Однако завеса оказалась дырявой. В 7.00 японский разведывательный самолет обнаружил “Йорктаун” и сообщил его координаты и состояние. Адмирал Ямамото отправил подводную лодку 1-168 (5 июня обстреливала Мидуэй) к этому месту. Субмарина прошла внутрь завесы и в 13.30 выпустила 4 торпеды. 1 прошла мимо, 2 попали в “Йорктаун”, пройдя под килем “Хамманна”, четвертая переломила пополам несчастный эсминец. “Хамманн” затонул в течение 3 минут, а упрямый “Йорктаун” продержался до на воде 6.00 7 июня.
Трудно представить, что творилось на борту флагманского корабля Ямамото, линкора “Ямато”. Всего лишь за несколько часов 4 гигантских авианосца, ураганом промчавшиеся от Гавайев до Индийского океана, получив при этом ни единой царапины, погибли. Казалось, что Ямамото был оглушен известием о гибели “Акаги”, “Kara” и “Сорю”. Временно вспыхнула надежда, когда пришло сообщение, что “Йорктаун” потоплен, а “Хирю” все еще на плаву, невредим и продолжает сражаться. Сначала он был изумлен самим фактом присутствия здесь американских авианосцев, потом адмирал не хотел верить, что их не 2, и потому “Хирю” в очень сложной ситуации. Более того, скоро его Объединенный Флот должен был прибыть в район боя. Поэтому, Ямамото полагал, что еще не все потеряно.
В 12.20 4 июня он приказал Алеутскому Второму Ударному Соединению и 2 Флоту Кондо идти на рандеву с его Главными Силами к северо-западу от Мидуэя. 5 июня в 12.00 он приказал транспортам с войсками временно отойти на северо-запад. По мере развития событий, его информация становилась все более полной и точной, и Ямамото начал понимать, что ситуация сложилась крайне тяжелая. Теперь он точно знал, что в начале боя американцы имели 3 тяжелых авианосца, уа после 17.00 пришло известие, что выведен из строя последний из японских. Тем не менее, он упрямо не желал сдаваться. В 19.15 он переедал по радио своим командирам, что враг отходит на восток, его следует догнать и уничтожить. Все соединения вместе с Объединенным Флотом должны предпринять внезапную атаку Мидуэя и захватить его, после чего все корабли должны соединиться в 3.00 5 июня. Адмирал Нагумо сообщил в 21.30, что он перенес флаг на “Нагару” и остался охранять беспомощный “Хирю” от вражеских кораблей, находящихся поблизости. Нагумо считал, что у американцев еще остались по меньшей мере 2 авианосца. Он добавил, что если американские авианосцы предпримут новую атаку против его соединения, он не сможет ей противодействовать и потому не сумеет помочь Объединенному Флоту в планируемой ночной битве. Нагумо продолжал отход на NW, прикрывая “Хирю”. Получив это сообщение, Ямамото решил, что Нагумо слишком консервативен и в 0.55 заменил его адмиралом Кондо. Для Кондо все еще оставался в силе приказ ночью обстрелять Мидуэй.
Кондо уже начал бросок к острову, когда получил приказ ночью обстрелять его. Он выстроил свои 8 тяжелых, 1 легкий крейсер и 10 эсминцев в линию с интервалами 4 мили между кораблями и пошел на N0, чтобы атаковать Мидуэй и попытаться найти американцев. Легкий крейсер “Дзинцу” и его 10 эсминцев находились неподалеку. 2 линкора, 2 тяжелых крейсера и 12 эсминцев Нагумо тоже были всего в 125 милях от Кондо. Позади этих сил находились 2 быстроходных линкора “Хиэй” и “Конго”. Кондо отделил 7 дивизию крейсеров (“Судзуя”, “Кумано”, “Могами”, “Микума”) под командованием адмирала Такео Курита, чтобы они в 2.00 обстреляли Мидуэй. Но силы адмирала Ямамото находились слишком далеко позади Ударного Авианосного Соединения, и Кондо передал, что не может начать обстрел ранее 3.00. Но в итоге его соединение буквально через час, на рассвете, могло оказаться под ударом бомбардировщиков с американских авианосцев. А у Ямамото были все основания считать, что они недалеко. Главные Силы Кондо, идущие следом за 7 дивизией крейсеров тоже могли оказаться в опасности. Имея только 2 легких авианосца с 31 самолетом на борту, японцы потеряли надежду на ночное генеральное сражение. Вместо этого перед ними встала перспектива дневного боя, в основном между американскими самолетами и японскими кораблями. В 2.55 5 июня Ямамото неохотно скомандовал общее отступление. Различные корабли должны были встретиться в назначенной точке северо-западнее Мидуэя. Силы Кондо, кроме 7 дивизии крейсеров, присоединились к Главным Силам в 8.15. Корабли Нагумо подошли в 13.00. Операция Ml была отменена, и больше о ней не вспоминали.