Благодаря своим сотрудникам Л.А.Ратаев имел возможность хорошо освещать деятельность и планы как старых народовольцев, так и расширявших свою деятельность социалистов-революционеров. Особенно хорошо в этом смысле зарекомендовал себя Е.Ф.Азеф, доставлявший своему патрону чуть ли не ежедневное донесения и обстоятельнейшие доклады о заграничной деятельности эсеровской партии.
В 1904 году в ведение Л.А.Ратаева поступил и политический сыск на Балканском полуострове (16 агентов), причем в помощники ему был назначен (февраль 1905 года) бывший руководитель Балканской агентуры полковник Владимир Валерианович Тржецяк. Вместе с ним Ратаев объехал весь Балканский полуостров, посетил Белград, Константинополь и Софию с целью организации и надлежащей постановки здесь русской агентуры.
Тем временем стало очевидным, что главным руководящим центром русской политической эмиграции в Европе является не Берлин, а Швейцария, где и было решено сосредоточить все наблюдательные силы Заграничной агентуры.
Парижскую и Берлинскую агентуры Л.А.Ратаев решил объединить. Фактически это означало ликвидацию Берлинской агентуры во главе со ставленником П.И.Рачковского А.М.Гартингом. Надо ли много говорить о возмущении, с которым встретил эти планы сам А.М.Гартинг. Л.А.Ратаев сумел, однако, настоять на своем и 18 января 1905 года Берлинская агентура как самостоятельное учреждение прекратила свое существование.
А между тем в России в это время развертывались поистине драматические события, в орбиту которых невольно оказалась втянутой и Заграничная агентура Департамента.
15 июня 1904 года по постановлению "Боевой организации" социалистов-революционеров эсеровским боевиком Е.Сазоновым был убит покровитель Л.А.Ратаева министр внутренних дел (с 1902 года) Российской империи Вячеслав Константинович Плеве. Событие это повергло в шок правящие круги России. Еще более потрясло их убийство 4 марта 1905 года московского генерал-губернатора великого князя Сергея Александровича. Несоответствие А.А.Лопухина своей должности стало слишком очевидным и 24 мая 1905 года он был вынужден передать все дела товарищу министра внутренних дел Д.Ф.Трепову. По ходатайству последнего отправленный было на пенсию П.И.Рачковский был назначен чиновником особых поручений при МВД с возложением на него особой миссии по руководству деятельностью петербургского охранного отделения. 9 августа 1905 года последовало секретное распоряжение о назначении П.И.Рачковского вице-директором Департамента полиции с возложением на него руководства всей политической частью работы Департамента.
П.И.Рачковский живо взялся за дело и начал он, естественно, с чистки Департамента от недостаточно хорошо проявивших себя сотрудников. Естественно, что в числе их, наряду с действительно лишними людьми в Департаменте, оказались и личные враги и недоброжелатели Петра Ивановича: С.В.Зубатов, А.А.Лопухин и другие. Судьба Л.А.Ратаева была предрешена. 11 июля 1905 года П.И.Рачковский представил министру внутренних дел доклад, где утверждал, что проведенная недавно по инициативе Л.А.Ратаева ликвидация Берлинской агентуры как самостоятельного подразделения оказалась ошибочной, поскольку "Берлин по своей близости к русской границе не утратил для революционеров своего значения". Мнение П.И.Рачковского было уважено. Берлинская агентура опять была восстановлена на прежних основаниях. Заведующим ее 19 июля 1905 года опять стал А.М.Гартинг.
Это был сильный удар по самолюбию Л.А.Ратаева. Стало ясно, что дни его сочтены. 1 августа 1905 года он и вовсе был отстранен от заведования Заграничной агентурой. Его место тут же было занято А.М.Гартингом. Когда в июле 1905 года по вызову из Департамента полиции Л.А.Ратаев прибыл в Петербург, то здесь он застал, по его словам, странное положение: "На все мои вопросы как высшее, так и ближайшее начальство категорически заявляло мне, что с деятельностью моей совершенно незнакомы, докладов моих не читали и не знают, но, тем не менее, под страхом лишения пенсии требовали, чтобы я немедленно уезжал в Париж для сдачи должности ... Должность мою, констатировал Л.А.Ратаев в докладной записке на имя министра внутренних дел от 9/22 марта 1906 года, - я вынужден был покинуть совершенно без всяких предупреждений и как раз в тот самый момент, когда агентура среди партии социалистов-революционеров достигла небывалой высоты и ожидались весьма крупные результаты" [190].
