Хотя в момент своего появления сочинения ученых школы «кокугаку» были для тогдашней культуры явлением периферийным (официальной идеологией сёгуната Токугава оставалось неоконфуцианство), после «реставрации Мэйдзи» (1867 г.) в связи с напряженными поисками национальной идентичности авторы школы «кокугаку» получили широчайшее признание, а их труды были признаны за образцовые, постоянно переиздавались и комментировались, будучи, таким образом, признаны составной частью синтоистской классики и официальной идеологии.
Начиная с периода Мэйдзи (и вплоть до окончания второй мировой войны) синто играл роль одной из самых существенных составляющих официальной идеологии. Это было связано с необходимостью противостоять империалистической политике западных держав, реакцией на которую явилось целенаправленное формирование в Японии современного «национального государства» («государства-нации», nation state), усилением и широким распространением нативистских, почвеннических и открыто националистических настроений. В связи с этим резко активизируется и текстовая деятельность, связанная с синто, которому отводилась объединяющая всех японцев роль. Следует иметь при этом в виду, что эта деятельность была направлена скорее на выявление, введение в оборот и комментирование старых текстов, нежели чем на создание новых. Так, небольшому по своему объему средневековому тексту «Накатоми-но хараэ» было посвящено более 500 исследований и комментариев. Именно на это время приходится первая публикация значительного количества текстов, признанных «синтоистскими». Следует иметь при этом в виду, что многие из этих текстов можно считать «синтоистскими» только с определенными оговорками — в категорию «синто» часто попадали сочинения, которые не являлись чисто религиозными, а объективировали «чисто японские» ценности. Так, в число ведущих синтоистских деятелей попал крестьянский сын и плодовитый сочинитель Ниномия Сонтоку (1787–1856), признанный идеологами периода Мэйдзи за образцового японского крестьянина, которого отличают трудолюбие, бережливость, стремление к самообразованию, почтение к родителям и императору, т. е. те ценности, которые имеют к собственно синто весьма опосредованное отношение. В этой канонизации образа Ниномия Сонтоку хорошо видна тенденция того времени объявлять все «чисто японское» принадлежащим к категории «синто» — например, это в полной мере касается стихов (вака) на японском языке и трактатов, им посвященных. При этом в категорию «японское» попадали и те заимствованные ценности, которые укоренились в Японии в стародавние времена. Канонизации, подобной Ниномия Сонтоку, была подвергнута также фигура Окуни Такамаса (см. «Хонгаку кёё»).
В то же самое время следует признать, что тот акцент, который делает синтоизм на ритуале, в значительной степени блокировал появление развитой богословской традиции даже в новейшее время. В представлениях ортодоксальных конфуцианцев и буддистов синтоистское «богословие» являлось малоразвитым и даже «примитивным» дискурсом. Без широкого привлечения категориального аппарата буддизма и, в особенности, конфуцианства синто не мог выработать собственного языка описания. Деятельность, откровения и писания основателей многочисленных «новых религий», появившихся в конце XIX и в XX вв., демонстрирует крайнюю эклектичность и многочисленные заимствования из буддизма, конфуцианства и даже христианства.
Гонения на буддизм, которые наблюдались в первые годы Мэйдзи (разрушение храмов и статуй, преследование монахов, попытка насильственной замены буддийского похоронного обряда «синтоистским» погребением в земле и т. д. — см. симбуцу бунри), сменяется более взвешенным и реалистичным отношением к буддизму, который в результате был все-таки вписан в рамки общенациональной идеологии. Что до ученых-конфуцианцев, то они принимали живейшее участие в составлении большинства программных документов эпохи императора Мэйдзи, его указов. В центре идеологических построений этого времени находилась фигура императора — потомка богини солнца Аматэрасу. Сам император представал как разновидность синтоистского божества, правящая династия позиционировалась как божественная, несменяемая и непрерываемая. Подданные объявлялись в указах детьми императора («младенцами», сэкиси). Таким образом, японская нация представала как одна семья, в жилах которой течет кровь синтоистских божеств. Отправляя синтоистские ритуалы в святилищах своего дворца, император выступал в качестве первосвященника синто. Показательно, что программный документ эпохи — «Высочайшая клятва в пяти статьях» («Гокадзёно госэймон», 1868 г.), в которой император Мэйдзи определил главные направления будущих реформ, имеет форму клятвы, принесенной им синтоистским божествам.