Справа в тому, що стосунки (не особисті, а, так би мовити, офіційно службові) між Богуном і Хмельницьким розгортаються в романі дуже ускладненим (і в сюжетному, і в психологічному відношеннях) шляхом і об’єктивно грають на користь не полковника, а гетьмана. Це легко можна відчути, вдумавшись у ті прийоми, якими користується О. Соколовський при художньому втіленні цих стосунків. Адж е в більшості випадків письменник різними сюжетними ходами ніби доводить Богунові, що його «антигетьманські» настрої є помилковими або й змушує полковника визнавати це.
Уже під Корсунем позиції полковника й гетьмана розходяться: перший вважає — треба негайно і рішуче наступати; другий міркує інакше — доцільно не пертися на рожен, краще трохи зачекати: може, переляканий Потоцький сам почне відступати, тоді можна буде навально вдарити йому в спину й успішно погромити при незначній затраті своєї сили. Зразу переконати запального Богуна не так легко, проте сам хід подій «підправляє» полковника: саме так і сталось, підкреслює автор, як розраховував гетьман, причому в реалізації цього гетьманського розрахунку одну з найвідповідальніших ролей грає вінницький полковник.
Ще більше загострюються почуття Івана Богуна в час перебування повстанської армії під Білою Церквою. Хворий, він напружено думає, йому ятрять серце пекучі питання. Чого стоїть гетьман на місці? Для чого веде марне листування з короною? Чому не з’єднався з Кривоносом? Чому не громить шляхту, а вона безборонно знову запрягає народ у ярмо? Чому дозволяє катові Вишневецькому безчинствувати? Запитання, запитання, а відповідей — жодної. Богун навіть радиться з Кричевським, чи не скликати б чорну раду і не поставити всі ці питання, як і питання про обрання нового гетьмана там — перед народом. Але справа до боротьби не доходить.
Раптом гетьман своїм табором рушає до Паволоча. Туди ж іде Богун, і там «все стає на свої місця»: перед обідом Хмельницький у щирій розмові з улюбленим полковником пояснює йому, чому так діє, і той усвідомлює безпідставність своїх звинувачень та підозр.
Опозиційні настрої у вразливій душі Богуна, підкреслює романіст, інколи плекають також різні чутки та недоброзичливі плітки про гетьмана. Так було в Білій Церкві. Проходячи табором під Костянтиновом, Богун знову чує такі плітки, і йому самому стає ясно, що хтось навмисне пускає ці поголоски, й коли тут не польська рука, то принаймні такі, як Забуський, напевне до цього причетні».
Невдоволення Богуна тактикою гетьмана з новою силою спалахнуло під кінець першого періоду війни. Після Пиляви сподіваючись, що його наречена Оксана може бути у Варшаві, вінницький полковник рішуче вимагає негайно йти на польську столицю і там продиктувати панам свої вимоги, й ого підтримують, на протилежність більшості старшини. Кривоніс і Нечай.
Та й цього разу справа до відкритої боротьби не доходить. Уже у Вінниці Богун, ніби прокинувшись після довгого п’янкого сну, дивується і сам себе питає, як це могло трапитися так, що і козаки, і вся старшина, і навіть він з Кривоносом підтримали пропозицію на переговори з королем, не пішли на Варшаву, а повернули з-під Замостя назад. Х то винен? І приходить до висновку: винна, старшина, яка обманювала козаків, багато обіцяла їм від переговорів, а сама дбала про власні вигоди. Коли ж Нечай розповідає йому, як гетьман мужньо і твердо діяв у переговорах з королівськими комісарами, як рішуче обстоював інтереси рідного краю, народу-, черні — полковник знову проймається пошаною до Хмельницького і випиває чару за його здоров’я.
Великої сили й розмірів досягають опозиційні настрої Богуна у Вінниці вже після Збаража. Тут незрівняно розширюються їх межі, зростає кількість невідступних, як привиди, і пекучих, як отрута, питань, що охоплюють зовнішню і внутрішню політику та військову діяльність гетьмана. Все, що не робить гетьман, викликає в Богуна підозру. Людина з відкритою душею, він висловлює свої невдоволення писареві Зорці — хай все це передасть писар гетьманові. Чому, запитує полковник Зорку, пішов гетьман на укладення тяжкого Зборівського договору? Чому поєднався з татарами?
Самійло Зорка довго роз'яснює полковникові складне становище, розумну політику гетьмана і ніби поливає холодною водою його розпалену душу. Поволі буря в Богуновому серці затихає. Але ненадовго. Коли Немира приносить несподівану, як грім серед ясного неба, звістку про те, що Калиновський у Красному, що Данила Нечая забито, — ця буря переростає в ураган: «Зрадник твій гетьман!» — з нестримною люттю кидає Богун Немирі. Смерть дорогого друга Нечая завдає Богунові багато тяжких душевних мук.