Подводная лодка «R-1» обнаружила немецкую подводную лодку в этом же районе в конце апреля. Встреча произошла в 309 милях северо-восточнее Бермудских островов. Командир «R-1» решил атаковать противника. Была выпущена одна торпеда. Послышался взрыв. После этого случая подводная лодка противника не появлялась в этом районе. Однако факт ее потопления все же не подтвердился.
Лодки типа «R» продолжали действовать в районе севернее Бермудских островов, но встреч с немецкими лодками не имели до апреля 1942 года. В апреле «R-5» обнаружила немецкую лодку, но атаковать ее не удалось. Подводная лодка «R-7» в мае обнаружила и атаковала немецкую подводную лодку, выпустив четыре торпеды, но ни одна из них не попала в цель. В ночь на 14 апреля подводная лодка «Макерел» шла в надводном положении из Нью-Лондона в Хэмптон Роудс. В 23 час. 10 мин. наблюдатель заметил след приближающихся к лодке двух торпед. Лодка успела уклониться, и торпеды прошли мимо. Вскоре показалась и сама лодка противника. По ней было выпущено две торпеды из кормовых аппаратов. Немецкая лодка также уклонилась от торпед и вскоре совсем исчезла из виду. Во второй раз контакт с ней установить не удалось.
В 05 час. 03 мин. на следующее утро командир «Макерел» обнаружил подводную лодку. Запросили опознавательные, однако ответа не последовало. По силуэту лодки, который виднелся в тумане, выпустили торпеду, но она не попала в цель.
Панамский канал зорко охранялся во время первой мировой войны. В 1916 году в зоне канала, в Коко Соло, началось строительство базы подводных лодок. В 1917 году база была готова для обслуживания значительного числа подводных лодок. Охрана канала, кроме того, требовала создания еще одной базы подводных лодок, так как база в Коко Соло была единственной в восточной части Карибского моря. Военно-морским министром была назначена комиссия для определения места базы на Виргинских островах. Комиссия рекомендовала строить базу в Сант-Томас, в заливе Литл Крам. Строительство новой базы началось летом 1939 года и закончилось 1 марта 1941 года.
Три подводные лодки типа «R» из 32-го дивизиона лодок прибыли на базу в Сант-Томас в мае 1941 года, а осенью прибыло несколько лодок из 7-й эскадры, стоявшей в Коко Соло. После этого лодки периодически менялись, переходя из одной базы в другую. В декабре 1941 года подводные лодки Атлантического флота были готовы защищать Панамский канал.
В первую мировую войну немцы так и не смогли приблизиться к каналу и действовать в его зоне. Но уже в самом начале второй мировой войны они проникли к побережью залива Москито. Кроме того, немецкие лодки действовали в Карибском море.
Вскоре после вступления США во вторую мировую войну боевые действия подводных лодок вокруг Виргинских островов осуществлялись лодками, базирующимися на Сант-Томас.
Подводная лодка «S-17» 4 марта 1942 года обнаружила в Анегадском проливе немецкую подводную лодку. «S-17» шла подводным ходом. Гидроакустик сообщил о шуме винтов какого-то корабля, находящегося поблизости. Осмотр поверхности в перископ ничего не дал. По всей вероятности, источником шума были винты подводной лодки противника. Командир «S-17» решил, ориентируясь по гидроакустическим приборам, идти на таран, но эта попытка не удалась: немецкая лодка уклонилась, уйдя на глубину.
На следующий день на рассвете «S-17», идя в подводном положении, снова обнаружила немецкую подводную лодку, которая была вне досягаемости торпедного выстрела. Вероятно, немцы заметили лодку и сразу же начали погружаться. «S-17» тоже погрузилась под воду. Определить положение ненемецкой лодки было невозможно. Однако через некоторое время было зарегистрировано прохождение торпеды мимо «S-17». По-видимому, немецкая лодка поддерживала с «S-17» гидроакустический контакт.
В это время подводные лодки из Сант-Томас находились в море с целью разведки и наблюдения за французским крейсером «Жанна д'Арк», стоящим в Гваделупе, и авианосцем «Беарн», стоящим на острове Мартиник. Французские власти Вест-Индии, лояльно относящиеся к правительству Виши, были заподозрены в связи с немцами, и поэтому требовалось наблюдать за французскими кораблями и сообщать о каждом их движении. Подводные лодки «S-12», «S-14» и «S-15» все время находились в районе Мартиника и Гваделупы. После того как правительство США и правительство Виши установили дипломатические отношения и правительство Виши обещало, что эти корабли будут стоять в базе, наблюдение за крейсером и авианосцем прекратилось.