершенно не отдавая себе отчета в том, что с приходом большевиков они потеряют все!»
В первые дни после вхождения в Оренбург красных частей несколько десятков станиц заявили о признании советской власти. Но рассылка по ближайшим станицам продотрядов привела к возникновению партизанских отрядов «самозащиты». 3 марта Оренбургский военно-революционный комитет пригрозил, что если «какая-нибудь станица окажет содействие контрреволюционным партизанским отрядам приютом, укрывательством, продовольствием и пр., то станица такая будет уничтожаться беспощадно артиллерийским огнем».
Однако антибольшевистское казачество было настроено решительно. Вокруг атамана сплачивались верные ему боевые силы. К началу весны дутовцы окружили Троицк. Одновременно в опасном положении оказался и Оренбург.
Оренбургский военно-революционный комитет требовал от умеренных казаков выбора, стремясь силой заставить их присоединиться к борьбе против Дутова. «Знайте, кто не с нами, тот против нас. Нам нужно окончательно договориться: или идите вместе с нами, или берите винтовки и сражайтесь против нас», — заявил председатель ВРК Цвиллинг на Первом губернском съезде Советов 12 марта 1918 года.
Уральский областной военный комиссариат принимает решение направить несколько вооруженных отрядов для освобождения Троицка и захваченных дутовцами территорий губернии. Командование этими отрядами возлагалось на Василия Блюхера.
Части Блюхера начали наступление на белоказаков в конце марта 1918 года и 1 апреля взяли Верхнеуральск. Правительство атамана Дутова перебралось в станицу Краснинскую, где попало в засаду большевиков. Единственным выходом из сложившейся ситуации мог быть прорыв окружения и отступление на юг. Атаман так и сделал. Собрав в единый кулак свои оренбургские отряды, он рассек в слабом месте кольцо красных и ушел в Тургайские степи.
Блюхеру удалось изгнать Дутова со всех районов Оренбуржья, но ликвидировать его живую силу полностью он не сумел. Белоказаки организованно отошли в южном направлении. Весенняя распутица не позволила преследовать их, и они, разбившись на небольшие группы, рассредоточились в Тургайской области. В мае, когда установилась хорошая погода, Дутов вновь стянул свои разрозненные отряды под Оренбург и блокировал его. Он воспользовался тем, что Павлов с матросами-балтийцами был отозван в Петроград.
В результате плотной осады белоказаками Оренбурга губернский Военно-революционный комитет лишился сношения с Туркестаном. Блюхер с несколькими красногвардейскими отрядами срочно выступил из Верхнеуральска на помощь заблокированным в городе малочисленным красным частям. Однако сил для успешной борьбы с дутовцами оказалось недостаточно, поэтому в состав блюхеровской группы войск в спешном порядке были влиты красногвардейский отряд под командованием Елькина, Екатеринбургский эскадрон кавалерии, артиллерийская батарея из железнодорожников Челябинского узла и вновь сформированный в Екатеринбурге 1-й Уральский пехотный полк. Уральский полк, состоящий из рабочих-добровольцев и привлеченных на службу кадровых офицеров старой армии, представлял собой серьезную военную единицу и ощутимо укрепил боевую мощь группы войск Блюхера.
К Оренбургу головной отряд Блюхера двигался по железной дороге. На станции Кинель к нему присоединились другие отряды, следовавшие по заданию центральных организаций также в Оренбург. В тяжелых условиях почти эшелонной войны красные войска медленно продвигались к казачьей столице и лишь к концу мая подошли к осажденному Оренбургу и установили связь с его гарнизоном. Совместными усилиями подразделения заблокированного гарнизона изнутри и войска группы Блюхера снаружи кольца окружения рассеяли дутовцев. Они бежали в степь. Но это еще не было победой. Предстояла большая работа по окончательной ликвидации белоказаков в Оренбургском регионе.