Наконец адмирал Спрюэнс отбросил надежду атаковать главные силы Ямамото и занялся тем, что лежало поближе — 2 поврежденными крейсерами. В 20.40 он двинулся на запад, чтобы атаковать их утром 6 июня. В 8.00 с “Хорнета” взлетели 26 пикировщиков и 8 истребителей. В 10.45 с “Энтерпрайза” взлетели 31 пикировщик, 3 торпедоносца, 12 истребителей. В 13.30 “Хорнет” поднял еще 24 пикировщика и 8 истребителей.
Во время первой атаки “Могами” в 9.45 получил 2 попадания. Одно пришлось в башню № 5, перебив весь расчет. При второй атаке крейсер в 12.30 получил еще 2 попадания и теперь горел от носа до кормы. Во время третьей атаки в 14.45 погибли все 90 человек в одном из машинных отделений. Несмотря на все повреждения, крейсер 14 июня сумел добраться до Трука, хотя потом простоял на верфях до 10 июля 1943 года.
Однако совершенно такой же “Микума” не пережил атаки. Во время первых двух атак он получил такие тяжелые повреждения, что капитан приказал команде покинуть корабль. “Арасио” из-за пожаров не смог подойти к борту, поэтому людям пришлось прыгать в воду, и эсминец принимал экипаж из воды. Во время третьей атаки в 14.45 взорвались торпеды “Микумы”, и эсминцы немедленно оставили крейсер. Он затонул ночью. На следующий день “Арасио” получил приказ удостовериться, что “Микума” погиб. Однако эсминец обнаружил только пятна нефти и плавающие обломки, хотя сумел спасти еще 1 человека. Из 888 человек экипажа “Микумы” было спасено только 240. Потери “Могами” не известны, но на нем погибло не менее 300 человек.
Практически все японские корабли, начиная с 4 июня хотя бы раз попали под воздушную атаку, хотя серьезных потерь и повреждений больше не было. Например, 6 июня линкор “Харуна” подвергся атаке пикировщиков, но остался цел.
Бой у Мидуэя завершился. Войска полковника Итики, которые должны были захватить Мидуэй, отправились обратно на Сайпан, а тяжелые крейсера “Хагуро” и “Мьёко”, эсминцы “Асагумо”, “Минэгумо”, “Нацугумо” и гидроавианоеец “Титоеэ” были отправлены на Уэйк, чтобы имитировать радиообмен. Планировалось завлечь Спрюэнса и его авианосцы к Уэйку, где их смогли бы атаковать гидросамолеты “Титосэ” и базовые самолеты с Уэйка. Тем временем Объединенный Флот вернулся в воду метрополии. Японскому народу не сообщили о гибели 4 авианосцев. Экипажам запретили увольнения на берег, журналистов задержали на кораблях, чтобы сохранить в тайне размеры катастрофы. Лишь спустя много времени японцы узнали о потерях в этой решающей битве. Японские потери были тяжелыми: 2200 моряков и большая часть летчиков с 234 самолетов погибли, и Япония так и не смогла подготовить им замену. Были потоплены 4 тяжелых авианосца и 1 тяжелый крейсер.
Мидуэй ДЕЙСТВИТЕЛЬНО оказался решающей битвой на Тихом океане. Если бы японцы выиграли этот бой, вряд ли бы это привело к поражению Америки, но войну затянуло бы изрядно. Зато поражение сразу поставило крест на японском флоте и предопределило окончательное поражение Японии. Ведь ее промышленная мощь не могла сравняться с американской в производстве вооружений. Даже получив ресурсы Южных Морей, она не смогла обезопасить линии снабжения от ударов авиации и подводных лодок.
Почему адмирал Ямамото потерпел поражение при Мидуэе? Командующий и его штаб должны оценивать ситуацию, используя всю имеющуюся в их распоряжении информацию. Если информация неполная или неточная, они должны предполагать самое худшее. Ямамото наоборот предполагал наличие благоприятной ситуации и из этого строил свои планы. Его главной ошибкой было ничем необоснованное предположение, что в районе острова не будет американских авианосцев. Ведь его пилоты в бою в Коралловом море сообщили, что “Лексингтон” и “Йорктаун” были потоплены. Командующий не может действовать на основе такой информации — он должен иметь доказательства, а надежных доказательств гибели “Йорктауна” не было. Ямамото также предположил, что “Хорнет” и “Энтерпрайз” все еще в юго-западной части Тихого океана. Его даже не оправдывает то, что он не знал о расшифровке кода JN-25, что привело к спешной переброске американских авианосцев в Пирл-Харбор. В любом случае он должен был считать, что авианосцы находятся в Пирл-Харборе и могут быть высланы к Мидуэю до 4 июня. Действительно, он пытался выяснить, что происходит в Пирл-Харборе перед высадкой на Мидуэй, но операция К провалилась и 30 мая была отменена. В итоге Ямамото не имел надежной информации о кораблях в Пирл-Харборе. Не имеет оправдания позднее развертывание подводных лодок. То, что они не обнаружили американцев, лишь укрепило веру Ямамото, что их здесь нет. Поэтому его оценка положения исходила из наиболее благоприятных предположений, не подкрепленных никакими фактами.