26 февраля были закончены последние работы по ремонту подводных лодок, базирующихся на Сурабаю, и последняя лодка «S-37» поспешно вышла в море. Личный состав штаба выехал в горы на автомобиле по направлению к Чилачапу, удержать который было мало надежды.
На Яву выслали американский авиатранспорт «Ленгли» и английский авиатранспорт «Сиуитч». На борту кораблей находилось 59 истребителей с вооружением и боеприпасами, пилоты и весь обслуживающий персонал. Но «Ленгли» не суждено было прийти к месту назначения. Его заметили японские самолеты-разведчики в 100 милях от Чилачапа. Через некоторое время авиатранспорт был атакован девятью бомбардировщиками. Пять бомб попали в цель. Некоторое время корабль еще держался на плаву, но не мог дойти до порта и был потоплен артиллерийским огнем эскадренного миноносца после того, как были приняты меры к спасению личного состава.
Через два дня английский авиатранспорт «Сиуитч» благополучно прибыл в Чилачап. Но это была небольшая и, кроме того, запоздалая помощь. Японцы начали наступать с целью прорваться через Малайский барьер. Приближался бой в Яванском море, оставаться подводным лодкам в Чилачапе становилось опасно.
Во время первой мировой войны французы ввели термин задания «экстраординарные». Летчику самолета, например, поручалось сбросить переодетого в крестьянскую одежду агента в тылу противника. Во время второй мировой войны это называлось «особым» заданием. «Особые» задания получали и подводники.
Поддержка партизанских действий на Филиппинских островах, высадка разведчиков, разведка районов предполагаемой атаки противника — все это были очень важные задания, которые выполняли подводные лодки. Подводники не особенно охотно выполняли специальные задания, предпочитая их атакам против японских кораблей и судов. Но хотя трудно подсчитать процент специальных заданий по отношению к торпедным атакам и другим действиям подводных лодок, они все же имели огромное значение в общем деле борьбы с противником.
Специальные задания почти всегда были связаны с проникновением на территорию противника, и эти операции часто бывали более опасными, чем атака судов противника. Высадка разведчиков на вражеский берег или спасение людей из горящего порта требовали большой смелости и выдержки.
Специальные задания, выполняемые подводными лодками, можно было разделить на разведку, снабжение, эвакуацию и спасательные операции, переброску наблюдателей и разведчиков и активные минные постановки. Кроме того, лодки выполняли различные смешанные задания, как например передавали прогноз погоды, обнаруживали минные поля, обстреливали береговые укрепления противника, поддерживали действия диверсионных групп, служили маяками для надводных кораблей.
В период войны были выявлены и признаны новые возможности подводных лодок; они стали получать еще более разнообразные задания. В конце войны лодки с радиолокационной установкой могли уже играть роль кораблей воздушного оповещения, что выполнялось лишь эскадренными миноносцами. Предполагалось установить необходимые радиолокационные станции на 24 подводных лодках и использовать их в этих целях. Такое разнообразное применение подводных сил явилось новым в использовании подводных лодок по сравнению с довоенным периодом, когда считалось, что подводные лодки пригодны лишь для торпедных атак. К концу войны все убедились, что подводные корабли способны на очень многое.
Первым специальным заданием, выполненным лодками Азиатского флота, было снабжение боеприпасами и продовольствием защитников Коррехидора и эвакуация личного состава. Спасательные действия подводных лодок продолжались и тогда, когда японцы прорывались через Малайский барьер и готовились к дальнейшему продвижению к Австралии. Другим заданием была высадка разведчиков на территорию противника и доставка их обратно на базы. На островах юго-западной части Тихого океана население было или на стороне американцев, или в худшем случае относилось к ним безразлично. Следовательно, там было легко вести разведку.
Очень важными являлись сведения о кораблях противника, которые добывались наблюдателями на берегу. Многие агенты разведывательной службы союзников и голландской полевой разведки доставлялись к месту разведки и обратно на американских подводных лодках. Кроме того, лодки обстреливали береговые укрепления и спасали команды затонувших кораблей и потерпевших аварию самолетов.