Но если патриарху Иоакиму не удалось очистить Московскую Русь от "новотвореных киевских книг", то он одержал победу над латинской партией в деле учреждения в Москве высшего училища. В начале последней четверти 17-го века мысль об устройстве такого училища окончательно созрела у московского правительства. Между греческой и латинской партиями началась борьба по вопросу о том, какою должна быть высшая московская школа – греческою или латинскою. Вокруг патриарха группировалась греческая партия. Мы имеем и литературные памятники упомянутой борьбы, из которых мы видим, как старалась греческая партия охранить московское богословское училище от латинского влияния и в чем усматривала она опасность латинского учения. Обсуждается в этих памятниках собственно вопрос о том, учить ли греческий язык или латинский, но этот вопрос имел тогда настоящий богословский смысл. Язык был, можно сказать, знаменем того или другого богословского направления. В нашей академической библиотеке есть рукопись с заглавием: "Довод вкратце, яко учение и язык еллиногреческий наипаче нужно потребный, нежели латинский язык и учения, и чем пользует славенскому народу". Необходимость изучать греческий язык здесь доказывается различными соображениями и делается вывод: "Подобает наипаче учитися гречески, понеже тем языком нетокмо не вредится православная вера, яко латинским, но и зело исправляется, и учити купно с славенским, яко да временем и славенский язык (который пребогат есть) очистился и иных ученых языков сочетался. А по греческом учении, хотящему не вредительно учитися и латинскому, а в первых латинскому языку учитися велие опасение, яко да не латинским языком подкралася тайна и вера и обычей латинской, как видим в разных народах, наипаче в французском, зане ничего не пременяет человека и нравы сице, яко странное учение... А белоруси хотя и учатся латинским языком, скудости ради греческого учения (кроме Львова, где учатся гречески), однакожде припоминати надобно, что малая часть из тех во унею не падают, познавается в них остатки иезувитския, понеже иезувиты не учат их высокими науками, покамест пред Богом не обещаются держати латинской религии" [24].
Но еще более интересный памятник сохранился в рукописи Петроградской Академии (№ 423), именно: "Рассуждение, учитися ли нам полезные грамматики, риторики, философии и теологии, и стихотворному художеству и оттуду познавати божественная писания, или, не учася сим хитростем, в простоте Богу угождати, и от чтения разум святых писаний познавати – и что лучше российским людем учитися греческого языка". Возможно, что это рассуждение принадлежит чудовскому иноку Евфимию. Это уже обширный трактат, написанный с весьма основательной и даже разносторонней эрудицией. Вот между прочим что мы здесь читаем: "Латинское о богословии учение растленно и губительно и к прелести тех удобоотводительно. Древнии святии отцы наши Василий Великий, Григорий Богослов, Иоанн Златоуст, Афанасий Великий, Иоанн Дамаскин и инии яко учахуся богословии на гречестем языце, тако и вероваху и писаху и вверенная им учаху. Латинницы же веруют написанной им и растленной богословии от врага Церкве святыя восточныя Иезуита Фомы Аквинуса, тако и учатся и учатъ; и учивыися, кто-либо будут, удобно в стремнину погибели тоя низстремляются, удалившеся святых отцев феологии, яко глаголет мудрый Грек Максим: "пагубная латинская учения и мудрования богоносных отцев преданием и учением толико далече отстоят, яко Богу единому исправити могущу, сия, уразумеют же глаголемых силу не во другом граде, токмо в самом Роме быв; тамо беззаконно совершавшая узрят". И паки: "еретическая велеречия и латинская последняя новина и суесловие – тьма и мгла глубока; вся, яже у латин, - лютая и велику отвращению достойна, яже богоносных отцев учительством не согласуются, не могут бо богословити праве".