После боя в Коралловом море стало ясно, что японцы угрожают, с одной стороны, Алеутским островам, а с другой — острову Мидуэй. К середине мая 1942 года стал ясен и замысел предстоящей атаки. Противник угрожал Датч-Харбору, чтобы отвлечь внимание и нанести главный удар по Мидуэю. Командующий Тихоокеанским флотом подготовил силы обороны для развертывания. На Алеутских островах они были пополнены, а все надводные и воздушные силы, имевшиеся в наличии в центральной части Тихого океана, собраны в районе Гавайских островов. Авианосцы «Хорнет» и «Энтерпрайз» были отозваны из южной части Тихого океана, и «Йорктаун» направлен в Пирл-Харбор для срочного ремонта. В последнюю неделю мая надводный флот, который должен был оборонять Мидуэй, состоял из трех авианосцев, восьми крейсеров и 14 эскадренных миноносцев.
14 мая 25 подводных лодок Тихоокеанского флота получили приказ, которым предписывалось занять позиции в районе острова Мидуэй. Командирам подводных лодок сообщалось, что ожидается вторжение на Мидуэй и что транспорты с десантными войсками противника будут сопровождаться авианосцами, крейсерами и эскадренными миноносцами. Подводные лодки должны были вести разведку, сообщать местонахождение японских кораблей, перехватывать и атаковать их.
В этот период подводные силы Тихоокеанского флота находились в самом благоприятном положении, которого они достигли с начала войны. 12 новых подводных лодок прямо со строительных верфей прибыли в Пирл-Харбор. К моменту начала атаки японцев на острове Мидуэй в распоряжении командующего подводными силами Тихоокеанского флота находилось 29 подводных лодок. Из них только четыре не могли участвовать в сражении за остров Мидуэй. Подводные лодки «Трешер» и «Аргонавт» находились в капитальном ремонте, подводная лодка «Трайтон», возвратившаяся из боевого похода в Восточно-Китайское море, не имела запаса горючего и торпед, а подводной лодке «Силверсайдс» было приказано продолжить патрулирование около входа во внутреннее Японское море в проливе Кии.
В числе 25 подводных лодок, которые должны были принять участие в сражении за Мидуэй, шесть не выходили до этого ни разу в боевые походы. Команды этих новых лодок не имели времени на прохождение нормального курса боевой подготовки в Пирл-Харборе. Восемь лодок из 25 только что вернулись из боевых походов и нуждались в ремонте. Шесть лодок находились в море, далеко от района предстоящих боевых действий, и должны были очень торопиться, чтобы успеть вовремя. Остальные пять лодок собирались отправиться в обычный боевой поход, когда командующий приказал им идти к Мидуэю. Эти лодки имели возможность прибыть в район боевых действий своевременно.
Командующий подводными силами Тихоокеанского флота разделил подводные лодки на три оперативные группы. В эти группы не входили те лодки, которые патрулировали в районах, находящихся далеко от острова Мидуэй.
В оперативную группу 7/1 входили подводные лодки: «Кашалот», «Флаингфиш», «Тамбор», «Траут», «Грэйлинг», «Наутилус», «Групер», «Долфин», «Гэтоу», «Гаджен», «Катлфиш» и «Гренадир».
Эти лодки должны были располагаться на позициях западнее Мидуэя. Позиции имели форму секторов и напоминали распущенный веер.
Во вторую оперативную группу 7/2 входили три подводные лодки: «Нарвал», «Планжер» и «Триггер».
Эти лодки должны были прикрывать район восточнее Мидуэя. Не исключалась возможность нанесения удара японским флотом по острову Оаху, который бы отвлек внимание американского флота от Мидуэя. Поэтому три указанные лодки оперативной группы 7/2 должны были в этом случае перехватить противника и сообщить данные о нем третьей оперативной группе. Третья оперативная группа 7/3 должна была действовать в 300 милях севернее острова Оаху. В нее входили четыре подводные лодки: «Тарпон», «Пайк», «Финбэк» и «Гроулер».
Утром 4 июня подводные лодки всех трех оперативных групп находились на позициях, как это показано на схеме (стр. 81).
Лодкам первой оперативной группы было приказано маневрировать в дневное время под перископом и быть готовыми всплыть и преследовать противника в случае поступления данных о его приближении.
Подводные лодки оперативных групп 7/2 и 7/3 должны были также находиться в подводном положении и быть готовыми по приказанию следовать на перехват противника.
Всем подводным лодкам разрешалось во время атаки противника заходить в случае необходимости в сектора соседних лодок.
Кроме того, в море находились еще шесть подводных лодок Тихоокеанского флота, которые возвращались из очередных боевых походов. Из них подводные лодки «Драм», «Поллак», «Туна» и «Помпано» следовали на восток, покидая японские воды. Подводная лодка «Гринлинг» возвращалась из района Каролинских и Маршалловых островов, а «Порпес» из Фримантла направлялась в Пирл-Харбор. Этим подводным лодкам должны были передаваться все имеющиеся сведения о местонахождении кораблей японского флота с целью их перехвата пои отходе после атаки.