Стоит отметить в качестве характеристики Л.А.Ратаева как человека, что в отставку он ушел достаточно спокойно, без излишнего шума, и разоблачительных интервью в оппозиционной прессе не давал, хотя небезызвестный В.Л.Бурцев и обращался к нему с таким предложением [191]. В результате, получив единовременное пособие в 150 тысяч франков, Л.А.Ратаев был отправлен на пенсию и поселился в Париже под фамилией Рихтер.
Не успел он сдать дела, как распоряжением всесильного теперь П.И.Рачковского сумма, отпускаемая на Заграничную агентуру, была резко увеличена. Обстоятельство это не осталось незамеченным Леонидом Александровичем. "Тотчас после оставления мною должности, - с обидой отмечал он, - отпуск на Заграничную агентуру был увеличен на 100 тысяч франков и, таким образом, в настоящее время, когда, в сущности, за границей дела втрое меньше, чем прежде, заместитель мой получает все то, что отпускалось на Германию, и с добавлением еще 100 тысяч франков" [192].
В дальнейшем, впрочем, уже после второй отставки П.И.Рачковского старые враги, судя по всему, помирились. Во всяком случае, из воспоминаний С.Ю.Витте, относящихся к его заграничной поездке летом 1906 года видно, что П.И.Рачковский запросто бывал на квартире у Л.А.Ратаева и получал от него конфиденциальную информацию [193].
Поздней осенью 1905 года Л.А.Ратаева навестил Е.Ф.Азеф, чтобы рассказать ему, что он полностью разоблачен и уже не может больше работать для полиции.
В дальнейшем Л.А.Ратаеву пришлось пережить немало горьких минут в связи с разоблачением своего "воспитанника".
Желая окончательно убедиться в провокаторстве Е.Ф.Азефа. В.Л.Бурцев пытался было разговорить на эту тему Л.А.Ратаева, подослав к нему хорошо знавшего его М.Е.Бакая. "Ратаев принял Бакая, - пишет В.Л.Бурцев.
- В разговоре с ним Бакай, смеясь, как бы между прочим, как это и было у нас условлено, сказал Ратаеву:
" А какой удар готовит Бурцев! Он хочет разоблачить вашего главного эсеровского агента Азефа!
- Какого Азефа? - несколько смущенно спросил Ратаев. - Никакого Азефа я не знаю!
Потом по какому-то поводу Бакай упомянул о тяжелом положении жены Азефа ввиду обвинения ее мужа.
- Так неужели Бурцев и жену Азефа обвиняет в провокации? - спросил Бакая Ратаев.
Бакай сказал Ратаеву, что я обвиняю только Азефа, а не его жену.
Ратаев еще раз смущенно повторил:
- Нет, никакого Азефа я не знаю." [194].
В.Л.Бурцев трактует этот примечательный эпизод как желание Л.А.Ратаева спасти, выгородить Азефа. Мысль о том, что Л.А.Ратаев оставался верен своему долгу "революционеру" В.Л.Бурцеву просто не могла прийти в голову. Но, очевидно, что это было все же так. Однако уже в конце 1908 года и до него стали доходить слухи о предательстве Азефа. А в январе 1909 года Л.А.Ратаев смог уже сам прочитать "Извещение" ЦК партии социалистов-революционеров, где Е.Ф.Азефу приписывалось участие едва ли не во всех "политических злодействах"
с 1902 года. Л.А.Ратаев был поражен и не хотел верить. "Я был убежден, - писал он, - что ЦК, поставленный в смешное положение разоблачением, что один из старейших и наиболее уважаемых членов партии состоял слугой правительства, возвел на него эту клевету, дабы самому как-нибудь выпутаться и запачкать русскую политическую полицию обвинением в провокации и участии в политических убийствах" [195].
Во время суда над бывшим директором Департамента полиции А.А.Лопухиным, способствовавшим разоблачению Е.Ф.Азефа, в апреле 1909 года Л.А.Ратаев прислал из Парижа свои обширные показания по этому делу, в которых утверждал о своей полной неосведомленности о подлинной роли своего "воспитанника".