Одновременно с исчезновением японских торговых судов из этого района исчезли и японские военные корабли. В течение марта и апреля американские войска уничтожили последние японские гарнизоны на Филиппинах, а в конце апреля к берегам северной части Борнео подошли тяжелые корабли 7-го флота с австралийскими частями вторжения. 1 мая пал остров Таракан; в результате союзники получили важный аэродром и богатые нефтяные промыслы. В начале июня тральщики очистили проход в бухту Бруней, а 10 июня австралийцы высадились на берег. Надводные корабли и подводные лодки союзников патрулировали на подходах к бухте, готовые в любой момент атаковать японские корабли, которые могли помешать высадке войск. Однако патрулирование было напрасным. Флот Японии потерял последние три крейсера, которые действовали в этом районе. Легкий крейсер «Исудзу» был потоплен в апреле лодками «Габилэн» и «Чэрр». В мае английские самолеты и эскадренные миноносцы потопили тяжелый крейсер «Хагуро», а 8 июня английская подводная лодка «Тренчант» потопила у берегов Суматры тяжелый крейсер «Асигара». Когда австралийцы высаживались на берег, в этом районе не было ни одного крупного японского военного корабля.
Таким образом, подводная война в юго-западной части Тихого океана постепенно закончилась. С приближением лета 1945 года задача подводных сил, базирующихся в Австралии, была выполнена. В Южно-Китайском и Яванском морях и в водах, омывающих остров Целебес, не было ни военных, ни торговых кораблей Японии. С марта все захваченные японцами территории, входившие в «восточно-азиатскую сферу взаимного процветания», были отрезаны от Японии. В этом месяце с юга на остров Кюсю пришел последний конвой с нефтью из Индии. С прибытием этого конвоя Японская империя фактически прекратила свое существование.
Оставалась лишь собственно Япония, почти полностью лишенная сырья, необходимого для промышленности. Островная страна, лишенная сырья, не могла уже мечтать о каком-либо военном сопротивлении. Однако Япония могла еще некоторое время просуществовать, если бы она могла ввозить из Кореи, Северного Китая и Маньчжурии жизненно важные для нее продовольствие и уголь. Но импорт, конечно, зависел от судоходства, а японское судоходство зависело от нефти. Без нефти японский флот оказался перед угрозой бездействия. Еще задолго до этого в стране истощились все запасы, и теперь японской торговле был нанесен смертельный удар.
В апреле из-за отсутствия горючего было законсервировано большое количество торговых судов. В мае японские порты были переполнены траулерами, каботажными судами и небольшими транспортами, ожидавшими топлива. Угроза полного прекращения межостровного судоходства стала еще более реальной после постепенного сокращения судоходства на коммуникациях, связывавших Японию с Северным Китаем, Маньчжурией и Кореей. Приближался момент, когда весь торговый флот Японии должен был быть полностью парализован.
Одной из последних американских подводных лодок, потопленных японцами во время второй мировой войны, была лодка «Лагарто». 12 апреля она вышла из бухты Субик (Филиппинские острова) для боевых действий в районе Южно-Китайского моря. Первый поход лодки в районе южнее Хонсю прошел успешно, однако в Южно-Китайском море судов противника обнаружено не было.
В конце апреля лодке было приказано действовать в Сиамском заливе. 2 мая она вошла в контакт с подводной лодкой «Бэйя». После полудня на подводной лодке «Лагарто» было принято сообщение о том, что «Бэйя» преследует танкер, идущий в сопровождении большого числа эскортных кораблей. Ночью «Бэйя» сообщила, что эскортные корабли обнаружили ее при помощи радара и артиллерийским огнем заставили прекратить преследование.
Лодки встретились ранним утром на следующий день. Командиры лодок решили, что «Лагарто» уйдет на глубину, когда достигнет определенного пункта на пути следования конвоя, а «Бэйя» нанесет удар с позиции в 12 милях впереди «Лагарто». Лодки разошлись, и поиск конвоя начался.
В течение дня «Лагарто» и «Бэйя» поддерживали связь друг с другом, а вечером «Бэйя» догнала конвой. В полночь конвой был атакован; подводная лодка была вынуждена отойти под огнем эскортных кораблей. Она потеряла связь с «Лагарто». Утром 4 мая «Бэйя» пыталась связаться с «Лагарто», но лодка не отвечала. «Лагарто» так и не вернулась в свою базу.