Подводная лодка «Сидрэгон», действуя как транспорт, доставила в Сурабаю 19 человек — специалистов отряда радиоразведки, трех офицеров, 23 торпеды, 1400 кг радиооборудования и 2 т запасных частей для подводных лодок. Все это было доставлено в Сурабаю в срок.
В период с 5–22 февраля 1942 года подводная лодка «Сарго» доставила из Сурабаи защитникам острова Минданао миллион снарядов калибра 30 мм и эвакуировала 24 солдата. Для командира «Сарго» выполнение специальных заданий было особенно нежелательно, так как во время первого боевого похода лодке не удалось потопить ни одного судна противника: из 13 торпед, выпущенных во время восьми атак, ни одна не попала в цель.
Специальное задание лодка выполнила успешно, доставив боезапас по назначению и в срок. Успешно пройдя воды противника, лодка направилась в Голландскую Индиго.
В конце февраля лодка вышла из Голландской Индии в Фримантл (Западная Австралия). 4 марта в 13 час. 38 мин. наблюдатель заметил сухопутный самолет, до которого было приблизительно пять миль. Лодка сразу же начала погружаться. Это был австралийский самолет, преследовавший японскую подводную лодку, обнаруженную эскадренным миноносцем «Уипл».
Хотя командование американскими подводными лодками информировало командование австралийских воздушных сил об американской лодке, находящейся в этом районе, летчик этого не знал. Увидев подводную лодку, он ее атаковал.
В донесении командира лодки говорится:
«Около 13 час. 41 мин. послышался взрыв первой бомбы. Лодка успела погрузиться на глубину 15 м, когда вторая бомба взорвалась над боевой рубкой. Взрыв был очень сильный, в результате погас свет, вышла из строя часть приборов, имелись и другие повреждения».
В кормовой части боевой рубки появилась течь, вода проникала в центральный пост. Были разбиты призмы и стекла перископа. Лодка оказалась в очень тяжелом положении. Только искусное управление и дружные действия команды спасли ее от катастрофы. В ту же ночь лодка всплыла и на следующий день прибыла в порт. Команда заявила, что предпочла бы еще одно специальное задание, чем попасть под бомбы своего же самолета.
В этот период специальное задание выполняла подводная лодка «Свордфиш», прорываясь к Коррехидору, где 19 февраля приняла на борт президента Филиппин Эмануила Квезона и девять представителей правительства; 22 февраля она доставила их в Сан-Хосе (остров Панаи).
Затем «Свордфиш» снова вернулась к Коррехидору и 24 февраля эвакуировала нескольких американцев, в том числе американского верховного комиссара в Фримантле.
Подводная лодка «S-39», как и другие лодки, также участвовала в борьбе против японцев в районе Филиппинских островов и Голландской Индии. В первую неделю войны она атаковала большой грузовой транспорт противника, но безрезультатно. Во время второго боевого похода в январе «S-39» атаковала японскую подводную лодку и тоже безрезультатно.
В это время Сурабая подвергалась беспрерывным налетам противника; 15 февраля Сингапур пал. Только Батан и Коррехидор держались, когда японские клещи сжимались у острова Явы.
Тогда подводная лодка «S-39» и получила специальное задание. Нужно было эвакуировать английского контр-адмирала Спурера и большую группу беженцев из Сингапура, которые высадились на острове Чемба в Южно-Китайском море.
Среди беженцев были австралийские летчики. Они кое-как установили передатчик и передали сигнал бедствия. Японцы находились поблизости, и со спасением нужно было торопиться.
Подойдя к острову в подводном положении на достаточно близкое расстояние, чтобы рассмотреть его, лодка подняла перископ. На берегу никого не было видно. Командир лодки решил, что англичане прячутся в кустах.
Когда наступила ночь, лодка подошла совсем близко к берегу. Командир подал сигнал, но ответа не последовало. На повторные сигналы ответа также не было. Приближался рассвет, лодка отошла от берега и весь день находилась под водой. На следующую ночь лодка снова приблизилась к острову, но на передаваемые сигналы по радио и световые с острова ответа снова не последовало. Тогда командир лодки решил тщательно обследовать остров, высадив на берег несколько человек личного состава. Подводники, вооружившись автоматами, сели в шлюпку, подошли к берегу и высадились. На острове не было людей. Обнаруженные следы на песке вели к тому месту, где стояло небольшое японское судно. Было ясно, что англичане попали в плен.
Через пять дней подводной лодке «S-39» удалось торпедировать японский танкер «Эриму» (6500 т). Танкер сразу пошел ко дну, но подводная лодка была обнаружена и атакована сопровождавшими его эскадренными миноносцами. Лодке удалось уйти невредимой.