Предполагалось нанести несколько увязанных между собой ударов, с которыми переплетались более ординарные операции проводки конвоев и поддержки десантов. Планирование и руководство этими сложными морскими операциями было сосредоточено в руках адмирала Ямамото, главнокомандующего Императорским Японским Флотом. Это „был азартный игрок по натуре, однако он никогда не рисковал, если не чувствовал, что шансы в игре на его стороне. Ямамото был японским патриотом, преданным своему императору и своей стране. Всю свою жизнь он провел на флоте. Он был отлично информирован о возможностях Великобритании и Соединенных Штатов и не преуменьшал возможности их промышленности. В последние годы перед атакой Пирл-Харбора он не раз рисковал жизнью, упрямо выступая против войны с США. Он боялся, что Япония не сможет выиграть эту войну. Однако, когда все-таки было принято решение начать военные действия, его чувство долга приказало ему выработать план нанесения Соединенным Штатам наиболее сокрушительного удара. Он надеялся уничтожить как можно больше американских кораблей и сразу начал стремиться к решающей битве.
Однако адмирал Ямамото не полностью контролировал японское военное планирование. Его стратегия должна была согласовать цели японской армии (с которыми часто он сам был не согласен) и высшего командования флота. Хотя он был главнокомандующим Объединенным Флотом, Ямамото подчинялся министерству флота и Императорской Верховной Ставке. Но в последней доминировали армейцы, и это накладывало отпечаток на характер стратегического планирования.
Основные контуры американской морской стратегии на случай войны были примерно известны Императорской Верховной Ставке (планы “Орандж” и “Рэйнбоу-5”). Она предусматривала продвижение американцев через острова центральной части Тихого океана (Маршалловы, Каролинские и Марианские) и окончательный разгром японского флота в водах японской метрополии. Это продвижение не планировалось стремительным, и потому американская промышленная мощь легко могла подавить японскую, особенно в области кораблестроения.
Японская стратегия на первую фазу Восточно-Азиатской войны была выработана. Сначала Япония должна была освоить ресурсы расширившейся империи, потом создать соответствующие вооруженные силы и обеспечить их всем необходимым. После этого создавался оборонительный периметр, который прикрывал империю от ответного удара. Для Ямамото исключительно важным было уничтожить американский флот в самом начале, чтобы у флота не возникло проблем с обеспечением продвижения армии на юг. Он твердо верил, что Япония может выиграть только короткую войну. Оглушительная первая победа, которая приведет к разброду и упадку Соединенные Штаты, стоящие перед лицом войны на двух океанах. Затем следовало подписать мирный договор, который закрепит за Японией новые территории. Именно поэтому Ямамото настаивал на внезапной атаке Пирл-Харбора. (Однако он настаивал, чтобы атака последовала через 30 минут ПОСЛЕ формального объявления войны.) Если Япония намерена выиграть войну, флот должен превратить этот удар в решающую битву, в которой будет уничтожена американская морская мощь на Тихом океане. Это было решение азартного игрока, однако игрок надеялся поднять свои шансы смелым планом и новой тактикой.
Возможная война с Соединенными Штатами давно изучалась в японском Морском Генеральном штабе. Перед ним стояли 2 альтернативы. Либо помочь армии наступать на юг и ожидать американской контратаки (возможно при поддержке англичан), желательно в отечественных водах. Либо нанести внезапный удар Тихоокеанскому, флоту США. Сторонники первого варианта напоминали об успешном сражении в Цусимском проливе во время русско-японской войны. Из того, что японцы знали о плане “Рэйнбоу-5”, было ясно, что американский флот сначала попытается захватить Маршалловы острова, чтобы создать там передовые базы. После этого будут атакованы Каролинские и Марианские острова. Если американцы будут действовать таким образом, раннего сражения в отечественных водах не произойдет. Вместо этого война станет затяжной, и промышленная мощь США скажет свое решающее слово. Так как японские моряки боялись затяжной войны сильнее чумы, они склонились в пользу решительной внезапной атаки, если удастся гарантировать успех.