Существует несколько гипотез относительно родства современных японцев с людьми периода Дзёмон. Согласно одной из них, из людей Дзёмон образовались две этнические группы — современные японцы и современные айну. Согласно другой, айну и люди Дзёмон, ставшие потом современными японцами, принадлежат к разным потокам, возможно, относящимся к докерамическому периоду, при этом существуют разные точки зрения относительно того, айну или люди Дзёмон-прародители японцев оказались на Островах раньше.
Разногласия есть и относительно того, на каком языке разговаривали люди Дзёмон, а также связаны ли генетически протояпонский и протоайну (большинство ученых в настоящее время считает их независимыми друг от друга). Благодаря блестящим работам С.А. Старостина и зарубежных лингвистов, можно считать доказанной связь японского с языками алтайской группы (корейским, тунгусским и т. д.), более или менее признано также, что в японском сохранились следы австронезийского языкового субстрата, откуда следует гипотеза о том, что язык (или, скорее, языки) населения Островов периода Дзёмон были австронезийского происхождения и были принесены племенами, пришедшими с юга. Ряд возможных сближений (например, сходство узоров на керамике с ново-гвинейскими или сходство операций с зубами инициируемых с юговосточно-азиатскими культурами) также указывает на источник культурных идей. Однако все это также, разумеется, носит гипотетический характер, и вполне возможно допустить, что влияния шли с самых разных сторон.
По-видимому, в первые века новой эры на Японских островах уже существовал культ камней и гор, почитание предков, искусство татуировки, развилось пришедшее с материка искусство эпохи бронзы, от которой сохранились художественно сложные формы бронзовых колоколов. Кроме того, к началу первого тысячелетия новой эры на северном Кюсю появляется культура курганных захоронений (кофун), которая быстро распространяется по территории страны и сопровождается огромным числом так называемых ханива — особого вида погребальной пластики, состоящей из керамических изображений людей, ритуальных предметов, коней и разных существ.
По сравнению с периодом Дзёмон, гораздо больше данных имеется в нашем распоряжении относительно периода Яёй, начавшегося примерно за 300 лет до н. э. Хотя некоторые традиции керамики, а также охоты, похоронных обрядов и т. д. остаются в этот период от предыдущего, все же можно сказать, что начало этого периода резко обозначило границу нового культурного периода. Революционным изменением в хозяйственной деятельности стало начало культивации поливного рисосеяния — технология, пришедшая из Юго-Восточной Азии и утвердившаяся прежде всего на севере Кюсю, а оттуда распространившаяся в южную и западную Японию. Придя на Острова, культура рисосеяния становится основой всей японской культуры и определяет многое в социальной организации, структуре и содержании культовой деятельности. На востоке же и северо-востоке, в краях с более холодным климатом, менее приспособленным для выращивания тропического растения, по-видимому, еще довольно долго сохранялась культура Дзёмон. Интересно, что до Хоккайдо культура Яёй так и не добралась. Вторым важнейшим фактором духовно-практической деятельности этого периода стало развитие металлургии.
Видимо, как в доисторический период, так и позже, территория Японии резко делилась культурной границей, проходящей с севера на юг по Хонсю и обозначенной различием диалектов, групп крови, дерматоглифики, социальных структур и т. д. Вообще говоря, несмотря на кажущуюся точность данных естественных наук, вопрос об этапах освоения островов и этнической структуре переселенцев остается неясным. Так, одно время предполагалось, что разные результаты химического анализа останков людей Дзёмон и Яёй свидетельствуют о разных этносах. Потом это явление оказалось возможным объяснить изменением диеты. Существует также гипотеза, что наибольшее сходство по формуле крови обнаруживается не между японцами и корейцами, а между японцами Кюсю и обитателями китайской провинции Хунань, юга бассейна Янцзы[21], но и это, и другие предположения окончательно не доказаны.
Отдельный тип источников о мифах и обрядах составляют китайские хроники, рассказывающие о «стране Ва», ее обычаях и культуре — и это самые ранние письменные свидетельства о японских культах и мифических представлениях. Первая из этих хроник написана около 297 г. и охватывает период с 25 по 220 гг. н. э., вторая — около 445 г. и содержит данные о периоде с 221 по 265 г., несколько последующих ранних хроник также дают некоторую информацию о состоянии древнего населения Японии.