Когда в Фримантл пришла плавучая база подводных лодок «Отус», порт стал выглядеть совсем как американский.
Над Манилой, Сурабаей, Дарвином и Чилачапом постоянно висела угроза воздушных налетов, и подводные лодки, находившиеся в этих районах, всплывали на поверхность только с наступлением ночи. Однако в Фримантле можно было готовиться к выходу в море и производить работы круглосуточно.
Вскоре после того, как в порт прибыла «Отус», плавучая база «Холланд» снялась с якоря и взяла курс на Олбани, находящийся в 300 милях южнее. Хотя в Олбани не имелось всего необходимого для обслуживания подводных лодок, но там была защищенная гавань и хорошее железнодорожное и автодорожное сообщение с крупными центрами Австралии. Условия для отдыха подводников были весьма неплохими. Однако впервые с начала войны подводные лодки и команды находились там в хороших условиях.
В порту Перт (севернее Фримантла) располагался штаб подводных сил. После Сурабаи телефоны, радиостанции и удобные жилые помещения показались роскошными. Здесь в условиях относительной безопасности плавучие базы смогли обеспечивать подводные лодки всем необходимым. В этот период, подводные лодки, действуя севернее Малайского барьера, препятствовали продвижению японцев на юг, способствовали накоплению сил для подготовки контрнаступления в юго-западной части Тихого океана. Путей для отхода больше не было. Австралия была последней ступенью.
Подводные лодки Азиатского флота еще долгое время действовали с австралийской базы, затрачивая много суток на переход к пунктам назначения. Март оказался мрачным месяцем для подводных сил; в этом месяце были потеряны две эскадренные подводные лодки,
После эвакуации штаба командующего флотом из Манилы в Сурабаю подводная лодка «Шарк» была обнаружена японской лодкой. 6 января «Шарк» была атакована, но выпущенная торпеда не попала в цель.
Несколько дней спустя командир лодки получил приказание следовать к острову Амбон, в море Банда, где предполагалось вторжение противника, а 27 января — на позицию для боевых действий в Молуккском море. Затем было приказано пройти в пролив Банка.
2 февраля лодка донесла в Сурабаю, что на нее были сброшены глубинные бомбы в районе острова Тимор после неудачной торпедной атаки. Пять дней спустя от лодки поступило донесение относительно обнаружения грузового судна противника. После этого донесений от лодки не поступало. Сообщалось, что 8 февраля подводная лодка следует к Макассарскому проливу, огибая с севера остров Целебес. Из Сурабаи пробовали запрашивать лодку, но ответа не последовало. 7 марта 1942 года сообщили, что лодка, вероятно, погибла.
При изучении японских материалов после войны выяснилось, что в данном районе в то время противником было произведено три противолодочные атаки. 11 февраля японцы забросали глубинными бомбами подводную лодку восточнее Менадо, севернее острова Целебес. 17 февраля была атакована неизвестная лодка в районе Кендари и затем другая в том же районе 21 февраля. Японская печать сообщала также, что японские охотники за подводными лодками потопили в то же время американскую подводную лодку в Манильском проливе. Но последние данные не подтвердились. По всей вероятности, подводная лодка «Шарк» погибла 11 февраля, атакованная японскими противолодочными кораблями восточнее Менадо.
2 марта 1942 года была обнаружена и атакована в Яванском море японскими миноносцами подводная лодка «Перч». На лодку было сброшено несколько глубинных бомб. Лодка получила значительные повреждения и была вынуждена всплыть. Команде пришлось покинуть ее, предварительно открыв кингстоны, в результате чего она затонула.
Гибель подводных лодок «Шарк» и «Перч» явилась ощутимой потерей для американских подводных сил. Американские подводники, стремясь отплатить противнику за это, усилили активность боевых действий.
Подводная лодка «Сейлфиш», находясь в Ломбокском проливе, обнаружила и атаковала японский эскадренный миноносец, выпустив две торпеды, однако ни одна из них не попала в цель. Ночью подводная лодка атаковала крупный японский корабль, по которому было выпущено четыре торпеды. Через несколько секунд гидроакустические приборы зафиксировали два взрыва. Согласно послевоенным данным, в указанном районе 3 марта был потоплен «Камагава Мару» (6440 т) — транспорт для перевозки самолетов.