По окончании разведки все боевые пловцы благополучно возвратились на транспорты. В последующую ночь 4 японских самолета попытались напасть на тральщики. Пулеметчики 18-й команды открыли огонь и потом утверждали, что они сбили один самолет. Действительно, один самолет рухнул в воду, но командование посчитало, что это заслуга зенитчиков с эскадренного миноносца. Уцелевшие 3 самолета улетели прочь.
К утру на море, которое до того было спокойно, появились крутые гребни волн. Команды пловцов направились к берегу в своих катерах. На некотором расстоянии от берега пловцы выпрыгнули в воду и сбросили связки зарядов со спасательными поясами в качестве поплавков. Каждый подрывник доставил свою связку к прибрежной полосе заграждений. Учитывая прочность свай, к ним приходилось прикреплять по 2 заряда. Несмотря на перекатывающиеся через заграждения волны, работу удалось закончить, после чего все заряды были соединены пентритовым детонирующим шнуром.
На этот раз удары бомбардировщиков и истребителей с воздуха были рассчитаны очень точно, чтобы не могла повториться трагическая ошибка, допущенная у Лабуана. Огонь противника был слаб, и команды пловцов никаких потерь не понесли. Пока работали подрывники, с наблюдательного катера обнаружили береговую батарею противника. Она была поражена огнем корабельной артиллерии. Наконец были поданы зеленые дымовые сигналы, разрешающие производить взрыв. Через некоторое время раздался взрыв. Огромные массы воды и обломков поднялись высоко в воздух и обрушились на берег. За первым взрывом последовал второй, после чего в заграждениях можно было видеть 2 прохода, каждый шириной свыше 700 м.
Возвратившись на транспорт, 18-я команда вынуждена была в 17 часов снова спустить на воду 1 катер для спасения 7 оставшихся в живых членов экипажа тральщика, который подорвался на мине.
После завершения подрывных работ на северных участках боевым пловцам предстояло выполнить аналогичное задание на участках высадки, находящихся южнее. Очистка прилегающего к ним района моря от мин еще была далека от завершения, так как тральщиков не хватало с самого начала, а с течением времени их число все уменьшалось по мере того, как они один за другим выбывали из строя, подрываясь на минах. Наступило 27 июня. До начала десантной операции оставалось 4 дня. От командиров тральщиков были получены сведения об окружном пути, по которому канонерские лодки и десантные катера могли приблизиться к южным участкам.
Дул сильный ветер. На море вздымались высокие волны. Из-за сильного дождя и нависшего над островом облака черного дыма от пожаров было трудно различить очертания берега. Ориентируясь при помощи радиолокаторов, колонна из 7 канонерских лодок, за которыми следовали десантные катера, благополучно прошла через минное поле и приблизилась на расстояние 1,5 мили к берегу, напротив Кландасана. Подрывникам предстояло обследовать и очистить от заграждений прибрежный участок общим протяжением около 1800 м. Кландасан является населенным пунктом, находящимся недалеко от Баликпапана, который расположен на северном берегу залива.
Стэйтс передал по радио, что из-за плохой погоды ему, очевидно, нельзя рассчитывать на поддержку с воздуха, но в ответ получил неожиданное сообщение, что первая волна самолетов уже приближается к району разведки. То самое 13-е авиасоединение, которое по ошибке сбросило бомбы на пловцов у Лабуана, теперь усиленно обрабатывало побережье. Бомбардировщики В-24 и В-25 действовали в строгом соответствии с графиком. Боевые пловцы вздохнули с облегчением, когда увидели, что бомбардировщики снижаются до высоты в несколько десятков метров, чтобы сбросить серии бомб точно на побережье.
Когда катера подошли ближе к берегу, пловцы сквозь дождь и дым начали различать на нем дома, доты, радиолокационную установку на холме и прочее. Старший лейтенант Кумз писал позже: «Не без некоторых сомнений в своих силах приступили мы к своей работе. Австралийцы опасались, что вообще наша задача окажется невыполнимой, но в конечном результате мы не очень их разочаровали».