Однако все-таки следует признать, что эта атака торпедоносцев закончилась полной неудачей. Самолеты, которые должны были лететь вместе, потеряли друг друга. Часть самолетов не нашла врага, чтобы атаковать и своих, чтобы защитить. Место японских авианосцев было известно, но курс часто менялся. Спрюэнс поднял пикировщики с “Энтерпрайза” и “Хорнета” в 7.52, раньше торпедоносцев, которые были тихоходнее и более уязвимы, и для которых истребительное прикрытие было жизненно важным. Бомбардировщики “Энтерпрайза” прибыли в указанную точку в 9.30 и не нашли ничего. Более того, они оторвались от истребителей сопровождения, которые ошибочно приняли торпедоносцы “Хорнета” за бомбардировщики “Энтерпрайза”. Эти истребители заметали японские авианосцы в 9.10, но не нарушили радиомолчание. К несчастью для пилотов торпедоносцев “Хорнета” они просто кружили на высоте 19000 футов, дожидаясь приказов со своего авианосца.
Пикировщики “Энтерпрайза” искали врага на юго-западе, потом в 9.35 повернули на север. В 9.55 случилось событие, которое изменило ход войны. Был замечен эсминец “Араси”, идущий на высокой скорости на N0. Бомбардировщики “Энтерпрайза” немедленно последовали за ним, правильно решив, что эсминец идет на соединение с авианосцами.
Ранее утром американская подводная лодка “Наутилус”, следуя указания самолетов с Мидуэя, обнаружила, что находится в самой середине Авианосного Ударного Соединения. Японцы атаковали ее глубинными бомбами в 9.00, но вреда не причинили. “Наутилус” в 9.20 поднялся перископную глубину. В 9.25 он выпустил торпеду по линкору, но промахнулся, потом снова нырнул и перенес новую атаку глубинными бомбами. “Араси” возвращался к авианосцам после атаки “Наутилуса”, когда самолеты “Энтерпрайза” заметили его.
Если бы не эта улыбка фортуны, 17 пикировщикам “Йорктауна” пришлось бы атаковать вражеские авианосцы без всякой поддержки. Самолеты “Йорктауна” взлетели в 8.06, и командир группы капитан-лейтенант Максвелл Р. Лесли правильно вычислил, где будет находиться вражеский флот. Он и нашел его сразу после 10.00. Планом боя предусматривалось, что пикировщики атакуют перед торпедоносцами, но самолеты “Йорктауна” не стали ждать, чтобы провести скоординированную атаку. Как раз когда гибли торпедоносцы “Йорктауна”, его пикировщики устремились с высоты 14500 футов на “Сорю”. Они почти не встретили противодействия, так как японский воздушный патруль и зенитные орудия были заняты отражением атаки низколетящих торпедоносцев.
“Сорю”, как и 3 остальных авианосца, находился в трудном положении. Полетная палуба была забита так и не стартовавшими пикировщиками, а остальные самолеты авианосца (исключая истребители воздушного патруля) заправлялись и перевооружались в ангаре. Повсюду валялись бомбы и торпеды, были открыты бензопроводы. Авианосец был исключительно уязвим для пикировщиков.
Хотя процент попаданий для такого слабого сопротивления был невысок — попали всего 3 — 1000-фн бомбы из 13 — они легли слишком хорошо. Первая взорвалась сразу перед носовым элеватором, вторая попала ближе к левому борту перед центральным элеватором, а третья взорвалась слева от кормового элеватора. Первая бомба прошла на ангарную палубу, взрыв швырнул плиту носового элеватора прямо на мостик. Вторая бомба взорвалась среди самолетов на полетной палубе, и взрывы бомб, торпед и бензина превратили палубу в пылающий ад. Третья бомбы пробила полетную палубу и вызвала страшные разрушения на корме. Атака длилась с 10.25 до 10.30, при этом не погиб ни один самолет “Йорктауна”. “Сорю”, весь объятый пламенем, сотрясаемый взрывами боеприпасов, потерял управление и остановился вскоре после 10.40. Капитан, видя, что пожары выходят из-под контроля, в 10.45 приказал экипажу покинуть корабль. Подошли соседние корабли и принялись вылавливать спасшихся из воды. Тяжелый крейсер “Тикума” в 11.12 прислал катер, чтобы помочь спасательным работам. Спасенных передавали на эсминцы “Хамакадзэ” и “Исокадзэ”.
Адмирал Нагумо, который не знал о положении “Сорю”, в 16.55 передал по радио приказ 2 эсминцам-спасателям отойти на NW, прикрывая авианосец. “Исокадзэ” ответил: “Сорю” не может двигаться самостоятельно”. Запрашивая инструкции по прикрытию, он добавил: “Нельзя ожидать, что “Сорю” сможет дать ход, даже если пожары потухнут”. Этот же ответ “Исокадзэ” повторил в 18.02: “Не думаю, что “Сорю” сможет следовать своим ходом. Спасенный экипаж покинул корабль”. Вскоре после попадания бомб командир “Сорю”, капитан 1 ранга Янагимото, получил тяжелые ожоги и был вынужден сдать командование. Его штаб не раз пытался убедить капитана перейти на другой корабль, но он упрямо отказывался. Примерно в 10.45, приказав экипажу покинуть корабль, Янагимото бросился в огонь, чтобы найти смерть в бою (сенси).