Демонстративное пренебрежение правами законодательных учреждений поставило точку в контактах премьер-министра с либеральной оппозицией. В то же время крайне правых привело в ярость изгнание их сторонников из Государственного совета. Николай II затаил глубокую неприязнь к властному министру. Столыпин прекрасно сознавал это и говорил близким друзьям о своей неминуемой отставке. Понимали это и другие. На киевских торжествах по поведению придворной челяди можно было безошибочно определить, что он попал в опалу. Возможно, те, кто потерпел поражение при попытке сместить его весной 1911 г., соблазнились мыслью избавиться от премьер-министра другим способом. Ходили слухи, что душой новой интриги был Григорий Распутин. Вместе с тем, как отмечалось в исторической литературе, нет никаких сведений о том, что Распутин имел какие-либо контакты с Богровым. Добавим, что он не имел никакого отношения к охране сановников.
Более конкретные обвинения высказывались в адрес руководителей охранки. Коковцов говорил царю, что в этом деле есть нечто большее, нежели преступная небрежность, по крайней мере со стороны генерала Курлова. Наиболее последовательным сторонником версии о причастности охранки к киевскому покушению был лидер октябристов А.И. Гучков. Он заявил о своих подозрениях по горячим следам во время дебатов в III Государственной думе и повторил их на склоне лет в эмиграции. Выводы Гучкова в разной степени поддержали некоторые историки. Одни из них писали, что охранники использовали выдумку Богрова в своих целях: "Они отлично знали, что предвосхищают тайное желание двора и камарильи. Риск, конечно, был, но игра стоила свеч". Другие исследователи, соглашаясь с тем, что в действиях охранки было много необъяснимого, все же отрицают существование заговора или высказывают мнение, что охранка неудачно провела рискованную операцию, "заигралась" с изобличенным ею агентом.
Гучков не назвал охранников по именам, но все прекрасно поняли, о ком идет речь. Полковник Спиридович даже обратился к своему непосредственному начальству за разрешением вызвать на дуэль лидера октябристов. В Департаменте полиции не было секретом, что помощники Курлова рассчитывали на быструю карьеру. Один из чиновников вспоминал: "Ходили слухи, что генерал Курлов как ярый монархист был назначен товарищем министра внутренних дел против желания покойного Столыпина для создания противовеса либеральным стремлениям последнего. Приверженцы Курлова, нисколько не стесняясь, говорили еще при жизни Столыпина, что в самом непродолжительном времени Курлов будет министром внутренних дел, М.Н. Веригин директором Департамента полиции, генерал Спиридович - петроградским градоначальником, подполковник Кулябко - заведующим дворцовой агентурой и т.п.".
Финляндские газеты, менее связанные цензурными препонами, писали, что компания жандармов решила ускорить события; непосредственного исполнителя предполагалось ликвидировать прямо в зале, но полковник Спиридович не успел зарубить саблей Богрова.
Все эти версии были известны сенатору Трусевичу. После Февральской революции он показал, что начал свое расследование с мысли о заговоре Курлова, но потом отбросил ее: "Единственный мотив мог быть карьеристский. Но ведь этим убийством он губил себя, потому что, раз он охранял и при нем совершилось убийство, шансы на то, чтобы занять пост министра внутренних дел, падали,- он самую почву у себя из-под ног выбивал этим, и выбил". Действительно, после гибели Столыпина министром внутренних дел был назначен А.А. Макаров, а Курлову пришлось подать в отставку.
Среди причин, которые могли подтолкнуть Курлова на преступление, нередко называли страх перед финансовой ревизией. Бесконтрольное расходование денег на охрану создавало возможность для различных махинаций. Действительно, Курлов испытывал денежные затруднения из-за развода и нового брака, с графиней Армфельдт. Ему приходилсь заниматься сомнительными вексельными комбинациями, прибегать к займам и т.п. Однако Курлов сумел отчитаться в средствах, выделенных на киевские торжества. Выяснилось, что он даже заплатил 65 копеек из своего кармана. Товарищ министра вполне мог участвовать в интриге против премьер-министра, но у него не было причин замышлять заговор с целью покушения на его жизнь. Для стороннего наблюдателя допущенные охранкой ошибки складывались в длинную цепь преднамеренных поступков. Однако выстрелы Богрова можно рассматривать как результат не столько индивидуальных просчетов, сколько всей практики политического розыска. Использование секретных осведомителей таило в себе неизбежный риск. Агенты жили в состоянии постоянного психологического напряжения. Некоторые из них, завербованные под угрозой наказания или попавшие в сети жандармов по легкомыслию, мечтали расквитаться с охранкой.
Тайная полиция не смогла выработать противоядие против предательства в собственных рядах. Следует подчеркнуть, что дело Богрова не было уникальным.