31.05.1942 г. I-16, I-18 и I-20 (1-й ДПЛ) подошли к входу в залив Диего-Суарес на расстояние 10 миль. I-16 и I-20 выпустили свои карликовые ПЛ для атаки боевых кораблей противника. I-18, из-за деформации палубных зажимов, свою карликовую ПЛ спустить не смогла. Карликовые ПЛ успешно прорвались в гавань Диего-Суареса, потопили английский ТН Brilish Loyalty (6993 т) и повредили английский ЛК Ramillies (затоплена часть водонепроницаемых отсеков, был вынужден уйти для ремонта в Дурбан). Бортовой ГСМ с I-30 (14-й ДПЛ) произвел облет Дар-ес-Салаама. Бортовой ГСМ с I-21 (3-й ДПЛ) произвел облет Сиднея, где пилот обнаружил несколько боевых кораблей. I-22 и I-24 (3-й ДПЛ), I-27 (14-й ДПЛ) спустили на воду свои карликовые ПЛ для атаки кораблей противника. Одна из карликовых ПЛ выпустила торпеду по американскому ТКР Chicago, который потопил ее артиллерийским огнем. Другую карликовую ПЛ потопили патрульные корабли, а третья затонула от взрыва собственной торпеды. I-29 (14-й ДПЛ) по техническим причинам ипользовать свою карликовую ПЛ не смогла.
1.06.1942 г. Бортовой ГСМ с I-10 (флаг Восьмой эскадры ПЛ) произвел облет порта Диего-Суарес для выяснения результатов атаки карликовых ПЛ. I-10 (капитан 3 ранга Каяхара) к югу от о. Мадагаскар потопила английское торговое судно (2З20 т). I-20 (1-й ДПЛ, капитан 3 ранга Т. Ямада) атаковала шедший к о. Мадагаскар крупный союзный КОН и потопила английский вспомогательный КР (21051 т), находившийся в его охранении.
2.06.1942 г. I-16 и I-20 (1-й ДПЛ) оставили район ожидания карликовых ПЛ и продолжили крейсерство. Бортовой ГСМ с I-21 (3-й ДПЛ) произвел облет Сиднея. I-21 направилась к берегам Тасмании, имея на борту ГСМ. I-22 и I-24 (3-й ДПЛ), I-27 (14-й ДПЛ) оставили район ожидания карликовых ПЛ и продолжили крейсерство. I-11 (флаг командующего 3-й эскадрой ПЛ) пришла на атолл Кваджелейн. I-2 (7-й ДПЛ) и I-4 (8-й ДПЛ) пришли в Куре.
3.06.1942 г. I-22 (3-й ДПЛ) и I-27 (14-й ДПЛ) обстреляли портовые сооружения Сиднея. I-121, I-122 и I-123 (13-й ДПЛ) в соответствии с планом захвата атолла Мидуэй, заняли позицию в районе к северу от рифов Френч-Фригейт. I-30 (14-й ДПЛ) у восточного побережья Африки приняла топливо и пополнила запасы со вспомогательного КР Аикоку Мару. I-16 (1-й ДПЛ, капитан 3 ранга К. Ямада) у западного побережья о. Мадагаскар потопила английское торговое судно (2400 т).
4.06.1942 г. I-169 (12-й ДПЛ), I-171 (20-й ДПЛ), I-174 и I-175 (11-й ДПЛ), в соответствии с планом захвата атолла Мидуэй, заняли позицию в районе к северо-востоку от острова, I-156, I-157 и I-158 (19-й ДПЛ), I-159 и I-162 (28-й ДПЛ), I-165 и I-166 (30-й ДПЛ), в соответствии с планом захвата атолла Мидуэй, заняли позицию в раионе к юго-западу от острова. I-7 (флаг Второй эскадры ПЛ) заняла позицию в районе Гавайских о-вов. I-168 (12-й ДПЛ) выпустила шесть 100-мм снарядов по лагуне атолла Мидуэй. Ответный огонь береговых батарей вынудил ПЛ прекратить обстрел и отойти на юго-запад. I-21 (3-Й ДПЛ, капитан 3 ранга Мацумура) у берегов Тасмании потопила американское торговое судно (5527 т). I-2 (7–й ДПЛ) вышла из Куре и направилась в район к западу от Гавайских о-вов.
5.06.1942 г. Ro-33 и Ro-34 (21-й ДПЛ) пришли на атолл Трук. Ro-63 и Ro-64 (33-й ДПЛ) пришли на атолл Трук после противолодочного патрулирования подходов к базе флота. Командир I-168 (12-й ДПЛ) получил приказ обнаружить и атаковать поврежденный в сражении у атолла Мидуэй американский АВ Yorktown. Бортовой ГСМ с I-30 (14-й ДПЛ) произвел облет Дурбана. I-22 (3-й ДПЛ) через перископ провела разведку подходов к Веллингтону.
6.06.1942 г. I-24 (3-й ДПЛ, капитан 3 ранга Ханабуса) у берегов Австралии потопила американское торговое судно (4312 т) и торпедой повредила австралийское торговое судно (5800 т). I-168 (12-й ДПЛ, капитанл-ейтенант Яхачи Танабе) визуально, на дистанции 11 миль обнаружила американский АВ Yorktown в охранении шести ЭМ, один из которых — Наmmаnn, находился рядом с поврежденным кораблем. ПЛ в течение шести часов подошла к АВ на дистанцию 5400 м, но, боясь, что не сработают взрыватели, отошла на 10000 м и выпустила четыре торпеды, из которых две попали в АВ и две — в ЭМ Наmmаnn (по другим данным одна). Наmmаnn затонул в течение нескольких минут. На корабле погибли 81 человек (из 241). Yorktown затонул утром 7.06.1942 г. На I-168 было сброшено около 60 глубинных бомб, взрывы которых привели к повреждению АБ и одного из ТА, через который в прочный корпус начала поступать вода. ПЛ провалилась на предельную глубину погружения, но, благодаря умелым действиям экипажа, удержалась, всплыла, и, поставив дымовую завесу, в надводном положении оторвалась от противника. I-21 (3-й ДПЛ) обстреляла сталелитейный завод и верфи в Ньюкасле.
7.06.1942 г. I-29 (14-й ДПЛ, капитан 3 ранга Идзу) у побережья Австралии тяжело повредила американское торговое судно (5135 т). Ro-67 (26-й ДПЛ) вышла с атолла Кваджелейн и направилась к о. Трук. Всем ПЛ, участвовавшим в операции по захвату атолла Мидуэй, было приказано возвращаться на базу. I-27 (14-й ДПЛ, капитан 3 ранга Яосимура) у берегов Тасмании потопила американское торговое судно (335З т) и одно судно (4239 т) тяжело повредила.
9.06.1942 г. Ro-61 и Ro-62 (26-й ДПЛ) вышли с атолла Трук для противолодочного патрулирования подходов к базе.
10.06.1942 г. Флоту была передана I-33, которая вошла в состав 15-го ДПЛ. ПЛ перешла из Кобе в Куре и приступила к боевой подготовке.
12.06.1942 г. Бортовой ГСМ с I-30 (14-й ДПЛ) произвел облет Дурбана. I-172 (20-й ДПЛ) вышла с атолла Кваджелейн и направилась в Куре. Ro-67 (26-й ДПЛ) пришла на атолл Трук. I-24 (3-й ДПЛ) с дистанции шесть миль выпустила десять 140-мм снарядов по портовым сооружениям Сиднея. I-24 (3-й ДПЛ, капитан 3 ранга Ханабуса) на подходах к Сиднею атаковала союзный КОН и торпедами повредила два торговых судна (суммарным водоизмещением 10004 т).
14.06.1942 г. Группа капитана 1 ранга Сасаки получила приказ следовать на атолл Трук.
15.06.1942 г. I-121, I-122 и I-123 (13-й ДПЛ) пришли на атолл Кваджелейн.
17.06.1942 г. I-168 (12-й ДПЛ) пришла в Куре для восстановительного ремонта. Командир корабля капитан-лейтенант Яхачи Танабе был объявлен национальным героем, награжден и назначен на новейшую I-176 (вступила в строй 4 08.1942 г. и вошла в состав 11-го ДПЛ). I-18 (1-й ДПЛ, капитан 3 ранга Отани) у западного побережья Индии потопила английское торговое судно (4780 т). I-8 (второй флаг Восьмой эскадры ПЛ) пришла на атолл Кваджелейн после патрулирования у Новой Каледонии.