Разрушенные в результате бомбардировок жилые помещения для моряков и здания судовладельцев дополняли картину опустошения.
В конце июня военный совет анализировал цифры, которые показывали безнадежность положения японского водного транспорта. К началу войны Япония имела торговый флот тоннажем 6 000 000 т. По крайней мере половина судов требовалась для удовлетворения гражданских нужд. Теперь, после трех с половиной лет войны, Япония имела только 2 000 000 т, из которых лишь около 1 200 000 т были пригодны к эксплуатации. Но не все эти суда находились в японских водах и не все суда, находившиеся в японских водах, могли быть использованы для перевозки грузов.
В то время как милитаристы, развязавшие войну, не заботились о жизненных потребностях гражданского населения, японская знать и высшие представители японской армии, вероятно, были охвачены тревогой за свою собственную жизнь, когда стало известно, что торговый флот, который в мае 1942 года перевез 2991 000 т грузов, в июне 1945 года перевез только 752 000 т. Рушилась экономика Японии; населению страны угрожал голод.
Однако японцы все еще продолжали оттягивать момент капитуляции. Для перевозки продовольствия, угля и соли использовались деревянные суда, люггера и вообще все, что могло плавать. Военный совет говорил о «тотальной мобилизации» и системе «добровольного» ремонта судов. Однако все это не могло вывести Японию из кризиса.
Даже если бы японский торговый флот получил горючее, был бы укомплектован личным составом и имел возможность передвигаться, вопрос мог быть решен только при обеспечении безопасности морских путей между Японией и Азиатским материком. Без соответствующего эскорта торговые суда не смогли бы долго плавать в Желтом и Японском морях, ибо эти водные пространства превратились в поля активных действий американских подводных лодок.
Успех операции «Барней» говорил за то, что следовало повторить вторжение, и не успела одна группа подводных лодок вернуться на родину, как в Японское море шла уже новая группа в составе подводных лодок «Стикл-бэк», «Парго», «Пайпер», «Торск», «Джелао» и «Ноги». Все они самостоятельно прошли минные заграждения в Цусимском проливе и до дня победы над Японией патрулировали в водах Японского моря.
В результате договоренности между американскими адмиралами было решено произвести разведку минных заграждений близ Кюсю и Хонсю. Эта опасная задача была возложена на лодки «Раннер 2», «Редфин» и «Кэтфиш». Следовало определить протяженность заграждений в прибрежных водах и найти безопасные проходы для кораблей 3-го флота, готовившегося следовать к берегам Японии.
1 июня наиболее крупные американские корабли, взаимодействовавшие с войсками на острове Окинава, вышли из базы. Во время операции «Айсберг» флот понес тяжелые потери, было убито 4907 рядовых и офицеров и почти столько же ранено. В это время командование флотом сразу же направило свои корабли к берегам Кюсю. Подводные лодки ушли вперед для обеспечения спасательной службы на пути следования авианосцев. Но удар по Кюсю пришлось отложить из-за тайфуна, в результате которого оказалась поврежденной носовая часть крейсера «Питсбург». Серьезные повреждения получили еще несколько кораблей. Флоту пришлось вернуться в залив Лейте для принятия топлива и ремонта, и в июле корабли снова вышли к берегам Хонсю. Опять впереди шли подводные лодки, очищая путь авианосцам от сторожевых катеров противника.
В состав группы подводных лодок входили: «Пайпер», «Помфрит», «Плейс» и «Сипочер». Взаимодействуя с лодками «Раннер 2», «Редфин» и «Кэтфиш», эти подводные лодки пытались отыскать минные поля, используя для этого миноискатели. Был обнаружен свободный от мин проход, и, так как лодкам не встретились сторожевые катера противника, авианосцы вошли в этот проход. Как и при проведении операции «Детачмент», противник ничего не знал о готовящемся ударе.
10 июля поднявшиеся с авианосцев самолеты сбросили на Токио много бомб. Через семь дней линейные корабли, к которым присоединились 28 английских военных кораблей, двигались вдоль японского побережья и непрерывно обстреливали его. Во время последнего налета самолеты атаковали японскую военно-морскую базу Курэ. В результате налета взорвался последний японский эскортный авианосец «Кайё». Очень сильные повреждения получили линейные корабли «Харуна» и «Хюга», полностью вышел из строя старый линкор «Исэ», были потоплены крейсера «Китагуми» и «Оёдо», повреждены «Аоба» и «Тонэ»; кроме того, выведено из строя несколько эскадренных миноносцев. Таким образом, после этого налета японский военно-морской флот прекратил свое существование. В составе флота, который ранее занимал третье место в мире, теперь осталось только несколько легких крейсеров, около 50 подводных лодок, а эскадренных миноносцев не хватило бы для сопровождения и полдюжины конвоев, которые к этому времени отчаявшийся военный совет едва ли мог сформировать. В водах собственно Японии караваны торговых судов стали такой же редкостью, как и в юго-западной части Тихого океана, где джонки, сампаны и прочие суда использовались для перевозки грузов. Раньше союзники предоставляли таким судам относительную свободу передвижения в юго-западной части Тихого океана, так как не хотели враждебно настраивать туземцев, но к июлю 1945 года эти суда приобрели военное значение, так как снабжали гарнизоны противника в Малайе и на островах Голландской Ост-Индии. В соответствии с этим сампаны, джонки и другие мелкие суда стали объектами нападения подводных лодок, хотя командирам лодок и было приказано обеспечивать безопасность туземных команд.