Первое боевое использование Группы советских войск в Германии произошло не против воображаемого внешнего врага, а как раз против тех рабочих и крестьян, для защиты которых официально и были размещены советские войска в ГДР. В середине июня 1953 года широкие массы восточногерманского населения спонтанно выступили против диктатуры СЕПГ. Она смогла спасти свою власть только потому, что Москва решительно и беспощадно использовала свои оккупационные войска, как только стало видно, что военный и полицейский аппарат, а также органы госбезопасности ГДР совершенно не могут справиться с народным возмущением, и крах режима Ульбрихта был уже близок. Уполномоченный МГБ СССР в Германии Иван Фадейкин сообщал 17 июня 1953 года Лаврентию Берия: «Верховным комиссаром тов. Семеновым с согласия тов. Гротеволя, Ульбрихта и других членов Политбюро ЦК СЕПГ было принято решение передать власть командованию советских вооруженных сил».
Советские войска подавили восстание, прежде всего массовым запугиванием. С утра 17 июня 1953 года все 22 дивизии ГСОВГ по приказу командующего генерала (в будущем маршала) Андрея Антоновича Гречко и в соответствии с заранее разработанным на такой случай планом были использованы для борьбы с восстанием. В ГДР в то время было 217 городских и сельских районов. В 167 из них советские военные коменданты ввели чрезвычайное положение. Только в Берлин 2-я Гвардейская механизированная армия ввела свои 1-ю и 14-ю механизированную и 12-ю танковую дивизии, насчитывавшие в общей сложности свыше 600 танков. Если использование войск в Восточном Берлине и предусмотренное планом блокирование его от западной части города прошло без особых трудностей, то в других местах ГДР войска действовали не с такой легкостью. Из-за того, что ГСОВГ до 1953 года перевела значительную часть гарнизонов из городов и больших деревень в военные городки в сельской местности, а также, потому что многочисленные воинские контингенты находились на летних учениях, ей потребовалось значительно больше времени (до позднего вечера 17 июня), пока советские войска смогли провести мероприятия по запугиванию восточногерманского населения во всей своей мощи. Если тактика угроз не срабатывала, то солдатам порой приходилось использовать против демонстрантов ручное огнестрельное оружие и танки. Организация Гелена так обобщила полученные ею от агентов сведения:
«Операция представляла собой зачистку главных улиц с использованием двигавшихся клином танковых подразделений, за которыми следовала мотопехота, оттеснявшая население в боковые переулки. Важные строения и перекрестки дорог охранялись как танками, так и установленными на позициях 76-мм полевыми пушками и 57-мм противотанковыми пушками. Вблизи всех мест расквартирования советских войск были дополнительно установлены 12,7-мм зенитные пулеметы. Кормовые вентиляционные люки танков часто были прикрыты брезентом, вероятно, для защиты от возможного использования зажигательных средств или горящих обломков. По наблюдениям в районе Потсдама все советские семьи после сигнала тревоги были собраны в казармы — иногда слишком быстро. В общем и целом советские части произвели впечатление дисциплинированных и хорошо обученных войск».
По данным советских спецслужб, в Магдебурге советским войсками пришлось вести перестрелку с восставшими, в которой было убито или ранено свыше 50 человек. В Лейпциге в ходе разгона демонстраций в руки советских военнослужащих попали «шесть активных зачинщиков», которые были расстреляны на месте. Всего по советским данным в ходе июньского восстания были убиты 29 демонстрантов, казнены шесть вышеупомянутых «зачинщиков», еще 35 человек были ранены. Потери органов безопасности ГДР составляли 11 погибших и 83 раненых. По самым последним немецким данным точно подтвержден факт смерти 55 человек, из них 34 демонстранта, прохожих и «зеваки», а также 5 сотрудников аппарата госбезопасности ГДР.
