Контрразведка ГСВГ в 1954 году была переименована в Управление особых отделов (УОО). Оно превратилось в самое большое по численности персонала организационное подразделение во всей советской военной контрразведке. Из бывшего третьего отдела осенью того же года был сделан отдел активного контршпионажа, организовывавший работу против разведок и вооруженных сил НАТО непосредственно в западных странах. Были реструктурированы и другие отделы. Второму отделу были переданы задачи тылового обеспечения, первый отдел занимался штабной и административной работой. Заново был создан отдел информации и анализа. Преследование подозреваемых, как и прежде, оставалось задачей следственного отдела.
Деятельность Управления особых отделов в основном концентрировалась на следующих задачах:
1. Предотвращение проникновения агентурных сетей противника в войска и на объекты Советской армии, Военно-морского флота, войска КГБ и Министерства охраны общественного порядка.
2. Идентификация и разоблачение агентов, внедрившихся в вооруженные силы.
3. Поиск империалистических агентов в вооруженных силах и в непосредственном их окружении (со сведениями об обнаруженных случаях, фактах, выяснение данных о родственниках).
4. Предотвращение случаев измены Родине со стороны отдельных военнослужащих, рабочих и служащих вооруженных сил и военных объектов.
5. Защита государственной и военной тайны, предотвращение возможной утечки секретной информации за рубеж.
(…)
9. Контрразведывательная деятельность по защите специальных и особо важных сооружений и защита транспортного сообщения.
10. Подавление враждебных устремлений врагов Советской власти и националистических сил.
При выполнении этих задач Управление особых отделов находилось под жесточайшим контролем руководящих органов КГБ и Коммунистической партии в Москве. Даже мелочи — вроде того случая, когда начальник штаба ГСВГ в качестве сувенира подарил гвардейский значок представителю одной из западных военных миссий связи — вызывали немедленное вмешательство Центра, что отражалось в донесениях, приказах, отчетах и командировках особых комиссий, что офицерами на местах частенько расценивалась как раздражающая мелочная опека.
Отделы военной контрразведки в армиях, дивизиях и бригадах должны были защищать входящие в состав этих соединений военные объекты и войска от попыток шпионажа изнутри и в максимально возможной мере обеспечивать их контрразведывательную безопасность снаружи. В сотрудничестве с МГБ они занимались также наймом на работу или увольнением восточногерманских гражданских служащих в советских военных учреждениях и объектах. Все контакты войск и учреждений ГСВГ с восточногерманским обществом тоже подвергались полному совместному контролю КГБ и МГБ. Офицеры контрразведки должны были информировать службы немецкого Министерства госбезопасности о запланированных учениях и маневрах, чтобы предотвратить возможность наблюдения за этими мероприятиями со стороны западных спецслужб. В полках, батальонах и ротах оперуполномоченные Третьего главного управления КГБ решали эти же задачи.
Хотя в феврале 1960 года Третье главное управление формально было понижено в статусе, превратившись из главного просто в Третье управление КГБ, диапазон его задач еще больше расширился. С того момента контрразведчики отвечали не только за контрразведку в вооруженных силах, включая флот, но также и за контрразведку в пограничных и внутренних войсках, а также в «Аэрофлоте». Для этого Третье управление располагало более чем одиннадцатью разными отделами, обеспечивавшими контрразведывательную работу в разных видах вооруженных сил. Например, второй отдел отвечал за сухопутные войска, третий — за ВВС, четвертый за Ракетные войска стратегического назначения, а контрразведка флота была в руках шестого отдела.