Богдан Хмельницкий понимал, что рано или поздно возобновление войны с Польшей неизбежно, и под различными предлогами старался оттянуть выполнение договора, чтобы ослабить позиции Польши на Украине. Для этого у Богдана Хмельницкого были и формальные основания: он требовал, чтобы Польша первая выполнила важнейший пункт договора — утвердила 40-тысячный казачий реестр. До этого, заявил Хмельницкий, он вынужден задержать возвращение на Украину бежавшей в свое время оттуда шляхты, не пускать королевских чиновников на казацкую территорию и не выводить свое войско из пограничных районов. Осенью 1649 года Богдан Хмельницкий из дипломатических соображений решил отправить на сейм своих послов. С ними поехал и митрополит Сильвестр Косов, чтобы занять предоставленное ему договором место в сенате. Посольство должно было потребовать от сейма утверждения Зборовского договора.
12 ноября 1649 года на сейме обнаружилось все лицемерие польско-шляхетской стороны. Магнаты Восточной Украины во главе с Вишневецким потребовали немедленного возобновления войны. Уступая магнатам, сейм не утвердил Зборовского договора. Таким образом, Зборовский договор, утвержденный только королем, оказался простой фикцией и был рассчитан на то, чтобы обмануть казаков.
Тем временем изгнанная с украинской земли шляхта со всех сторон потянулась в свои имения. Нередко отдельные шляхтичи объединялись в вооруженные отряды и силой занимали поместья. Более богатые шляхтичи прибывали во главе крупных отрядов, нанятых в Польше и за границей. Однако украинское крестьянство, поголовно объявившее себя казаками, и слышать не хотело о восстановлении крепостнических порядков. Охваченная чувством мести к участникам восстания и стремясь силой вернуть старые порядки, шляхта вступила на путь зверской расправы с украинским населением. Так, например, магнат Корецкий, вернувшись в «свои маетности» с сильным отрядом собственного войска, дикими казнями стал вымещать свою злобу на крестьянах. Естественным ответом на возвращение шляхты был бурный протест крестьянства. В имениях Корецкого началось восстание, результатом которого было изгнание магната с его отрядом наемных карателей. Крестьянские восстания начались и в других частях Украины. На Брацлавщине во главе восставших стал полковник казацкого войска Данила Нечай.
Готовясь к новым битвам с панской Польшей, Богдан Хмельницкий провел ряд важных организационных мероприятий военного, административного и финансового характера. Он разделил казацкую территорию на 16 полков, каждый из которых представлял собой военную и в то же время административно-территориальную единицу. Центром полка являлся обычно город или местечко. Во главе полка стоял полковник с подчиненной ему полковой старшиной (судья, обозный, писарь и пр.). Полк делился на несколько сотен, во главе которых стояли сотники с соответствующей сотенной старшиной. В сотню входили казацкие «громады» — общины со своими атаманами. Во главе этой военно-административной организации стояли генеральная старшина и гетман. Хотя в городах продолжали действовать органы старой администрации — ратуши и т. д., они фактически были подчинены вновь созданной военной администрации.
Все это время Богдан Хмельницкий не прекращал связи с Москвой. В ноябре 1649 года, принимая в Чигирине русских послов Неронова и Богданова, Хмельницкий заявил, что независимо от того, победят ли казаки Польшу или потерпят поражение, они будут просить царя о принятии Украины под власть России.
Мечтая о восстановлении своего господства на украинских землях, польские правящие круги не теряли надежды втянуть Богдана Хмельницкого в войну с Турцией и Крымским ханством. Весной 1650 года в Чигирин прибыл католический священник Альберто Вимина. Вимина, который действовал от имени Венеции, должен был осуществить коварный план, разработанный Ватиканом и польским правительством. Однако попытка Вимины склонить Хмельницкого к выступлению против Турции кончилась полным провалом. Гетман дал понять, что действительные планы врагов украинского народа для него ясны.
Но если панская Польша толкала Богдана Хмельницкого на войну против Турции и крымского хана, то последний настаивал на совместном походе против России. Зная о стремлении украинского народа воссоединить Украину с Россией, Ислам-Гирей пытался любой ценой помещать этому.