«Марблхэд» получил также большие повреждения. Одна бомба попала в корму корабля, пробила главную палубу, разрушила рулевое устройство и топливные цистерны. На корабле возник пожар. Другая бомба разорвалась в кают-компании, третья — пробила корпус корабля ниже ватерлинии. Корабль сильно накренился на правый борт; носовая часть его постепенно погружалась в воду. Только в результате героической работы аварийной команды удалось удержать крейсер на плаву.
В сопровождении менее поврежденного крейсера «Хаустон» «Марблхэд» медленно двигался по направлению к Чилачапу, на южном побережье Явы.
Лежащий в устье реки порт Чилачап был избран в качестве резервной базы в случае опасности захвата Сурабаи. Предполагалось, что подводные лодки и другие корабли смогут использовать порт в качестве временной базы на несколько недель, пока не будут обнаружены противником.
В соответствии с этим 4 февраля в Чилачап из Дарвина были посланы две плавучие базы «Холланд» и «Отус»; командующий Азиатским флотом считал, что Дарвин недостаточно защищен. Северный австралийский порт был под угрозой налетов японской авиации, и посылка кораблей в Чилачап была как раз кстати. Из-за плохой погоды плавучие базы прибыли в порт только 10 февраля. Через девять дней после этого японцы совершили налет на Дарвин. Бомбардировщики разрушили береговые укрепления и сооружения. Почти все корабли, стоявшие в гавани, включая американский эскадренный миноносец «Пери», были потоплены. Город был сильно разрушен и не мог больше служить базой подводных лодок.
Оставаться в Чилачапе было тоже не безопасно. Порт представлял собой мрачную картину. Обгоревший «Марблхэд» стоял в плавучем доке; команда «Хаустона» хоронила убитых. Подводные лодки, возвращавшиеся из боевых походов, тоже имели потрепанный вид. Все время поступали сведения о приближении противника. Командующий подводными силами Азиатского флота собирался оставить Сурабаю. Налеты авиации противника на голландскую базу повторялись ежедневно, и производить ремонт на лодках было совершенно невозможно.
Катастрофа приближалась. Тяжелый крейсер «Хаустон» даже с разбитой орудийной башней являлся самым сильным кораблем из оставшихся во флоте АВДА. После небольшого ремонта в Чилачапе он вышел в море, эскортируя войска на остров Тнмор. Крейсер «Марблхэд» после некоторого ремонта был направлен в Тринкомали (остров Цейлон) в сопровождении плавучей базы подводных лодок «Отус». Это было довольно необычным делом для плавучей базы, но поврежденный крейсер не мог двигаться один, а другого корабля для эскортирования не было.
Совершенно ослабленный флот АВДА должен был защищать Яву. Японские налеты на Сурабаю все учащались. Подводным лодкам было приказано во время налетов погружаться, предварительно выходя на внешний рейд. Одна голландская подводная лодка, которая не сразу подчинилась приказу, была во время очередного налета авиации потоплена во внутренней бухте. В дневное время производить ремонт не представлялось возможным, и подводным лодкам было приказано идти в Чилачап.
Плавучая база «Отус», как упоминалось выше, ушла, и плавучая база ~ «Холланд» должна была одна обеспечивать подводные лодки Азиатского флота. Небольшой сухой док в Чилачапе передали эскадренным миноносцам, а береговых мастерских было очень мало.
Команда плавучей базы работала усиленно, и лодки кое-как были отремонтированы. Среди лодок, стоявших в Чилачапе, были «Сейлфиш», «Салмон», «Сиил», «Снэппер» и «Стингрей». Команды отдыхали в горах за Чилачапом, где находился отель.
Радио приносило печальные вести о бомбардировке Сурабаи. 14 февраля стало известно, что адмирал Харт освобожден от должности командующего флотом АВДА. Командование принял голландский адмирал Хельфриг. Для американского адмирала прошедшие дни были тяжелым испытанием. Он пытался задержать противника, сознавая, что отступление и поражение неминуемы, но верил в то, что победа будет одержана позднее другими силами союзников.
18 февраля японские силы вторжения высадились на острове Бали. В следующую ночь надводные корабли АВДА вели сильный бой в проливе Бадонг. Голландский эскадренный миноносец «Пайт» был потоплен, крейсера «Тромп» и «Ява» получили серьезные повреждения. В этом бою два японских эскадренных миноносца также получили повреждения.
Становилось ясно, что Сурабаю придется оставить и что Чилачап тоже долго не удержать. Канал у входа в Чилачап мог оказаться ловушкой. Войти туда ночью с навигационной точки зрения было опасно, а один затонувший корабль мог закупорить выход. Учитывая опасность и полное отсутствие воздушного прикрытия, плавучую базу «Холланд» отправили в залив Эксмут.