Для «Орг» и ее агентов в ГДР 17 июня 1953 года стало экзаменом, который, как и все прочие кризисы, выявил сильные и слабые стороны Службы. Прежде всего, можно с уверенностью заявить, что службе Гелена заранее было известно о том, что социально-экономическая ситуация в ГДР постоянно обостряется. Уже в середине 1952 года топ-источник V-3000, один из 15 человек, разрабатывавших народнохозяйственный план на 1953 год, сообщил в Пуллах, «что этот план приведет к огромным трудностям и является совершенно невыполнимым». В средине апреля 1953 года пришли первые сообщения о забастовках в районе Мансфельда и в Хеннигсдорфе. Эти сведения передал один местный наблюдатель за тамошними военными объектами, у которого, судя по всему, было политическое чутье. А 10 июня 1953 года Гелен упустил большую удачу. За два дня до того новый субагент — источник под номером V-8126,11 — по всей вероятности чиновник в министерстве металлургии и горнорудной промышленности — сообщил своему «куратору»-агентуристу: «8 июня Политбюро СЕПГ приняло решение сократить строительство и развитие предприятий металлургии и тяжелого машиностроения. Вместо этого увеличить производство товаров народного потребления. Цель этого — максимально быстрое улучшение уровня жизни в СОЗ. План на 1953–1955 годы должен быть изменен и представлен Политбюро до 10 июня».
Хотя ответственный за сбор сведений об экономике сотрудник генерального представительства БНД в Дармштадте (GV-H), которое вело агента, случайно пребывавшего в Берлине, настаивал на том, чтобы передать это важное сообщение в Центр не курьером, а немедленно по радио, эта информация застряла там в инстанциях. Отдел экономического анализа в Висбадене посчитал сообщение важным, но не стал передать его дальше, так как источник был новый. Он еще не получил оценки и его информация еще не была подтверждена. Вследствие этой задержки Бонну пришлось узнать о «новом курсе» из газет.
Но в любом случае Пуллах и на основе данных из других источников быстро понял, что для разведывательных операций в ГДР появляются совсем новые возможности. Ведь все возрастающая беспомощность руководства СЕПГ открывала, как отмечала «Орг» в своем внутреннем анализе, «идеальные возможности для задействования собственного разведывательного аппарата». Тем не менее, сначала Организация Гелена действовала по привычке, из-за чего последующие события в Берлине и в ГДР оказались для Службы сюрпризом.
16 июня около8 часов вечера, уже после того, как Баварское радио передало в выпуске новостей соответствующую информацию, в Пуллах поступили первые донесения о демонстрациях в Восточном Берлине. Но так как за четыре часа до того последние радиограммы этого дня не содержали ничего подобного, а рабочий день закончился, то на службе большинства работников уже не было, и необходимые решения были перенесены на следующий день. Из-за этого разведчикам на местах пришлось полагаться на собственные силы. Лишь во второй половине дня 17 июня «Орг» постепенно «разогрелась». Но, несмотря на все усилия, сообщения из ГДР были редки и малосодержательны. Главной причиной этого было, скорее всего, блокирование Восточного Берлина, отрезанного советскими войсками от западной части города. Из-за этого 18 июня американцы жаловались на Организацию Гелена: «Где были ваши сообщения? Мы ведь инвестировали так много денег». После этого Гелен 19 июня в полдень принял решение активировать агентурную радиосеть, задуманную на случай войны, в которую входили тогда 23 источника, проходящие в досье Службы как „Afu´s“ (агенты-радисты).
Только почти через неделю Служба получила первые письменные донесения от источников. В аналитическом отделе был создан специальный рабочий штаб «Восстание». В основном его стоит благодарить за то, что до своего роспуска 5 июля 1953 года ему удалось составить мозаику из отдельных агентурных сообщений и тем самым выработать задним числом «выводы и оценки возможных намерений».
То, что на первый взгляд кажется разочаровывающим, выглядит иначе при детальном рассмотрении. 17 июня было с самого начала спонтанным событием, оказавшимся неожиданностью также и для вождей СЕПГ и для Москвы. Шансы любой секретной службы заранее предсказать стихийные демонстрации равнялись нулю. Тем не менее, Пуллаху удалось с 17 июня по 5 июля 1953 года мобилизовать для сбора информации не менее 548 источников в ГДР, составивших в общей сложности 1288 донесений. За тот же период времени Служба Гелена для быстрой передачи важных сообщений около 100 часов осуществляла радиосвязь между Западным Берлином и ФРГ. В ГДР 17 агентов-радистов отослали в свои центры 41 радиограмму и получили от них 23 радиограммы с новыми инструкциями. Только аналитики, занимавшиеся сухопутными войсками, обработали 320 полученных из ГДР агентурных сообщений.