Через посредство агентуры держались под контролем международные религиозные организации, в которых участвовала и РПЦ: Мiровный Совет Церквей, Христианская мирная конференция, Конференция европейских Церквей. Политбюро ЦК КПСС, председатель КГБ СССР Ю. Андропов докладывал ЦК КПСС о том, что КГБ держит под контролем отношения РПЦ с Ватиканом.
Такая глубокая инфильтрация агентуры спецслужб в религиозные объединения представляет собой серьезную опасность для общества и государства… Как показал государственный переворот 19—21 августа 1991 года, возможность использования религии в антиконституционных целях была реальной.
Глубокую обеспокоенность вызывает визит митрополита Питирима (Нечаева) к объявленному Президентом России вне закона государственному преступнику Б. К. Пуго 21 августа 1991 года. На дипломатическом языке – это признание «де-факто». Питательной средой для такого визита явилось то обстоятельство, что Издательский отдел Московской патриархии контролировался агентурой КГБ. В отчетах 5-го Управления КГБ СССР по линии Издательского отдела постоянно упоминаются агенты «Аббат» (из иерархов) и «Григорьев», часто ездившие за рубеж и, очевидно, занимавшие (занимающие) высокие посты в этом учреждении.
Несомненная вина в сложившемся положении – на КПСС и подотчетных ей органах государства. Но несомненно и то, что сами религиозные объединения не знают всей правды о своих сотрудниках. Люстрация церковной агентуры могла бы быть жестким, даже жестоким актом по отношению к Церкви, и без того много пострадавшей. Комиссия считает, что лучше, если верующие сами найдут способ очищения от привнесенных, антиконституционных элементов.
Но, к сожалению, руководство Церкви до сих пор не высказало официального отношения к проблеме своей деполитизации. Референт Патриарха Алексия II, диакон Андрей Кураев, объявил публикации о материалах Комиссии гонением на Церковь и даже «триумфом» самого КГБ. Однако архиепископ Вильнюсский Хризостом по существу опроверг диакона Кураева и рассказал о своем 18-летнем (!) сотрудничестве с КГБ.
Ввиду отсутствия официальной точки зрения руководства Церкви Комиссия рекомендует внести в канонические и гражданские уставы запреты на тайное сотрудничество ответственных работников Церкви с органами государства, а также изучить предшествующую деятельность своих органов управления и международных отделов в свете соответствия этой деятельности конституционному принципу отделения Церкви от государства. Со своей стороны, для устранения опасности использования Церкви в антиконституционных целях Комиссия предложила внести поправки в действующее законодательство, воспрещающие привлекать священнослужителей к оперативно-розыскной деятельности. Однако добиться практического исполнения этого положения можно только при запрете с обеих сторон – и со стороны государства, и со стороны самой Церкви.
Комиссия выражает надежду, что РПЦ сможет преодолеть тяжелое наследие прошлого».
Митрополит Хризостом (Мартишкин) – единственный архиерей РПЦ, который в 1992-м публично признался, что был завербован КГБ и много лет работал секретным сотрудником под кличкой «Реставратор», и сообщил дату, когда прекратил сотрудничество. Его же устами открылась еще одна горькая правда. «У нас в Церкви есть настоящие кагэбэшники, сделавшие головокружительную карьеру, – заявил он на Архиерейском Соборе, – например воронежский митрополит Мефодий. Он офицер КГБ, атеист, человек порочный, навязанный кагэбэшниками. Синод был единодушно против такого епископа, но нам пришлось взять на себя такой грех; а дальше – какой у него был взлет!»
Однако скандал, который казался грандиозным, почему-то не сотряс даже церковные луковки. Иерархи Церкви не каялись и не посыпали прахом земным свои седые гривы. Они отмалчивались, и лишь один-два из них обратили внимание на то, что никто не видел их собственноручных расписок о сотрудничестве с органами госбезопасности, резонно добавляя, что КГБ может давать клички кому угодно, даже тем, кого использует втемную.
Так что под задранной рясой Церкви в те переломные годы удалось обнаружить только две пары погон. На этом скандал и выдохся. А спустя почти двадцать лет, в 2010 году, митрополит Хризостом (Мартишкин) был отправлен на покой, а Мефодий (Немцов) занял кафедру митрополита Пермского и Соликамского.
В 2003 году прозвучало эхо этого церковно-сексотского скандала, которое вызвало присвоение митрополиту Мефодию правительственный награды. Тогда протоиерей Георгий Эдельштейн, настоятель церкви в селе Карабаново Костромской области, обратился к Президенту РФ В. В. Путину с открытым письмом: