Следующей мишенью японцев стал Целебес, большой остров (70000 квадратных миль), лежащий к востоку от Борнео. Он ограничивал с востока Молуккское море. Остров состоял из 4 изогнутых длинных полуостровов, разделенных 3 глубокими заливами. Так как местность здесь гораздо выше, чем на Борнео, растительность на Целебесе не такая буйная. На острове нет запасов нефти, зато растут пряности, кофе, имеются значительные запасы золота, меди, олова, алмазов. Он был избран не ради своих ископаемых, а потому, что захват Целебеса открывал японцам путь в Молуккское море и обеспечивал передовые базы для дальнейшего продвижения по Голландской Ост-Индии.
Первое Восточное Соединение Вторжения адмирала Такахаси покинуло Давао 9 января и направилось к Менадо, Кема и Бангка Роудз на северной оконечности Целебеса. Против мощного десанта, размещенного на 11 транспортах, в Менадо имелся гарнизон из 1500 человек, причем лишь менее 400 из них были солдатами регулярной армии. Самолеты АБДА безуспешно попытались атаковать японские корабли, когда они подходили к якорной стоянке. Высадка началась 11 января в 3.00, и голландцы были просто раздавлены. Нужды в 334 парашютистах, вылетевших на 27 самолетах из Давао просто не было. Они больше помешали, чем помогли. (Это был первый случай использования японцами парашютистов. Дул сильный ветер, и выброска была произведена со слишком большой высоты. Техника и люди оказались рассеянными буквально по всему полуострову.) Зато высадка с моря была проведена быстро и умело. Вскоре транспорты смогли покинуть этот район. 21 Воздушная Флотилия смогла использовать аэродром Менадо с 24 января.
Восточное Соединение Вторжения скоре снова вышло в море, покинув Менадо 21 января. 24 января оно прибыло в Кендари на юго-востоке Целебеса. Американская база гидросамолетов “Чайлдз”, покидая гавань Кендари, заметила японцев. Дождевой шквал укрыл “Чайлдз”, позволив ей избежать неприятной встречи с 2 японским эсминцами. В 8.00 плавбазу атаковали 6 японских самолетов, но попаданий не было, и база удрала на юг.
Кендари ничем нельзя было помочь, и после слабого сопротивления он был захвачен. Японский десант потерял только 2 человек ранеными. К вечеру 24 января Кендари был полностью оккупирован. Это был знатный приз, так как там находилась лучшая авиабаза в Голландской Ост-Индии. 21 Воздушная Флотилия немедленно начала ее использовать. С новой базы японские бомбардировщики могли достичь Сурабаи, основной военно-морской базы союзников, и затруднить переброску самолетов из Австралии в Голландскую Ост-Индию. Более того, теперь открылся путь по морю к острову Амбон на востоке и Макассару на западе. Основная морская база была создана в бухте Старинг, чуть южнее Кендари.
Хотя разведка командования АБДА и не подозревала об этом, японцы намечали захватить остров Амбон как можно быстрее. На острове находился гарнизон из 2600 австралийских, голландских, английских и американских солдат. В декабре туда же перебросили австралийский батальон и эскадрилью Королевских австралийских военно-воздушных сил (КАВВС) из 13 “Хадсонов”. Теперь Амбон представлял угрозу для Кендари и блокировал продвижение японцев на юг.
Японская Императорская Верховная Ставка решила, что срочное вторжение на Амбон опасно, но крайне необходимо. Более 50 самолетов с авианосцев “Сорю” и “Хирю” 24 января начали налеты. К ним присоединилась базовая авиация.
Учитывая превосходство японцев в воздухе, австралийская эскадрилья была эвакуирована, оставив Амбон без защиты с воздуха. Японское соединение из 11 транспортов бросило якорь возле острова ночью 30 января. Высадка была произведена перед рассветом 31 января, ее прикрывали самолеты гидроавианосцев “Титосэ” и “Мидзухо”, стоявших в Бангка Роудз, Целебес. Гарнизон упорно сопротивлялся, но борьба была безнадежной. Последние войска АБДА капитулировали 3 февраля, полная оккупация острова завершилась на следующий день. Японцы придвинули, восточную половину клещей еще ближе к Яве.