Польський історик Шайноха пише: «Так, як багато шляхти добровільно гостило в козаків, так теж з-поміж польських посольств, які бували в козаків, чимало шляхти втікало до козацтва; також не бракувало і полонених, що то, діставшися в наслідок війни в полон, не хотіли більше повертатися додому».
Все воно вказує на те, що необґрунтована думка декого з-поміж польських істориків, мовляв, війни Хмельницького мали виключно соціяльний характер, мовляв, це був якийсь «бунт підданих», чи навіть «боротьба дичі з цивілізацією й культурою».
Проти такої думки промовляють слова козаків із часів походу Остряниці в 1638 р., що козаки це «корінь, твердиня чести та вікопомної слави», абож слова з меморіялу православних владик до короля в 1621 р., які кажуть про козаків:
«Це плем'я славного народу руського з Яфетового насіння, що державу грецьку Чорним морем і суходолом воювало. Це військо з того покоління, яке за Олега, монарха руського, в своїх моноксілах Царгород здобувало. Вони то за Володимира Святого, монарха руського, Грецію, Македонію та Іллірію наїжджали».
Найвищим військовим начальником був гетьман. Перед Хмельницьким гетьмани були лише в Запорізькій Січі як начальники запорізького війська. За часів Хмельницького і після нього гетьманська військова й адміністраційна влада охоплювала всю Україну; отже гетьман був головою держави. На Січі начальник Запорізького війська — звався вже кошовим отаманом.
Становище січового гетьмана до часів Хмельницького було подібне до уряду польських гетьманів: коронного й польового. Тому давніше й на Січі траплялися назви: гетьман бунчужний (у поляків — великий — коронний) та гетьман сагайдачний (у поляків — польовий). Аж Хмельницький переорганізував і цей найвищий уряд, переймаючи в свої руки всю керму державою.
Універсал Б. Хмельницького, писаний власноручно
Якщо йдеться про військову організацію, то гетьман мав провід і необмежену ініціятиву в бойових рішеннях. У своїх універсалах він застосовував часом усю силу свого наказу, вживаючи отаких хоча б зворотів: «напоминаю і під горлом наказую».
Коли гетьман не міг особисто керувати військовою дією на всьому фронті чи то на якомусь його відтинкові, тоді назначував своїм наступником найвизначнішого старшину, що й звався тоді наказним гетьманом. Наказним гетьманом був, напр., полковник Михайло Кричевський, коли керував операціями під Лоєвом 1649 р.
У важливіших справах, або теж коли гетьман вважав це потрібним, то скликував раду старшин, а ті вже розглядали питання, поставлені гетьманом. Тоді гетьман ухвалив, рішення чи листи, обговорені на нараді, підписував з додатком: «з військом запорізьким». Згодом увійшло в звичай отак підписувати письма без уваги на те, чи такі рішення були схвалені на нарадах старшин чи теж були рішеннями тільки самого гетьмана.
Насправді ради, ці перші військові центральні установи, — існували ще перед Хмельницьким, але оформив їх і специфічного значення надав їм аж великий гетьман. Здебільша Хмельницький рішав сам, а раді представляв уже готові проєкти й рішення, від яких не могло бути ніяких істотних відступлень. Повновласті гетьмана постійно зростали так, що врешті Хмельницький довів гетьманат майже до диктаторської влади. Так, напр., під Замістям на воєнній нараді своїм полковникам він сказав:
«Панове полковники! Тут на війні мій один голос — усім наказ! До послушенства всі і ждати моїх наказів!»
Та все де таки Хмельницький від своїх військових начальників вимагав ініціятивности і безоглядно усував слабких і нерішучих підвладних старшин.
Ради бували постійні або доривочні — скликувані в конечній потребі.
Постійні ради старшин відбувалися на Різдво, Йордан і на Великдень, дуже рідко на Покрову. Витворилося три роди старшинських рад:
1. Збори колеґії гетьманських дорадників, — що відбувалися дуже часто, майже щоденно;
2. Ширші збори старшин — старшинська рада з участю всіх старшин, включаючи й сотників, часто з представниками українських міст, війтами й бурмистрами.